299 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mnod_R0076 on replicon NC_011894
Organism: Methylobacterium nodulans ORS 2060



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011894  Mnod_R0076  tRNA-Asn  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.509004  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0031  tRNA-Asn  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0885898  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0056  tRNA-Asn  98.68 
 
 		 76 bp  143  7e-33  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.880886  decreased coverage  0.00985409 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0075  tRNA-Asn  98.68 
 
 		 76 bp  143  7e-33  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0067  tRNA-Asn  98.68 
 
 		 76 bp  143  7e-33  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.143044  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0078  tRNA-Asn  97.37 
 
 		 76 bp  135  1.9999999999999998e-30  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.184642 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0073  tRNA-Asn  97.37 
 
 		 76 bp  135  1.9999999999999998e-30  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0076  tRNA-Asn  97.37 
 
 		 76 bp  135  1.9999999999999998e-30  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0053  tRNA-Asn  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_R0067  tRNA-Asn  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0049  tRNA-Asn  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  unclonable  0.000000000433504  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0050  tRNA-Asn  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  unclonable  0.000000000354715  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0051  tRNA-Asn  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  unclonable  0.000000000442391  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_R0043  tRNA-Asn  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.362716  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0002  tRNA-Asn  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.409498 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0024  tRNA-Asn  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  hitchhiker  0.0077208  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0025  tRNA-Asn  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_R0049  tRNA-Asn  88.89 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  hitchhiker  0.0000556498  normal  0.485056 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0062  tRNA-Asn  88.41 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  4.6212e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0035  tRNA-Asn  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_R0040  tRNA-Asn  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0275291  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_R0014  tRNA-Asn  89.83 
 
 		 73 bp  69.9  0.00000000008  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0054  tRNA-Asn  87.14 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.122077 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_R0034  tRNA-Asn  86.96 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_t43  tRNA-Asn  89.47 
 
 		 72 bp  65.9  0.000000001  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.546364  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0016  tRNA-Asn  86.96 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.032389  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_R0034  tRNA-Asn  86.96 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.379435  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0052  tRNA-Asn  86.96 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.292372  normal  0.128808 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_R0027  tRNA-Asn  86.96 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.167118  normal  0.501278 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0001  tRNA-Met  88.33 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.103849  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0068  tRNA-Asn  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0128725  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0056  tRNA-Asn  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_R0034  tRNA-Phe  93.02 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0034    88.14 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.025116  hitchhiker  0.0090759 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_R0035  tRNA-Phe  93.02 
 
 		 73 bp  61.9  0.00000002  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_R0014  tRNA-Phe  93.02 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.0887945  normal  0.384198 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_R0007  tRNA-Phe  93.02 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0028  tRNA-Asn  88.14 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.246384  normal  0.65431 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0053  tRNA-Met  89.83 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.568663 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_tRNAPheVIMSS1309084  tRNA-Phe  93.02 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.690002  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_tRNAPheVIMSS1309115  tRNA-Phe  93.02 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_tRNAPheVIMSS1309181  tRNA-Phe  93.02 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  0.118097 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_tRNAPheVIMSS1309284  tRNA-Phe  93.02 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_tRNAPheVIMSS1309159  tRNA-Phe  93.02 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_tRNAPheVIMSS1309357  tRNA-Phe  93.02 
 
 		 73 bp  61.9  0.00000002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_R0004  tRNA-Lys  87.93 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_R0013  tRNA-Lys  87.72 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_R0013  tRNA-Asn  89.8 
 
 		 72 bp  58  0.0000003  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  decreased coverage  0.00468588  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0014  tRNA-Asn  96.97 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.109561  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0033  tRNA-Lys  87.5 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t11  tRNA-Asn  94.44 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.75816  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t39  tRNA-Asn  94.44 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.522109  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA46  tRNA-Asn  94.44 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.00683435  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA9  tRNA-Asn  94.44 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  unclonable  0.000000000314512  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0016  tRNA-Asn  92.5 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.00106062  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0042  tRNA-Asn  100 
 
 		 75 bp  56  0.000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000213291  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0031  tRNA-Asn  84.21 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  hitchhiker  0.0000643005  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0020  tRNA-Lys  88.46 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.768536  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0046  tRNA-Asn  84.21 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.00000652879 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0032  tRNA-Asn  92.5 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.172004  normal  0.954091 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0057  tRNA-Asn  100 
 
 		 75 bp  56  0.000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000258126  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0084  tRNA-Asn  100 
 
 		 75 bp  56  0.000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000101082  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_R0019  tRNA-Asn  92.5 
 
 		 78 bp  56  0.000001  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.474721  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_R0012  tRNA-Asn  84.21 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00142633  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_R0013  tRNA-Asn  84.21 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2777  tRNA-Met  87.27 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.379753  normal  0.476878 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_R0021  tRNA-Asn  96.77 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.000000441917  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_R0081  tRNA-Asn  96.77 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_R0015  tRNA-Lys  87.27 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.424743  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_R0028  tRNA-Asn  89.36 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.241758  hitchhiker  0.000295694 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_14020  tRNA-Asn  87.27 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00017  tRNA-Lys  86.21 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00000192994  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00021  tRNA-Lys  86.21 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.0000923528  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00044  tRNA-Lys  86.21 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  unclonable  0.000000150882  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0031  tRNA-Lys  86.21 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000115429  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0055  tRNA-Lys  86.21 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000177997  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0056  tRNA-Lys  86.21 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000193092  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0058  tRNA-Lys  86.21 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000188503  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0060  tRNA-Lys  86.21 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Escherichia coli DH1  Bacteria  unclonable  1.42893e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0771  tRNA-Lys  86.21 
 
 		 78 bp  52  0.00002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00000000162037  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0768  tRNA-Lys  86.21 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.0000000000959618  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5052  tRNA-Lys  86.21 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.0000000000000715976  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0770  tRNA-Lys  86.21 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.0000000000739048  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0666  tRNA-Lys  86.21 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000300232  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0583  tRNA-Lys  86.21 
 
 		 78 bp  52  0.00002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  unclonable  2.0474e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0458  tRNA-Lys  86.21 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0068  tRNA-Lys  86.21 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.0000208772  normal  0.273161 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0067  tRNA-Lys  86.21 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.0000904848  normal  0.171031 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0036  tRNA-Lys  86.21 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  unclonable  0.00000000584737  hitchhiker  0.00132337 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0071  tRNA-Lys  86.21 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.0000000577417  normal  0.268649 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0069  tRNA-Lys  86.21 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000000622929  normal  0.276829 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0766  tRNA-Lys  86.21 
 
 		 78 bp  52  0.00002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.000000000107183  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00467  tRNA-Lys  86.21 
 
 		 73 bp  52  0.00002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5023  tRNA-Lys  86.21 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000198459  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5024  tRNA-Lys  86.21 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000192703  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0036  tRNA-Lys  86.21 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  unclonable  0.00000000225732  normal  0.109866 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0039  tRNA-Lys  86.21 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.0000000375421  normal  0.109121 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0040  tRNA-Lys  86.21 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.0000000351036  normal  0.107458 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0064  tRNA-Lys  86.21 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.000000662129  normal  0.0840838 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06830  tRNA-Lys  86.21 
 
 		 73 bp  52  0.00002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>