100 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ppha_R0013 on replicon NC_011060
Organism: Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011060  Ppha_R0013  tRNA-Asn  100 
 
 		 72 bp  143  6e-33  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  decreased coverage  0.00468588  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_t43  tRNA-Asn  98.46 
 
 		 72 bp  121  1.9999999999999998e-26  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.546364  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_R0043  tRNA-Asn  95.38 
 
 		 72 bp  105  1e-21  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_R0047  tRNA-Asn  92.31 
 
 		 75 bp  89.7  8e-17  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  unclonable  0.00000000000251185  normal  0.812325 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_R0008  tRNA-Asn  92.31 
 
 		 75 bp  89.7  8e-17  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.0851483  normal  1 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_R0033  tRNA-Asn  91.04 
 
 		 75 bp  85.7  0.000000000000001  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  hitchhiker  0.00000143067  hitchhiker  0.0000025916 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0052  tRNA-Asn  89.04 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.292372  normal  0.128808 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0034    88.24 
 
 		 75 bp  71.9  0.00000000002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.025116  hitchhiker  0.0090759 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_R0013  tRNA-Asn  87.69 
 
 		 75 bp  65.9  0.000000001  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_R0018  tRNA-Asn  89.29 
 
 		 75 bp  63.9  0.000000005  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.723624  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_R0027  tRNA-Asn  91.07 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.742909  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0054  tRNA-Asn  91.3 
 
 		 76 bp  60  0.00000007  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.122077 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0017  tRNA-Asn  91.3 
 
 		 76 bp  60  0.00000007  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  decreased coverage  0.00000000360028  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0070  tRNA-Asn  91.3 
 
 		 76 bp  60  0.00000007  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.213378  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0076  tRNA-Asn  89.8 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.509004  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0075  tRNA-Asn  89.8 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0078  tRNA-Asn  89.8 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.184642 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0076  tRNA-Asn  89.8 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0067  tRNA-Asn  89.8 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.143044  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0056  tRNA-Asn  89.8 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.880886  decreased coverage  0.00985409 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0031  tRNA-Asn  89.8 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0885898  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0073  tRNA-Asn  89.8 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0053  tRNA-Asn  89.8 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_R0038  tRNA-Asn  89.29 
 
 		 73 bp  56  0.000001  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0029  tRNA-Asn  85.29 
 
 		 75 bp  56  0.000001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_R0027  tRNA-Asn  87.5 
 
 		 75 bp  56  0.000001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0226012  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_R0027  tRNA-Asn  89.09 
 
 		 73 bp  54  0.000004  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0793414  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_R0033  tRNA-Asn  89.09 
 
 		 76 bp  54  0.000004  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA44  tRNA-Asn  85.07 
 
 		 75 bp  54  0.000004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.366326  normal  0.398045 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_R0033  tRNA-Asn  85.07 
 
 		 75 bp  54  0.000004  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0102741  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_R0026  tRNA-Asn  89.09 
 
 		 73 bp  54  0.000004  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.117837  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_R0017  tRNA-Asn  85.07 
 
 		 75 bp  54  0.000004  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_06350  tRNA-Asn  88.24 
 
 		 75 bp  54  0.000004  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0028  tRNA-Asn  85.07 
 
 		 75 bp  54  0.000004  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.246384  normal  0.65431 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_R0025  tRNA-Asn  89.09 
 
 		 73 bp  54  0.000004  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000914395 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_R0053  tRNA-Asn  89.36 
 
 		 77 bp  54  0.000004  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.32132  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_R0027  tRNA-Lys  87.27 
 
 		 75 bp  54  0.000004  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_R0053  tRNA-Asn  85.07 
 
 		 75 bp  54  0.000004  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.0280094  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_R0006  tRNA-Asn  89.36 
 
 		 77 bp  54  0.000004  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.242548  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0037  tRNA-Asn  88 
 
 		 72 bp  52  0.00002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0011  tRNA-Asn  89.13 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.00974618  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0016  tRNA-Asn  89.13 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.0000166672  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0056  tRNA-Asn  89.13 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0057  tRNA-Asn  85.96 
 
