More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Noc_R0001 on replicon NC_007484
Organism: Nitrosococcus oceani ATCC 19707



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007484  Noc_R0001  tRNA-Met  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.103849  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0035  tRNA-Met  96.1 
 
 		 77 bp  121  1.9999999999999998e-26  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0005  tRNA-Met  94.81 
 
 		 77 bp  113  6e-24  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.203955  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_R0021  tRNA-Met  93.42 
 
 		 75 bp  103  6e-21  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.0114234  normal  0.0173767 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_R0011  tRNA-Met  90.91 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0053  tRNA-Met  90.91 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.568663 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0001  tRNA-Met  90.91 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0001  tRNA-Met  90.91 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.764109  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0076  tRNA-Met  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.607006 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0033  tRNA-Met  89.61 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.000000189228  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0032  tRNA-Met  89.61 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.136069  normal  1 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_R0040  tRNA-Met  89.61 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.138957  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_13990  tRNA-Met  94.64 
 
 		 74 bp  79.8  0.00000000000008  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.314954  normal  0.930343 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0038  tRNA-Met  94.64 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0167531  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0036  tRNA-Met  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.572801  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_R0019  tRNA-Met  93.22 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0025  tRNA-Met  90.14 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.00131136  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_R0022  tRNA-Met  89.19 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00591364 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0013  tRNA-Met  88.31 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0026  tRNA-Met  91.07 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.629684 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0022  tRNA-Met  92.86 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_06700  tRNA-Met  92.86 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna2  tRNA-Met  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.119286  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0037  tRNA-Met  90.48 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_07470  tRNA-Met  90.48 
 
 		 74 bp  69.9  0.00000000008  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000000000349913  normal  0.175912 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_R0043  tRNA-Met  95.35 
 
 		 74 bp  69.9  0.00000000008  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2335  tRNA-Met  90.48 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.360729  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0047  tRNA-Met  90.48 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_R0005  tRNA-Met  97.44 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  0.245348 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0062  tRNA-Lys  89.66 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3399  tRNA-Met  86.96 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.143765  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_R0066  tRNA-Met  93.88 
 
 		 75 bp  65.9  0.000000001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.771884 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4382  tRNA-Met  86.96 
 
 		 78 bp  65.9  0.000000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.156688  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00056  tRNA-Ile  86.96 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.366108  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0013  tRNA-Met  86.96 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.046309  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5070  tRNA-Met  86.96 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0389718  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3473  tRNA-Met  86.96 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.103015  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3363  tRNA-Met  86.96 
 
 		 78 bp  65.9  0.000000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.130991  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lppt37  tRNA-Met  87.01 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplt37  tRNA-Met  87.01 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0017  tRNA-Met  86.96 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0140072  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0018  tRNA-Met  86.96 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.689825  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3569  tRNA-Met  86.96 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.349601 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_R0032  tRNA-Met  92.45 
 
 		 74 bp  65.9  0.000000001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.366508  normal  0.496339 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0023  tRNA-Met  87.01 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.00191996  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_R0033  tRNA-Met  92.45 
 
 		 74 bp  65.9  0.000000001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.311584 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0015  tRNA-Met  86.96 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.74849  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0080  tRNA-Met  86.96 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0819155  normal  0.0971338 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0075  tRNA-Met  87.01 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0008  tRNA-Met  87.01 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0090  tRNA-Met  87.01 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0042  tRNA-Met  89.47 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.873086  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4699  tRNA-Met  86.96 
 
 		 78 bp  65.9  0.000000001  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.744605  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3403  tRNA-Met  86.96 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3467  tRNA-Met  86.96 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000154969 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3658  tRNA-Met  86.96 
 
 		 78 bp  65.9  0.000000001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.458694  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_R0041  tRNA-Met  91.07 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.0236723 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0031  tRNA-Asn  88.33 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0885898  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0078  tRNA-Asn  88.33 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.184642 
 
 
-
 
NC_008309  HS_tLys01  tRNA-Lys  89.29 
 
 		 79 bp  63.9  0.000000005  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.000157886  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_tLys02  tRNA-Lys  89.29 
 
 		 79 bp  63.9  0.000000005  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.000433132  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_tLys03  tRNA-Lys  89.29 
 
 		 79 bp  63.9  0.000000005  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.00045675  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0073  tRNA-Asn  88.33 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0076  tRNA-Asn  88.33 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.509004  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0076  tRNA-Asn  88.33 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0029  tRNA-Met  89.09 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0025  tRNA-Met  89.09 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5058  tRNA-Met  89.09 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_t04  tRNA-Met  88.89 
 
 		 74 bp  61.9  0.00000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.624139  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_R0035  tRNA-Met  95.35 
 
 		 72 bp  61.9  0.00000002  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  hitchhiker  0.000027338  normal  1 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_R0029  tRNA-Met  89.09 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_R0022  tRNA-Met  89.83 
 
 		 74 bp  61.9  0.00000002  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.09062 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0047  tRNA-Met  91.49 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.675982  normal  0.0740493 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60320  tRNA-Met  88.89 
 
 		 74 bp  61.9  0.00000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0035  tRNA-Lys  89.09 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.198298 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4687  tRNA-Met  89.09 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00526927  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0060  tRNA-Lys  87.93 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  unclonable  0.00000424402  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0055  tRNA-Lys  87.93 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.444968  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0061  tRNA-Lys  87.93 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  unclonable  0.00000433074  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0001  tRNA-Met  95.24 
 
 		 75 bp  60  0.00000008  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.213191 
 
 
-
 
NC_002967  TDE_tRNA-Met-3  tRNA-Met  86.49 
 
 		 74 bp  60  0.00000008  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.121443  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RS04831  tRNA-Lys  88.89 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_R0020  tRNA-Met  89.39 
 
 		 74 bp  60  0.00000008  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.235412  normal  0.107763 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0037  tRNA-Lys  87.93 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.813487  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0018  tRNA-Met  92.86 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0006  tRNA-Lys  88.89 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.276121  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0034  tRNA-Lys  87.93 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.130491  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0061  tRNA-Lys  87.93 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.00534355  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0059  tRNA-Lys  87.93 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.000364263  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0045  tRNA-Lys  88.89 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.00000363633  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_R0033  tRNA-Met  95.24 
 
 		 75 bp  60  0.00000008  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_R0014  tRNA-Asn  87.93 
 
 		 73 bp  60  0.00000008  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_AR0039  tRNA-Lys  88.89 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_R0039  tRNA-Met  92.86 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0024  tRNA-Met  95.24 
 
 		 75 bp  60  0.00000008  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0037  tRNA-Lys  87.93 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.0000219335  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0036  tRNA-Lys  87.93 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.0000208543  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0029  tRNA-Met  97.06 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00945673 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_R0021  tRNA-Met  86.49 
 
 		 74 bp  60  0.00000008  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.715825 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0593  tRNA-Lys  87.93 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  8.55159e-16  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>