159 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Nham_R0029 on replicon NC_007964
Organism: Nitrobacter hamburgensis X14



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007964  Nham_R0029  tRNA-Asn  100 
 
 		 75 bp  149  1.0000000000000001e-34  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA44  tRNA-Asn  100 
 
 		 75 bp  139  1e-31  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.366326  normal  0.398045 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0034    97.33 
 
 		 75 bp  133  6e-30  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.025116  hitchhiker  0.0090759 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0020  tRNA-Asn  94.67 
 
 		 75 bp  117  3.9999999999999997e-25  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0942184 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0020  tRNA-Asn  94.67 
 
 		 75 bp  117  3.9999999999999997e-25  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4590  tRNA-Asn  94.67 
 
 		 75 bp  117  3.9999999999999997e-25  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0024  tRNA-Asn  93.33 
 
 		 75 bp  109  9.000000000000001e-23  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0028  tRNA-Asn  94.29 
 
 		 75 bp  107  4e-22  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.246384  normal  0.65431 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_R0005  tRNA-Asn  92.54 
 
 		 72 bp  93.7  5e-18  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.404272  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_R0052  tRNA-Asn  92.54 
 
 		 72 bp  93.7  5e-18  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_R0003  tRNA-Asn  92.54 
 
 		 72 bp  93.7  5e-18  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.173284  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_tRNAAsnVIMSS1309105  tRNA-Asn  92.54 
 
 		 72 bp  93.7  5e-18  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.512806  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_tRNAAsnVIMSS1309137  tRNA-Asn  92.54 
 
 		 72 bp  93.7  5e-18  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.898434  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_tRNAAsnVIMSS1309287  tRNA-Asn  92.54 
 
 		 72 bp  93.7  5e-18  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.781392 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_tRNAAsnVIMSS1309178  tRNA-Asn  92.54 
 
 		 72 bp  93.7  5e-18  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_R0033  tRNA-Asn  91.18 
 
 		 75 bp  87.7  3e-16  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  hitchhiker  0.00000143067  hitchhiker  0.0000025916 
 
 
-
 
NC_004311  BRAt06  tRNA-Asn  89.33 
 
 		 75 bp  85.7  0.000000000000001  Brucella suis 1330  Bacteria  hitchhiker  0.00593265  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0037  tRNA-Asn  89.33 
 
 		 75 bp  85.7  0.000000000000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.148342  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0034  tRNA-Asn  89.33 
 
 		 75 bp  85.7  0.000000000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.171102  normal  0.94029 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0043  tRNA-Asn  89.33 
 
 		 75 bp  85.7  0.000000000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.0112314 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0033  tRNA-Asn  89.33 
 
 		 75 bp  85.7  0.000000000000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  hitchhiker  0.00239768  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0589  tRNA-Asn  89.33 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_R0064  tRNA-Asn  89.33 
 
 		 75 bp  85.7  0.000000000000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.187513  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0028  tRNA-Asn  89.33 
 
 		 75 bp  85.7  0.000000000000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_R0026  tRNA-Asn  90.91 
 
 		 72 bp  83.8  0.000000000000005  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.000000000338371  normal  0.10818 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_R0045  tRNA-Asn  90.91 
 
 		 72 bp  83.8  0.000000000000005  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  unclonable  0.00000031214  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0649  tRNA-Asn  90 
 
 		 75 bp  83.8  0.000000000000005  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.000000000525296  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0682  tRNA-Asn  90 
 
 		 75 bp  83.8  0.000000000000005  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.000000000249623  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0043  tRNA-Asn  90 
 
 		 75 bp  83.8  0.000000000000005  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.696161 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_R0030  tRNA-Asn  89.55 
 
 		 72 bp  77.8  0.0000000000003  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.693953  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_06350  tRNA-Asn  89.55 
 
 		 75 bp  77.8  0.0000000000003  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_R0008  tRNA-Asn  89.55 
 
 		 72 bp  77.8  0.0000000000003  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_tRNAAsnVIMSS1309217  tRNA-Asn  89.55 
 
 		 72 bp  77.8  0.0000000000003  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0021  tRNA-Asn  88 
 
 		 75 bp  77.8  0.0000000000003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.552016 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_tRNAAsnVIMSS1309370  tRNA-Asn  89.55 
 
 		 72 bp  77.8  0.0000000000003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  0.434396 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1454  tRNA-Asn  91.23 
 
 		 75 bp  73.8  0.000000000005  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0009  tRNA-Lys  92.98 
 
 		 73 bp  73.8  0.000000000005  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  hitchhiker  0.000488659  normal  0.0708326 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_R0081  tRNA-Asn  88.24 
 
 		 75 bp  71.9  0.00000000002  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_R0021  tRNA-Asn  88.24 
 
 		 75 bp  71.9  0.00000000002  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.000000441917  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0053  tRNA-Asn  88.16 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0023  tRNA-Lys  91.07 
 
 		 75 bp  71.9  0.00000000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.27509 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0037  tRNA-Asn  91.07 
 
