299 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Msil_R0002 on replicon NC_011666
Organism: Methylocella silvestris BL2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011666  Msil_R0002  tRNA-Asn  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.409498 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0035  tRNA-Asn  98.68 
 
 		 76 bp  143  7e-33  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0053  tRNA-Asn  93.42 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_R0040  tRNA-Asn  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0275291  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0076  tRNA-Asn  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0073  tRNA-Asn  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0078  tRNA-Asn  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.184642 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0028  tRNA-Asn  92.75 
 
 		 75 bp  89.7  9e-17  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.246384  normal  0.65431 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0049  tRNA-Asn  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  unclonable  0.000000000433504  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0050  tRNA-Asn  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  unclonable  0.000000000354715  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0051  tRNA-Asn  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  unclonable  0.000000000442391  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_R0011  tRNA-Asn  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00131891  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0067  tRNA-Asn  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.143044  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0075  tRNA-Asn  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0056  tRNA-Asn  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.880886  decreased coverage  0.00985409 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0056  tRNA-Asn  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0034    89.47 
 
 		 75 bp  79.8  0.00000000000008  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.025116  hitchhiker  0.0090759 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0076  tRNA-Asn  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.509004  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0036  tRNA-Asn  89.47 
 
 		 75 bp  79.8  0.00000000000008  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0031  tRNA-Asn  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0885898  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_R0049  tRNA-Asn  88.73 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  hitchhiker  0.0000556498  normal  0.485056 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0024  tRNA-Asn  88.16 
 
 		 75 bp  71.9  0.00000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_R0003  tRNA-Asn  94.12 
 
 		 72 bp  69.9  0.00000000008  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.173284  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_tRNAAsnVIMSS1309105  tRNA-Asn  94.12 
 
 		 72 bp  69.9  0.00000000008  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.512806  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_tRNAAsnVIMSS1309137  tRNA-Asn  94.12 
 
 		 72 bp  69.9  0.00000000008  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.898434  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_tRNAAsnVIMSS1309178  tRNA-Asn  94.12 
 
 		 72 bp  69.9  0.00000000008  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0054  tRNA-Asn  87.14 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.122077 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_R0038  tRNA-Asn  91.38 
 
 		 75 bp  67.9  0.0000000003  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0117  tRNA-Asn  91.38 
 
 		 75 bp  67.9  0.0000000003  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.0000000561727  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0032  tRNA-Asn  91.38 
 
 		 75 bp  67.9  0.0000000003  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0054  tRNA-Thr  89.66 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_R0013  tRNA-Lys  89.47 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0043  tRNA-Asn  88.41 
 
 		 75 bp  65.9  0.000000001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.696161 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5800  tRNA-Asn  91.07 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00845439  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5015  tRNA-Asn  91.07 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.0225437  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0796  tRNA-Glu  91.07 
 
 		 153 bp  63.9  0.000000005  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  5.41258e-33 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0167  tRNA-Asn  91.07 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00641958 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0231  tRNA-Asn  91.07 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00193561  normal  1 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_R0027  tRNA-Asn  91.07 
 
 		 75 bp  63.9  0.000000005  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  hitchhiker  0.000000161448  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4590  tRNA-Asn  86.84 
 
 		 75 bp  63.9  0.000000005  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5647  tRNA-Asx  91.07 
 
 		 75 bp  63.9  0.000000005  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  decreased coverage  0.0000000459393  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5656  tRNA-Asx  91.07 
 
 		 75 bp  63.9  0.000000005  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.0000000484594  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5705  tRNA-Asx  91.07 
 
 		 75 bp  63.9  0.000000005  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00918639  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5713  tRNA-Asx  91.07 
 
 		 75 bp  63.9  0.000000005  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.423008  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_R0115  tRNA-Asn  91.07 
 
 		 75 bp  63.9  0.000000005  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00549183  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0074  tRNA-Asn  91.07 
 
 		 75 bp  63.9  0.000000005  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  0.00000000257453  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  tRNA-Asn-1  tRNA-Asn  91.07 
 
 		 78 bp  63.9  0.000000005  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.0000000014846  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  tRNA-Asn-2  tRNA-Asn  91.07 
 
 		 78 bp  63.9  0.000000005  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0717839  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  tRNA-Asn-3  tRNA-Asn  91.07 
 
 		 78 bp  63.9  0.000000005  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0120777  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  tRNA-Asn-4  tRNA-Asn  91.07 
 
 		 78 bp  63.9  0.000000005  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  decreased coverage  0.00000000216624  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  tRNA-Asn-1  tRNA-Asn  91.07 
 
 		 78 bp  63.9  0.000000005  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00000000264792  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  tRNA-Asn-2  tRNA-Asn  91.07 
 
 		 78 bp  63.9  0.000000005  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  tRNA-Asn-3  tRNA-Asn  91.07 
 
