202 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_R0043 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007778  RPB_R0037  tRNA-Asn  100 
 
 		 75 bp  149  1.0000000000000001e-34  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.148342  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0034  tRNA-Asn  100 
 
 		 75 bp  149  1.0000000000000001e-34  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.171102  normal  0.94029 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0043  tRNA-Asn  100 
 
 		 75 bp  149  1.0000000000000001e-34  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.0112314 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0028  tRNA-Asn  100 
 
 		 75 bp  149  1.0000000000000001e-34  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRAt06  tRNA-Asn  97.33 
 
 		 75 bp  133  6e-30  Brucella suis 1330  Bacteria  hitchhiker  0.00593265  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0033  tRNA-Asn  97.33 
 
 		 75 bp  133  6e-30  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  hitchhiker  0.00239768  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0589  tRNA-Asn  97.33 
 
 		 77 bp  133  6e-30  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_R0064  tRNA-Asn  97.33 
 
 		 75 bp  133  6e-30  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.187513  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0649  tRNA-Asn  98.57 
 
 		 75 bp  131  2.0000000000000002e-29  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.000000000525296  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0682  tRNA-Asn  98.57 
 
 		 75 bp  131  2.0000000000000002e-29  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.000000000249623  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0043  tRNA-Asn  95.71 
 
 		 75 bp  115  1.0000000000000001e-24  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.696161 
 
 
-
 
NC_002978  tRNA-Asn-1  tRNA-Asn  92.54 
 
 		 72 bp  93.7  5e-18  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0742  tRNA-Asn  92.54 
 
 		 72 bp  93.7  5e-18  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  hitchhiker  0.00204496  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0032  tRNA-Asn  91.3 
 
 		 75 bp  89.7  8e-17  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_R0038  tRNA-Asn  91.3 
 
 		 75 bp  89.7  8e-17  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0117  tRNA-Asn  91.3 
 
 		 75 bp  89.7  8e-17  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.0000000561727  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_tRNAAsnVIMSS1309370  tRNA-Asn  91.04 
 
 		 72 bp  85.7  0.000000000000001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  0.434396 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_R0030  tRNA-Asn  91.04 
 
 		 72 bp  85.7  0.000000000000001  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.693953  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0029  tRNA-Asn  89.33 
 
 		 75 bp  85.7  0.000000000000001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_tRNAAsnVIMSS1309217  tRNA-Asn  91.04 
 
 		 72 bp  85.7  0.000000000000001  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0024  tRNA-Asn  89.33 
 
 		 75 bp  85.7  0.000000000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_R0045  tRNA-Asn  90.91 
 
 		 72 bp  83.8  0.000000000000005  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  unclonable  0.00000031214  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0028  tRNA-Asn  90 
 
 		 75 bp  83.8  0.000000000000005  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.246384  normal  0.65431 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0055  tRNA-Asn  90 
 
 		 75 bp  83.8  0.000000000000005  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0338402  normal  0.0404026 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_R0029  tRNA-Asn  89.86 
 
 		 75 bp  81.8  0.00000000000002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.0127801  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_R0039  tRNA-Asn  89.86 
 
 		 75 bp  81.8  0.00000000000002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  unclonable  0.0000000000000092174  hitchhiker  0.00180785 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0019  tRNA-Asn  89.71 
 
 		 75 bp  79.8  0.00000000000008  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0021  tRNA-Asn  89.71 
 
 		 75 bp  79.8  0.00000000000008  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_R0081  tRNA-Asn  89.71 
 
 		 75 bp  79.8  0.00000000000008  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_R0021  tRNA-Asn  89.71 
 
 		 75 bp  79.8  0.00000000000008  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.000000441917  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4590  tRNA-Asn  88 
 
 		 75 bp  77.8  0.0000000000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0034    88 
 
 		 75 bp  77.8  0.0000000000003  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.025116  hitchhiker  0.0090759 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0020  tRNA-Asn  88 
 
 		 75 bp  77.8  0.0000000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0942184 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0020  tRNA-Asn  88 
 
 		 75 bp  77.8  0.0000000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_R0008  tRNA-Asn  89.55 
 
 		 72 bp  77.8  0.0000000000003  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0083  tRNA-Asn  92.59 
 
 		 75 bp  75.8  0.000000000001  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.233313  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0042  tRNA-Asn  92.59 
 
 		 75 bp  75.8  0.000000000001  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000010951  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_R0029  tRNA-Asn  92.59 
 
 		 75 bp  75.8  0.000000000001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011374  UUR10_0601  tRNA-Glu  94 
 
 		 155 bp  75.8  0.000000000001  Ureaplasma urealyticum serovar 10 str. ATCC 33699  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_R0025  tRNA-Asn  89.39 
 
 		 72 bp  75.8  0.000000000001  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.691429  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA44  tRNA-Asn  88.57 
 
 		 75 bp  75.8  0.000000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.366326  normal  0.398045 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_R0090  tRNA-Asn  92.59 
 
 		 75 bp  75.8  0.000000000001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_R0054  tRNA-Asn  92.59 
 
