88 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cag_t43 on replicon NC_007514
Organism: Chlorobium chlorochromatii CaD3



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007514  Cag_t43  tRNA-Asn  100 
 
 		 72 bp  143  6e-33  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.546364  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_R0043  tRNA-Asn  97.22 
 
 		 72 bp  127  4.0000000000000003e-28  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_R0013  tRNA-Asn  98.46 
 
 		 72 bp  121  1.9999999999999998e-26  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  decreased coverage  0.00468588  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_R0047  tRNA-Asn  94.44 
 
 		 75 bp  111  2.0000000000000002e-23  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  unclonable  0.00000000000251185  normal  0.812325 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_R0008  tRNA-Asn  94.44 
 
 		 75 bp  111  2.0000000000000002e-23  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.0851483  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_R0013  tRNA-Asn  90.28 
 
 		 75 bp  87.7  3e-16  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_R0033  tRNA-Asn  92.59 
 
 		 75 bp  75.8  0.000000000001  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  hitchhiker  0.00000143067  hitchhiker  0.0000025916 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0052  tRNA-Asn  87.67 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.292372  normal  0.128808 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0076  tRNA-Asn  89.47 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.509004  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0075  tRNA-Asn  89.47 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0078  tRNA-Asn  89.47 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.184642 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0076  tRNA-Asn  89.47 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0067  tRNA-Asn  89.47 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.143044  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0056  tRNA-Asn  89.47 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.880886  decreased coverage  0.00985409 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0031  tRNA-Asn  89.47 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0885898  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0073  tRNA-Asn  89.47 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_R0046  tRNA-Asn  86.76 
 
 		 75 bp  63.9  0.000000005  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  decreased coverage  0.000000438638  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_R0039  tRNA-Asn  86.11 
 
 		 75 bp  63.9  0.000000005  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.268211  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_R0027  tRNA-Asn  86.11 
 
 		 75 bp  63.9  0.000000005  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.103485  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0042  tRNA-Asn  86.76 
 
 		 75 bp  63.9  0.000000005  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000213291  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0057  tRNA-Asn  86.76 
 
 		 75 bp  63.9  0.000000005  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000258126  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0084  tRNA-Asn  86.76 
 
 		 75 bp  63.9  0.000000005  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000101082  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_R0018  tRNA-Asn  89.09 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.723624  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_R0027  tRNA-Asn  90.91 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.742909  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0053  tRNA-Asn  90.2 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0017  tRNA-Asn  91.3 
 
 		 76 bp  60  0.00000007  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  decreased coverage  0.00000000360028  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0070  tRNA-Asn  91.3 
 
 		 76 bp  60  0.00000007  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.213378  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0054  tRNA-Asn  91.3 
 
 		 76 bp  60  0.00000007  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.122077 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0034    87.72 
 
 		 75 bp  58  0.0000003  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.025116  hitchhiker  0.0090759 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_R0049  tRNA-Asn  86.3 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  hitchhiker  0.0000556498  normal  0.485056 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_R0033  tRNA-Asn  89.29 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_R0010  tRNA-Asn  84.72 
 
 		 75 bp  56  0.000001  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.00716617  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_R0007  tRNA-Asn  85.29 
 
 		 75 bp  56  0.000001  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_R0027  tRNA-Lys  87.27 
 
 		 75 bp  54  0.000004  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_R0025  tRNA-Asn  89.09 
 
 		 73 bp  54  0.000004  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000914395 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0037  tRNA-Asn  88.24 
 
 		 72 bp  54  0.000004  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0002  tRNA-Asn  88.24 
 
 		 76 bp  54  0.000004  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.409498 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_R0038  tRNA-Asn  89.09 
 
 		 73 bp  54  0.000004  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_R0027  tRNA-Asn  89.09 
 
 		 73 bp  54  0.000004  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0793414  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_R0026  tRNA-Asn  89.09 
 
 		 73 bp  54  0.000004  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.117837  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_R0027  tRNA-Asn  87.27 
 