 		 75 bp  50.1  0.00007  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000258126  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0042  tRNA-Asn  85.96 
 
 		 75 bp  50.1  0.00007  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000213291  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0002  tRNA-Asn  87.76 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.409498 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0084  tRNA-Asn  85.96 
 
 		 75 bp  50.1  0.00007  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000101082  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4590  tRNA-Asn  91.67 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0006  tRNA-Met  100 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0343832 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0020  tRNA-Asn  91.67 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0942184 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_R0032  tRNA-Asn  87.5 
 
 		 73 bp  48.1  0.0003  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.260043  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0020  tRNA-Asn  91.67 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0007  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.688543  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0065  tRNA-Met  100 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.224549 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_R0029  tRNA-Asn  87.5 
 
 		 73 bp  48.1  0.0003  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.289223 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0035  tRNA-Asn  87.5 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_R0033  tRNA-Asn  87.5 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.179763  normal  0.590864 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_R0029  tRNA-Asn  87.5 
 
 		 73 bp  48.1  0.0003  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.0716231  normal  0.649346 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_R0063  tRNA-Lys  87.5 
 
 		 73 bp  48.1  0.0003  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.358792  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_R0031  tRNA-Asn  87.5 
 
 		 73 bp  48.1  0.0003  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.167609  hitchhiker  0.00292997 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_13840  tRNA-Asn  87.5 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.305129  normal  0.453379 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0003  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0021  tRNA-Asn  91.43 
 
 		 75 bp  46.1  0.001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.552016 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_R0014  tRNA-Asn  87.23 
 
 		 73 bp  46.1  0.001  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0023  tRNA-Lys  91.43 
 
 		 75 bp  46.1  0.001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.27509 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_R0025  tRNA-Asn  87.27 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.305446  normal  0.230319 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_R0048  tRNA-Asn  87.27 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0049  tRNA-Asn  86.27 
 
 		 75 bp  46.1  0.001  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  0.0762286 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0048  tRNA-Asn  86.27 
 
 		 75 bp  46.1  0.001  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  0.0752552 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_R0022  tRNA-Arg  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.004  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000193997 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_R0014  tRNA-Asn  91.18 
 
 		 75 bp  44.1  0.004  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.355539  normal  0.911295 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0026  tRNA-Trp  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.004  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  hitchhiker  0.0000289673  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0018  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.004  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.330043  normal  0.24905 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0048  tRNA-Asn  93.33 
 
 		 76 bp  44.1  0.004  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.667802  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_R0033  tRNA-Arg  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.004  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.0000397698  normal  0.298215 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0059  tRNA-Met  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.004  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0010  tRNA-Met  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.004  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.132718 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0018  tRNA-OTHER  100 
 
 		 73 bp  44.1  0.004  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA27  tRNA-Met  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.841539  normal  0.0659835 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA46  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.198158  normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_R0037  tRNA-Lys  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.004  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  unclonable  0.0000000000296875  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_R0051  tRNA-Asn  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.004  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0042  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.004  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.15622 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0039  tRNA-Met  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.495047  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0059  tRNA-Met  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.004  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.122769  normal  1 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_R0042  tRNA-Lys  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.004  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.00104158  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_R0051  tRNA-Asn  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.004  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010502  Mrad2831_R0082  tRNA-Met  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.004  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0023  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.004  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000416946  unclonable  9.7747e-19 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0047  tRNA-Met  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.004  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.236827  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0008  tRNA-Met  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.004  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_R0020  tRNA-Asn  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.004  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.0246205 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0055  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.004  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.000000000183529  normal  1 
 
 
-
 
NC_010514  Mrad2831_R0080  tRNA-Met  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.004  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010517  Mrad2831_R0081  tRNA-Met  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.004  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_R0069  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.004  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.0196822  normal  0.911508 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0065  tRNA-Met  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.004  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.46604  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0053  tRNA-Met  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.004  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.157606  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0029  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.004  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.763657  normal  0.753454 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0064  tRNA-Met  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.004  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.304655  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>