298 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sala_R0028 on replicon NC_008048
Organism: Sphingopyxis alaskensis RB2256



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008048  Sala_R0028  tRNA-Asn  100 
 
 		 75 bp  149  1.0000000000000001e-34  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.246384  normal  0.65431 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_R0003  tRNA-Asn  97.22 
 
 		 72 bp  127  4.0000000000000003e-28  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.173284  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_tRNAAsnVIMSS1309105  tRNA-Asn  97.22 
 
 		 72 bp  127  4.0000000000000003e-28  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.512806  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_tRNAAsnVIMSS1309137  tRNA-Asn  97.22 
 
 		 72 bp  127  4.0000000000000003e-28  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.898434  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_tRNAAsnVIMSS1309178  tRNA-Asn  97.22 
 
 		 72 bp  127  4.0000000000000003e-28  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0034    97.14 
 
 		 75 bp  123  6e-27  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.025116  hitchhiker  0.0090759 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_R0005  tRNA-Asn  95.83 
 
 		 72 bp  119  9e-26  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.404272  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_R0052  tRNA-Asn  95.83 
 
 		 72 bp  119  9e-26  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_tRNAAsnVIMSS1309287  tRNA-Asn  95.83 
 
 		 72 bp  119  9e-26  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.781392 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA44  tRNA-Asn  94.67 
 
 		 75 bp  117  3.9999999999999997e-25  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.366326  normal  0.398045 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_R0030  tRNA-Asn  94.44 
 
 		 72 bp  111  2.0000000000000002e-23  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.693953  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_tRNAAsnVIMSS1309370  tRNA-Asn  94.44 
 
 		 72 bp  111  2.0000000000000002e-23  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  0.434396 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_R0008  tRNA-Asn  94.44 
 
 		 72 bp  111  2.0000000000000002e-23  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_tRNAAsnVIMSS1309217  tRNA-Asn  94.44 
 
 		 72 bp  111  2.0000000000000002e-23  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0029  tRNA-Asn  94.29 
 
 		 75 bp  107  4e-22  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0024  tRNA-Asn  94.29 
 
 		 75 bp  107  4e-22  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0649  tRNA-Asn  92 
 
 		 75 bp  101  2e-20  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.000000000525296  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0682  tRNA-Asn  92 
 
 		 75 bp  101  2e-20  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.000000000249623  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0043  tRNA-Asn  92 
 
 		 75 bp  101  2e-20  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.696161 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0020  tRNA-Asn  92.86 
 
 		 75 bp  99.6  9e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4590  tRNA-Asn  92.86 
 
 		 75 bp  99.6  9e-20  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0020  tRNA-Asn  92.86 
 
 		 75 bp  99.6  9e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0942184 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0032  tRNA-Asn  92.75 
 
 		 75 bp  97.6  3e-19  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_R0038  tRNA-Asn  92.75 
 
 		 75 bp  97.6  3e-19  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0117  tRNA-Asn  92.75 
 
 		 75 bp  97.6  3e-19  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.0000000561727  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_R0045  tRNA-Asn  91.67 
 
 		 72 bp  95.6  1e-18  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  unclonable  0.00000031214  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRAt06  tRNA-Asn  91.55 
 
 		 75 bp  93.7  5e-18  Brucella suis 1330  Bacteria  hitchhiker  0.00593265  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0033  tRNA-Asn  91.55 
 
 		 75 bp  93.7  5e-18  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  hitchhiker  0.00239768  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0589  tRNA-Asn  91.55 
 
 		 77 bp  93.7  5e-18  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_R0064  tRNA-Asn  91.55 
 
 		 75 bp  93.7  5e-18  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.187513  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0002  tRNA-Asn  92.75 
 
 		 76 bp  89.7  8e-17  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.409498 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_R0026  tRNA-Asn  93.44 
 
 		 72 bp  89.7  8e-17  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.000000000338371  normal  0.10818 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0035  tRNA-Asn  92.75 
 
 		 76 bp  89.7  8e-17  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_R0025  tRNA-Asn  90.28 
 
 		 72 bp  87.7  3e-16  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.691429  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0037  tRNA-Asn  90 
 
 		 75 bp  83.8  0.000000000000005  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.148342  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0034  tRNA-Asn  90 
 
 		 75 bp  83.8  0.000000000000005  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.171102  normal  0.94029 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0043  tRNA-Asn  90 
 
 		 75 bp  83.8  0.000000000000005  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.0112314 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0028  tRNA-Asn  90 
 
 		 75 bp  83.8  0.000000000000005  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  tRNA-Asn-1  tRNA-Asn  88.89 
 
 		 72 bp  79.8  0.00000000000008  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0742  tRNA-Asn  88.89 
 
 		 72 bp  79.8  0.00000000000008  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  hitchhiker  0.00204496  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0076  tRNA-Asn  91.53 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_R0039  tRNA-Asn  88 
 
 		 75 bp  77.8  0.0000000000003  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  unclonable  0.0000000000000092174  hitchhiker  0.00180785 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0078  tRNA-Asn  91.53 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.184642 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0073  tRNA-Asn  91.53 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0036  tRNA-Asn  92.73 
 
 		 75 bp  77.8  0.0000000000003  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_R0081  tRNA-Asn  88 
 
 		 75 bp  77.8  0.0000000000003  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_R0021  tRNA-Asn  88 
 
