205 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pcar_R0062 on replicon NC_007498
Organism: Pelobacter carbinolicus DSM 2380



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007498  Pcar_R0062  tRNA-Asn  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  4.6212e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0068  tRNA-Asn  94.74 
 
 		 76 bp  89.7  9e-17  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0128725  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0567  tRNA-Asn  91.18 
 
 		 73 bp  87.7  3e-16  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0055  tRNA-Asn  90 
 
 		 76 bp  83.8  0.000000000000005  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0297718  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Asn-1  tRNA-Asn  92.98 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0922112  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_R0043  tRNA-Asn  89.86 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.362716  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_R0067  tRNA-Asn  89.86 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_R0021  tRNA-Asn  89.71 
 
 		 73 bp  79.8  0.00000000000008  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  hitchhiker  0.00000256576  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0014  tRNA-Asn  88.73 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.109561  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_R0004  tRNA-Asn  88.57 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0058  tRNA-Asn  88.57 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0076  tRNA-Asn  88.41 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.509004  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0031  tRNA-Asn  88.41 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0885898  normal  1 
 
 
-
 
NC_002978  tRNA-Asn-1  tRNA-Asn  89.71 
 
 		 72 bp  71.9  0.00000000002  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_R0019  tRNA-Asn  91.07 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  hitchhiker  0.00742294  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_R0071  tRNA-Asn  91.84 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_R0070  tRNA-Asn  91.84 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.515617  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0075  tRNA-Asn  86.96 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0056  tRNA-Asn  86.96 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.880886  decreased coverage  0.00985409 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0067  tRNA-Asn  86.96 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.143044  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0016  tRNA-Asn  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.00106062  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0037  tRNA-Asn  86.84 
 
 		 75 bp  63.9  0.000000005  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.148342  normal  1 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0742  tRNA-Asn  88.24 
 
 		 72 bp  63.9  0.000000005  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  hitchhiker  0.00204496  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0034  tRNA-Asn  86.84 
 
 		 75 bp  63.9  0.000000005  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.171102  normal  0.94029 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0043  tRNA-Asn  86.84 
 
 		 75 bp  63.9  0.000000005  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.0112314 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0032  tRNA-Asn  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.172004  normal  0.954091 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0028  tRNA-Asn  86.84 
 
 		 75 bp  63.9  0.000000005  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0043  tRNA-Asn  87.32 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.696161 
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Asn-1  tRNA-Asn  85.71 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  hitchhiker  0.00351824  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0016  tRNA-Asn  85.71 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.032389  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_R0034  tRNA-Asn  85.71 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.379435  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_R0027  tRNA-Asn  85.71 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.167118  normal  0.501278 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_R0034  tRNA-Asn  85.71 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0010  tRNA-Asn  85.71 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.026586  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0076  tRNA-Asn  85.51 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0078  tRNA-Asn  85.51 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.184642 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0073  tRNA-Asn  85.51 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_R0014  tRNA-Asn  88.46 
 
 		 73 bp  56  0.000001  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_R0056  tRNA-Asn  84.21 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0035  tRNA-Asn  84.21 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.365038  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0009  tRNA-Asn  87.5 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.000858246  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0009  tRNA-Asn  87.5 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.990057 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0054  tRNA-Asn  84.21 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.00592499  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0027  tRNA-Asn  84.21 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRAt06  tRNA-Asn  96.77 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Brucella suis 1330  Bacteria  hitchhiker  0.00593265  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t11  tRNA-Asn  87.27 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.75816  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t39  tRNA-Asn  87.27 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.522109  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA46  tRNA-Asn  87.27 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.00683435  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA9  tRNA-Asn  87.27 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  unclonable  0.000000000314512  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R31  tRNA-Asn  87.27 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.208957  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0033  tRNA-Asn  96.77 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  hitchhiker  0.00239768  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_R0064  tRNA-Asn  96.77 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.187513  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0649  tRNA-Asn  96.77 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.000000000525296  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0682  tRNA-Asn  96.77 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.000000000249623  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0589  tRNA-Asn  96.77 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_t13  tRNA-Lys  94.12 
 
 		 73 bp  52  0.00002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  hitchhiker  0.000197803  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_t15  tRNA-Lys  94.12 
 
 		 73 bp  52  0.00002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  hitchhiker  0.00592778  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_t23  tRNA-Lys  94.12 
 
 		 73 bp  52  0.00002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.806894 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0063  tRNA-Lys  94.12 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00000807703  normal  0.539027 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0059  tRNA-Lys  94.12 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.00000000522849  normal  0.720074 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1734  tRNA-Lys  94.12 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.183043  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1735  tRNA-Lys  94.12 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.186999  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1736  tRNA-Lys  94.12 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.336069  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1737  tRNA-Lys  94.12 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.319153  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1738  tRNA-Lys  94.12 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.847044  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1739  tRNA-Lys  94.12 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.829671  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t52  tRNA-Lys  94.12 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.412315  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA11  tRNA-Lys  94.12 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.00000000654973  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA23  tRNA-Lys  94.12 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0058  tRNA-Lys  94.12 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.00000000626368  normal  0.708619 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R72  tRNA-Lys  94.12 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.564318  normal  0.506273 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0057  tRNA-Lys  94.12 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.00000000607595  normal  0.906339 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0062  tRNA-Lys  94.12 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00000112705  normal  0.545219 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0084  tRNA-Lys  94.12 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0002  tRNA-Phe  85.48 
 
 		 73 bp  52  0.00002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0039  tRNA-Lys  94.12 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.722493  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0040  tRNA-Lys  94.12 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.710582  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0065  tRNA-Lys  94.12 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.448477  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0030  tRNA-Lys  94.12 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.692876  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_R0002  tRNA-Phe  85.48 
 
 		 73 bp  52  0.00002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0054  tRNA-Lys  94.12 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00000000104235  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0055  tRNA-Lys  94.12 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00000306269  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0056  tRNA-Lys  94.12 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00000278009  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0057  tRNA-Lys  94.12 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.0000124727  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0056  tRNA-Lys  94.12 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.00000000735522  normal  0.906339 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0065  tRNA-Lys  94.12 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000203658  normal  0.402163 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0014  tRNA-Asn  84.29 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000105704  normal  0.0608768 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0032  tRNA-Lys  94.12 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0037  tRNA-Lys  94.12 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  hitchhiker  0.000000657367  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0038  tRNA-Lys  94.12 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  unclonable  0.0000000329533  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0064  tRNA-Lys  94.12 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.0000484105  normal  0.405062 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0061  tRNA-Lys  94.12 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000000126169  normal  0.545219 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0028  tRNA-Lys  94.12 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.252737  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0060  tRNA-Lys  94.12 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000000123741  normal  0.545219 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0006  tRNA-Lys  94.12 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0019  tRNA-Lys  94.12 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.870164 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_R0002  tRNA-Phe  85.48 
 
 		 73 bp  52  0.00002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0023  tRNA-Lys  94.12 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.483776  normal  0.0816799 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0025  tRNA-Lys  94.12 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.469225  normal  0.082047 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0039  tRNA-Lys  94.12 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.219334  normal  0.700265 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>