 		 75 bp  54  0.000004  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0226012  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0035  tRNA-Asn  88 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_06350  tRNA-Asn  88 
 
 		 75 bp  52  0.00002  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0056  tRNA-Asn  89.13 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0016  tRNA-Asn  89.13 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.0000166672  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0011  tRNA-Asn  89.13 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.00974618  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_R0006  tRNA-Asn  89.13 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.242548  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_R0053  tRNA-Asn  89.13 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.32132  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0049  tRNA-Asn  85.96 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  unclonable  0.000000000433504  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_R0013  tRNA-Asn  100 
 
 		 75 bp  50.1  0.00007  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  hitchhiker  0.00234115  normal  0.764739 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0050  tRNA-Asn  85.96 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  unclonable  0.000000000354715  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0051  tRNA-Asn  85.96 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  unclonable  0.000000000442391  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60180  tRNA-Asn  84.93 
 
 		 73 bp  50.1  0.00007  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_R0014  tRNA-Asn  84.93 
 
 		 73 bp  50.1  0.00007  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_R0025  tRNA-Asn  87.5 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.305446  normal  0.230319 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_R0075  tRNA-Asn  83.82 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0888868  normal  0.929022 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_R0011  tRNA-Asn  83.82 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.36604 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_R0063  tRNA-Lys  87.5 
 
 		 73 bp  48.1  0.0003  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.358792  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0075  tRNA-Asn  83.82 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  decreased coverage  0.000782806  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0021  tRNA-Asn  83.82 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_R0048  tRNA-Asn  87.5 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_R0042  tRNA-Arg  100 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.802869 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0019  tRNA-Asn  83.82 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0007  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.688543  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_R0032  tRNA-Asn  87.27 
 
 		 73 bp  46.1  0.001  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.260043  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_13840  tRNA-Asn  87.27 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.305129  normal  0.453379 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_R0040  tRNA-Asn  86.27 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0275291  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA46  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.198158  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_R0031  tRNA-Asn  87.27 
 
 		 73 bp  46.1  0.001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.167609  hitchhiker  0.00292997 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_R0021  tRNA-Met  84.75 
 
 		 75 bp  46.1  0.001  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.0114234  normal  0.0173767 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_R0029  tRNA-Asn  87.27 
 
 		 73 bp  46.1  0.001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.289223 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_R0033  tRNA-Asn  87.27 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.179763  normal  0.590864 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_R0029  tRNA-Asn  87.27 
 
 		 73 bp  46.1  0.001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.0716231  normal  0.649346 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t11  tRNA-Asn  85.48 
 
 		 76 bp  44.1  0.004  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.75816  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0049  tRNA-Asn  86 
 
 		 75 bp  44.1  0.004  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  0.0762286 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0048  tRNA-Asn  86 
 
 		 75 bp  44.1  0.004  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  0.0752552 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_19600  tRNA-Arg  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.004  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.0108959  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_06510  tRNA-Arg  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.004  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  decreased coverage  0.0000338303  normal  0.349036 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA44  tRNA-Asn  86 
 
 		 75 bp  44.1  0.004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.366326  normal  0.398045 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t39  tRNA-Asn  85.48 
 
 		 76 bp  44.1  0.004  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.522109  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA46  tRNA-Asn  85.48 
 
 		 76 bp  44.1  0.004  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.00683435  normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_R0037  tRNA-Lys  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.004  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  unclonable  0.0000000000296875  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_R0018  tRNA-Asn  85.19 
 
 		 72 bp  44.1  0.004  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_R0030  tRNA-Asn  85.19 
 
 		 72 bp  44.1  0.004  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.28172  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA9  tRNA-Asn  85.48 
 
 		 76 bp  44.1  0.004  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  unclonable  0.000000000314512  normal  1 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_R0042  tRNA-Lys  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.004  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.00104158  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0029  tRNA-Asn  86 
 
 		 75 bp  44.1  0.004  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0065  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.004  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.0000631385  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>