 		 75 bp  77.8  0.0000000000003  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.000000441917  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_R0029  tRNA-Asn  88 
 
 		 75 bp  77.8  0.0000000000003  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.0127801  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_R0044  tRNA-Asn  87.5 
 
 		 72 bp  71.9  0.00000000002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.0403004  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_R0015  tRNA-Asn  87.5 
 
 		 72 bp  71.9  0.00000000002  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0052  tRNA-Asn  88.89 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.292372  normal  0.128808 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_R0005  tRNA-Asn  87.5 
 
 		 72 bp  71.9  0.00000000002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.570068 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_R0014  tRNA-Asn  87.5 
 
 		 72 bp  71.9  0.00000000002  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.11083 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_07580  tRNA-Asn  86.67 
 
 		 75 bp  69.9  0.00000000008  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.16811  normal  1 
 
 
-
 
NC_003912  CJE_tRNA-Asn-1  tRNA-Asn  90.91 
 
 		 75 bp  69.9  0.00000000008  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0053  tRNA-Asn  89.83 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_4299  tRNA-Asn  92.16 
 
 		 75 bp  69.9  0.00000000008  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_R0043  tRNA-Asn  86.67 
 
 		 75 bp  69.9  0.00000000008  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6038  tRNA-Asn  92.16 
 
 		 75 bp  69.9  0.00000000008  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  hitchhiker  0.000000594197  hitchhiker  0.00000000000000771476 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0531  tRNA-Asn  90.91 
 
 		 72 bp  69.9  0.00000000008  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_R0018  tRNA-Asn  92.16 
 
 		 75 bp  69.9  0.00000000008  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.224402  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_R0028  tRNA-Asn  92.16 
 
 		 75 bp  69.9  0.00000000008  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.227518  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0026  tRNA-Asn  92.16 
 
 		 75 bp  69.9  0.00000000008  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.294588 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1748  tRNA-Asn  90.91 
 
 		 75 bp  69.9  0.00000000008  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  hitchhiker  0.0000000183291  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0012  tRNA-Asn  87.32 
 
 		 75 bp  69.9  0.00000000008  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_R0032  tRNA-Asn  92.16 
 
 		 75 bp  69.9  0.00000000008  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_R0046  tRNA-Asn  92.16 
 
 		 75 bp  69.9  0.00000000008  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0500  tRNA-Asn  90.91 
 
 		 75 bp  69.9  0.00000000008  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  hitchhiker  0.00327724  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0593  tRNA-Lys  91.38 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  8.55159e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0060  tRNA-Lys  91.38 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  unclonable  0.00000424402  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0059  tRNA-Lys  91.38 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.000364263  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0061  tRNA-Lys  91.38 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.00534355  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0032  tRNA-Lys  91.38 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0034  tRNA-Lys  91.38 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.130491  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0037  tRNA-Lys  91.38 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.0000219335  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0037  tRNA-Lys  91.38 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.813487  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0036  tRNA-Lys  91.38 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.0000208543  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0060  tRNA-Lys  91.38 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.0000089379  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1454  tRNA-Asn  90.74 
 
 		 75 bp  67.9  0.0000000003  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0055  tRNA-Lys  91.38 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.444968  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0023  tRNA-Arg  87.67 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0061  tRNA-Lys  91.38 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  unclonable  0.00000433074  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0600  tRNA-Asn  86.96 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.000000000379275  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_R0033  tRNA-Asn  86.3 
 
 		 75 bp  65.9  0.000000001  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  hitchhiker  0.00000143067  hitchhiker  0.0000025916 
 
 
-
 
NC_002976  SERP_tRNA-Asn-1  tRNA-Asn  86.96 
 
 		 75 bp  65.9  0.000000001  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP_tRNA-Asn-2  tRNA-Asn  86.96 
 
 		 75 bp  65.9  0.000000001  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP_tRNA-Asn-3  tRNA-Asn  86.96 
 
 		 75 bp  65.9  0.000000001  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5671  tRNA-Asx  86.96 
 
 		 75 bp  65.9  0.000000001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  decreased coverage  0.0000000157902  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  tRNA-Asn-5  tRNA-Asn  86.96 
 
 		 78 bp  65.9  0.000000001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00000140923  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  tRNA-Asn-4  tRNA-Asn  86.96 
 
 		 78 bp  65.9  0.000000001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.043106  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  tRNA-Asn-2  tRNA-Asn  86.96 
 
 		 78 bp  65.9  0.000000001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.0000206575  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0067  tRNA-Asn  88.41 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.143044  normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  tRNA-Asn-3  tRNA-Asn  86.96 
 
 		 75 bp  65.9  0.000000001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000655937  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0056  tRNA-Asn  88.41 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.880886  decreased coverage  0.00985409 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_R0077  tRNA-Asn  86.96 
 
 		 75 bp  65.9  0.000000001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00000930167  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5706  tRNA-Asn  86.96 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  decreased coverage  0.0000905345  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5148  tRNA-Asn  86.96 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  unclonable  0.00000000015109  normal  0.479478 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4777  tRNA-Asn  86.96 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  decreased coverage  0.00000000213851  hitchhiker  0.0000000000000219436 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0075  tRNA-Asn  88.41 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0524  tRNA-Asn  86.96 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  5.4385300000000005e-28 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>