 		 72 bp  71.9  0.00000000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  tRNA-Asn-1  tRNA-Asn  88.06 
 
 		 72 bp  69.9  0.00000000008  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0742  tRNA-Asn  88.06 
 
 		 72 bp  69.9  0.00000000008  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  hitchhiker  0.00204496  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0052  tRNA-Asn  88.73 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.292372  normal  0.128808 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_R0038  tRNA-Asn  86.96 
 
 		 75 bp  65.9  0.000000001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0117  tRNA-Asn  86.96 
 
 		 75 bp  65.9  0.000000001  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.0000000561727  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0032  tRNA-Asn  86.96 
 
 		 75 bp  65.9  0.000000001  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002620  tRNA-Asn-1  tRNA-Asn  90.38 
 
 		 72 bp  63.9  0.000000005  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  0.513289  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0002  tRNA-Asn  86.84 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.409498 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0035  tRNA-Asn  86.84 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1392  tRNA-Asn  97.22 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0036  tRNA-Asn  89.09 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_R0025  tRNA-Asn  86.36 
 
 		 72 bp  60  0.00000008  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.691429  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_R0043  tRNA-Asn  85.71 
 
 		 75 bp  60  0.00000008  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_07580  tRNA-Asn  85.71 
 
 		 75 bp  60  0.00000008  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.16811  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0036  tRNA-Asn  86.89 
 
 		 75 bp  58  0.0000003  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_R0026  tRNA-Asn  91.11 
 
 		 73 bp  58  0.0000003  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.117837  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_R0027  tRNA-Asn  91.11 
 
 		 73 bp  58  0.0000003  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0793414  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_R0025  tRNA-Asn  91.11 
 
 		 73 bp  58  0.0000003  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000914395 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_R0038  tRNA-Asn  88.68 
 
 		 73 bp  58  0.0000003  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0763  tRNA-Asn  87.72 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  0.366453  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1414  tRNA-Asn  87.72 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  0.906421  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0049  tRNA-Asn  87.72 
 
 		 75 bp  58  0.0000003  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  0.0762286 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0048  tRNA-Asn  87.72 
 
 		 75 bp  58  0.0000003  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  0.0752552 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_R0008  tRNA-Asn  87.72 
 
 		 75 bp  58  0.0000003  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0060  tRNA-Lys  89.58 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00703391  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0061  tRNA-Lys  89.58 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00295696  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_R0033  tRNA-Asn  90.91 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_R0048  tRNA-Asn  90.91 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_R0041  tRNA-Asn  85.29 
 
 		 75 bp  56  0.000001  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.210867  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_R0044  tRNA-Lys  89.58 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.000000117241  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_R0013  tRNA-Asn  85.29 
 
 		 72 bp  56  0.000001  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  decreased coverage  0.00468588  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_R0042  tRNA-Lys  89.58 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.000000110387  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_R0043  tRNA-Lys  89.58 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.000000106008  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_4299  tRNA-Asn  88.24 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_R0014  tRNA-Asn  88.24 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.355539  normal  0.911295 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_R0018  tRNA-Asn  88.24 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.224402  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_R0028  tRNA-Asn  88.24 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.227518  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0026  tRNA-Asn  88.24 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.294588 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0012  tRNA-Asn  84 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_R0032  tRNA-Asn  88.24 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_R0046  tRNA-Asn  88.24 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_R0025  tRNA-Asn  90.7 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.305446  normal  0.230319 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6038  tRNA-Asn  88.24 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  hitchhiker  0.000000594197  hitchhiker  0.00000000000000771476 
 
 
-
 
NC_003912  CJE_tRNA-Asn-1  tRNA-Asn  87.04 
 
 		 75 bp  52  0.00002  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1748  tRNA-Asn  87.04 
 
 		 75 bp  52  0.00002  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  hitchhiker  0.0000000183291  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0500  tRNA-Asn  87.04 
 
 		 75 bp  52  0.00002  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  hitchhiker  0.00327724  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0531  tRNA-Asn  87.04 
 
 		 72 bp  52  0.00002  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_R0047  tRNA-Asn  84.29 
 
 		 75 bp  52  0.00002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0440889 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_R0021  tRNA-Asn  96.55 
 
 		 73 bp  50.1  0.00007  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  hitchhiker  0.00000256576  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_R0014  tRNA-Asn  93.94 
 
 		 75 bp  50.1  0.00007  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.566187  normal  0.158878 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_t0653  tRNA-Lys  90.24 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_t2173  tRNA-Lys  90.24 
 
 		 73 bp  50.1  0.00007  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.206805  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_R0012  tRNA-Met  88.89 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_2267  tRNA-Asn  85.96 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.0500335  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_R0078  tRNA-Met  88.68 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.105047  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0075  tRNA-Asn  85.51 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0056  tRNA-Asn  85.51 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.880886  decreased coverage  0.00985409 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0067  tRNA-Asn  85.51 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.143044  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>