211 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mnod_R0075 on replicon NC_011894
Organism: Methylobacterium nodulans ORS 2060



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010511  M446_R0067  tRNA-Asn  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.143044  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0056  tRNA-Asn  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.880886  decreased coverage  0.00985409 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0075  tRNA-Asn  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0031  tRNA-Asn  98.68 
 
 		 76 bp  143  7e-33  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0885898  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0076  tRNA-Asn  98.68 
 
 		 76 bp  143  7e-33  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.509004  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0076  tRNA-Asn  96.05 
 
 		 76 bp  127  4.0000000000000003e-28  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0078  tRNA-Asn  96.05 
 
 		 76 bp  127  4.0000000000000003e-28  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.184642 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0073  tRNA-Asn  96.05 
 
 		 76 bp  127  4.0000000000000003e-28  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0002  tRNA-Asn  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.409498 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0035  tRNA-Asn  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_R0067  tRNA-Asn  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0049  tRNA-Asn  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  unclonable  0.000000000433504  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0050  tRNA-Asn  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  unclonable  0.000000000354715  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0051  tRNA-Asn  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  unclonable  0.000000000442391  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_R0043  tRNA-Asn  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.362716  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0053  tRNA-Asn  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_R0049  tRNA-Asn  87.5 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  hitchhiker  0.0000556498  normal  0.485056 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0024  tRNA-Asn  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  hitchhiker  0.0077208  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0025  tRNA-Asn  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0056  tRNA-Asn  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0034    88.41 
 
 		 75 bp  65.9  0.000000001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.025116  hitchhiker  0.0090759 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0062  tRNA-Asn  86.96 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  4.6212e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_t43  tRNA-Asn  89.47 
 
 		 72 bp  65.9  0.000000001  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.546364  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0028  tRNA-Asn  88.41 
 
 		 75 bp  65.9  0.000000001  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.246384  normal  0.65431 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_R0040  tRNA-Asn  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0275291  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_R0014  tRNA-Asn  88.14 
 
 		 73 bp  61.9  0.00000002  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0054  tRNA-Asn  85.71 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.122077 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_R0034  tRNA-Asn  85.51 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.379435  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0016  tRNA-Asn  85.51 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.032389  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0052  tRNA-Asn  85.51 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.292372  normal  0.128808 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_R0013  tRNA-Asn  89.8 
 
 		 72 bp  58  0.0000003  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  decreased coverage  0.00468588  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_R0034  tRNA-Asn  85.51 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_R0027  tRNA-Asn  85.51 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.167118  normal  0.501278 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0057  tRNA-Asn  100 
 
 		 75 bp  56  0.000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000258126  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_R0021  tRNA-Asn  86.11 
 
 		 75 bp  56  0.000001  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.000000441917  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_R0019  tRNA-Asn  92.5 
 
 		 78 bp  56  0.000001  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.474721  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0042  tRNA-Asn  100 
 
 		 75 bp  56  0.000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000213291  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0001  tRNA-Met  86.67 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.103849  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0068  tRNA-Asn  84.21 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0128725  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0084  tRNA-Asn  100 
 
 		 75 bp  56  0.000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000101082  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_R0081  tRNA-Asn  86.11 
 
 		 75 bp  56  0.000001  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_R0028  tRNA-Asn  85.53 
 
 		 75 bp  56  0.000001  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.241758  hitchhiker  0.000295694 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_R0034  tRNA-Phe  90.7 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_R0035  tRNA-Phe  90.7 
 
 		 73 bp  54  0.000005  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_R0014  tRNA-Phe  90.7 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.0887945  normal  0.384198 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_R0007  tRNA-Phe  90.7 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0053  tRNA-Met  88.14 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.568663 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_tRNAPheVIMSS1309084  tRNA-Phe  90.7 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.690002  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_tRNAPheVIMSS1309115  tRNA-Phe  90.7 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_tRNAPheVIMSS1309181  tRNA-Phe  90.7 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  0.118097 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_tRNAPheVIMSS1309284  tRNA-Phe  90.7 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_tRNAPheVIMSS1309159  tRNA-Phe  90.7 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_tRNAPheVIMSS1309357  tRNA-Phe  90.7 
 
 		 73 bp  54  0.000005  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_R0005  tRNA-Asn  86.36 
 
 		 72 bp  52  0.00002  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.404272  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_R0052  tRNA-Asn  86.36 
 
 		 72 bp  52  0.00002  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_R0004  tRNA-Lys  86.21 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_tRNAAsnVIMSS1309287  tRNA-Asn  86.36 
 
 		 72 bp  52  0.00002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.781392 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_R0047  tRNA-Lys  94.12 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.361519  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0020  tRNA-Asn  85.51 
 
 		 75 bp  50.1  0.00007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0942184 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_R0053  tRNA-Lys  93.94 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.00000949911  hitchhiker  0.00166028 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0029  tRNA-Asn  85.51 
 
 		 75 bp  50.1  0.00007  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0014  tRNA-Asn  93.94 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.109561  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_R0043  tRNA-Asn  85.96 
 
 		 72 bp  50.1  0.00007  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA44  tRNA-Asn  85.51 
 
 		 75 bp  50.1  0.00007  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.366326  normal  0.398045 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0020  tRNA-Asn  85.51 
 
 		 75 bp  50.1  0.00007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4590  tRNA-Asn  85.51 
 
 		 75 bp  50.1  0.00007  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_R0019  tRNA-Lys  93.94 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  hitchhiker  0.00642302  normal  0.417435 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_R0013  tRNA-Lys  85.96 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0046  tRNA-Asn  82.89 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.00000652879 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0033  tRNA-Lys  85.71 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t11  tRNA-Asn  91.67 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.75816  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t39  tRNA-Asn  91.67 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.522109  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA46  tRNA-Asn  91.67 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.00683435  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA9  tRNA-Asn  91.67 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  unclonable  0.000000000314512  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0016  tRNA-Asn  90 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.00106062  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0031  tRNA-Asn  82.89 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  hitchhiker  0.0000643005  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0020  tRNA-Lys  86.54 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.768536  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0032  tRNA-Asn  90 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.172004  normal  0.954091 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_R0022  tRNA-Asn  87.5 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.275054  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_R0019  tRNA-Lys  88.64 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_714  tRNA-Asn  87.5 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.0692708  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_R0012  tRNA-Asn  82.89 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00142633  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_R0013  tRNA-Asn  82.89 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_R0015  tRNA-Lys  85.45 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.424743  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Lys-1  tRNA-Lys  86.27 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0061  tRNA-Leu  100 
 
 		 73 bp  46.1  0.001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0045  tRNA-Lys  100 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0379079  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0008  tRNA-Lys  86.27 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.054171  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_R0042  tRNA-Arg  100 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.802869 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0047  tRNA-Met  84.51 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.675982  normal  0.0740493 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_14020  tRNA-Asn  85.45 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_R0028  tRNA-Arg  86.44 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00106807  normal  0.150294 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2777  tRNA-Met  88.37 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.379753  normal  0.476878 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_R0007  tRNA-Asn  84 
 
 		 75 bp  46.1  0.001  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00021  tRNA-Lys  84.48 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.0000923528  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00044  tRNA-Lys  84.48 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  unclonable  0.000000150882  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0058  tRNA-Lys  84.48 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000188503  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0060  tRNA-Lys  84.48 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Escherichia coli DH1  Bacteria  unclonable  1.42893e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  tRNA-Asn-2  tRNA-Asn  100 
 
 		 74 bp  44.1  0.005  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.0708592  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_R0008  tRNA-Asn  84.85 
 
 		 72 bp  44.1  0.005  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>