 		 78 bp  63.9  0.000000005  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.0000000210589  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  tRNA-Asn-5  tRNA-Asn  91.07 
 
 		 78 bp  63.9  0.000000005  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00125687  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  tRNA-Asn-1  tRNA-Asn  91.07 
 
 		 78 bp  63.9  0.000000005  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.0000687099  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  tRNA-Asn-3  tRNA-Asn  91.07 
 
 		 78 bp  63.9  0.000000005  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000262097  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  tRNA-Asn-4  tRNA-Asn  91.07 
 
 		 78 bp  63.9  0.000000005  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.449639  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  tRNA-Asn-5  tRNA-Asn  91.07 
 
 		 78 bp  63.9  0.000000005  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.00000000234243  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5743  tRNA-Glu  91.07 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.000765198  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0871  tRNA-Glu  91.07 
 
 		 153 bp  63.9  0.000000005  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00000000806064  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_R0042  tRNA-Asn  91.07 
 
 		 75 bp  63.9  0.000000005  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.0000134576  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0033  tRNA-Asn  91.07 
 
 		 75 bp  63.9  0.000000005  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.000000091972  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5650  tRNA-Asn  91.07 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.000564406  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_R0124  tRNA-Asn  91.07 
 
 		 75 bp  63.9  0.000000005  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.865634  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R85  tRNA-Asn  86.11 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000392711  normal  0.139557 
 
 
-
 
NC_007530  tRNA-Asn-1  tRNA-Asn  91.07 
 
 		 75 bp  63.9  0.000000005  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.000000000185363  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  tRNA-Asn-2  tRNA-Asn  91.07 
 
 		 75 bp  63.9  0.000000005  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.0000000881117  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  tRNA-Asn-4  tRNA-Asn  91.07 
 
 		 75 bp  63.9  0.000000005  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00000965695  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  tRNA-Asn-5  tRNA-Asn  91.07 
 
 		 75 bp  63.9  0.000000005  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.067054  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_R0031  tRNA-Asn  91.07 
 
 		 75 bp  63.9  0.000000005  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000435649  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0188  tRNA-Asn  91.07 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.0000000634563  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5053  tRNA-Asn  91.07 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000000166826  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0042  tRNA-Asn  91.07 
 
 		 72 bp  63.9  0.000000005  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.0000233042  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0029  tRNA-Asn  86.84 
 
 		 75 bp  63.9  0.000000005  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0020  tRNA-Asn  86.84 
 
 		 75 bp  63.9  0.000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0942184 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_R0078  tRNA-Asn  91.07 
 
 		 75 bp  63.9  0.000000005  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_R0031  tRNA-Asn  91.07 
 
 		 75 bp  63.9  0.000000005  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  hitchhiker  0.000000375909  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5663  tRNA-Asn  91.07 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.0000092576  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4984  tRNA-Asn  91.07 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0291  tRNA-Asn  91.07 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00000000683434  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0120  tRNA-Asn  91.07 
 
 		 75 bp  63.9  0.000000005  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0694  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0111  tRNA-Asn  91.07 
 
 		 75 bp  63.9  0.000000005  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00999623  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0269  tRNA-Asn  91.07 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_R0078  tRNA-Asn  91.07 
 
 		 75 bp  63.9  0.000000005  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4560  tRNA-Glu  91.07 
 
 		 153 bp  63.9  0.000000005  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00000215336  normal  0.0816805 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_R0026  tRNA-Asn  91.07 
 
 		 75 bp  63.9  0.000000005  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  hitchhiker  0.000000025046  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0020  tRNA-Asn  86.84 
 
 		 75 bp  63.9  0.000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_R0045  tRNA-Asn  92.16 
 
 		 72 bp  61.9  0.00000002  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  unclonable  0.00000031214  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_R0053  tRNA-Asn  89.83 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.32132  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_R0005  tRNA-Asn  92.16 
 
 		 72 bp  61.9  0.00000002  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.404272  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_R0052  tRNA-Asn  92.16 
 
 		 72 bp  61.9  0.00000002  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_tRNAAsnVIMSS1309287  tRNA-Asn  92.16 
 
 		 72 bp  61.9  0.00000002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.781392 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_R0015  tRNA-Lys  89.09 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.424743  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_R0006  tRNA-Asn  89.83 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.242548  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00021  tRNA-Lys  87.93 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.0000923528  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0060  tRNA-Lys  87.93 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Escherichia coli DH1  Bacteria  unclonable  1.42893e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0068  tRNA-Lys  87.93 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.0000208772  normal  0.273161 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4661  tRNA-Lys  87.93 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000171362  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4660  tRNA-Lys  87.93 
 
 		 78 bp  60  0.00000008  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  2.11514e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0069  tRNA-Lys  87.93 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000000622929  normal  0.276829 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>