 		 75 bp  75.8  0.000000000001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0057  tRNA-Asn  88.24 
 
 		 75 bp  71.9  0.00000000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000258126  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0042  tRNA-Asn  88.24 
 
 		 75 bp  71.9  0.00000000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000213291  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0084  tRNA-Asn  88.24 
 
 		 75 bp  71.9  0.00000000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000101082  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0075  tRNA-Asn  88.24 
 
 		 75 bp  71.9  0.00000000002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  decreased coverage  0.000782806  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_R0003  tRNA-Asn  88.06 
 
 		 72 bp  69.9  0.00000000008  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.173284  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0036  tRNA-Asn  90.91 
 
 		 75 bp  69.9  0.00000000008  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_tRNAAsnVIMSS1309105  tRNA-Asn  88.06 
 
 		 72 bp  69.9  0.00000000008  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.512806  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_tRNAAsnVIMSS1309137  tRNA-Asn  88.06 
 
 		 72 bp  69.9  0.00000000008  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.898434  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_tRNAAsnVIMSS1309178  tRNA-Asn  88.06 
 
 		 72 bp  69.9  0.00000000008  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_R0043  tRNA-Asn  87.14 
 
 		 75 bp  67.9  0.0000000003  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1414  tRNA-Asn  90.74 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  0.906421  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_R0017  tRNA-Asn  87.14 
 
 		 75 bp  67.9  0.0000000003  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_R0033  tRNA-Asn  87.14 
 
 		 75 bp  67.9  0.0000000003  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0102741  normal  1 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1454  tRNA-Asn  90.74 
 
 		 75 bp  67.9  0.0000000003  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0763  tRNA-Asn  90.74 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  0.366453  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_R0041  tRNA-Asn  86.76 
 
 		 75 bp  63.9  0.000000005  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.210867  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0062  tRNA-Asn  86.84 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  4.6212e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET_tRNA-Asn-1  tRNA-Asn  89.09 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  hitchhiker  0.00645597  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP_tRNA-Asn-1  tRNA-Asn  89.09 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP_tRNA-Asn-2  tRNA-Asn  89.09 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP_tRNA-Asn-3  tRNA-Asn  89.09 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_R0005  tRNA-Asn  89.09 
 
 		 72 bp  61.9  0.00000002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.570068 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_R0005  tRNA-Asn  86.57 
 
 		 72 bp  61.9  0.00000002  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.404272  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_R0052  tRNA-Asn  86.57 
 
 		 72 bp  61.9  0.00000002  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_R0014  tRNA-Asn  89.09 
 
 		 72 bp  61.9  0.00000002  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.11083 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_R0041  tRNA-Asn  89.09 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.000000401156  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_R0015  tRNA-Asn  89.09 
 
 		 72 bp  61.9  0.00000002  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_tRNAAsnVIMSS1309287  tRNA-Asn  86.57 
 
 		 72 bp  61.9  0.00000002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.781392 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0021  tRNA-Asn  85.33 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.552016 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_R0053  tRNA-Asn  85.71 
 
 		 75 bp  60  0.00000008  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.0280094  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_R0044  tRNA-Asn  88.89 
 
 		 72 bp  60  0.00000008  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.0403004  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_R0010  tRNA-Asn  88.89 
 
 		 75 bp  60  0.00000008  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.00716617  n/a   
 
 
-
 
NC_006055  Mflt02  tRNA-Asn  97.3 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Mesoplasma florum L1  Bacteria  hitchhiker  0.00232285  n/a   
 
 
-
 
NC_007633  MCAP_0703  tRNA-Asn  92.68 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_tRNALysVIMSS1309373  tRNA-Lys  92.5 
 
 		 72 bp  56  0.000001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.589902  normal  0.683475 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_R0039  tRNA-Asn  85.29 
 
 		 75 bp  56  0.000001  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.268211  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_R0009  tRNA-Lys  92.5 
 
 		 72 bp  56  0.000001  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_R0021  tRNA-Asn  86.76 
 
 		 73 bp  56  0.000001  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  hitchhiker  0.00000256576  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_R0025  tRNA-Lys  92.5 
 
 		 72 bp  56  0.000001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.810895  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_R0032  tRNA-Asn  94.44 
 
 		 75 bp  56  0.000001  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000118975  n/a   
 
 
-
 
NC_011025  MARTH_R08  tRNA-Asn  89.58 
 
 		 75 bp  56  0.000001  Mycoplasma arthritidis 158L3-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_R0052  tRNA-Asn  94.44 
 
 		 75 bp  56  0.000001  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.274445  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_tRNALysVIMSS1309193  tRNA-Lys  92.5 
 
 		 72 bp  56  0.000001  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.238079  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_R0011  tRNA-Asn  85.29 
 
 		 75 bp  56  0.000001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.36604 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_R0027  tRNA-Asn  85.29 
 
 		 75 bp  56  0.000001  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.103485  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_R0075  tRNA-Asn  85.29 
 
 		 75 bp  56  0.000001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0888868  normal  0.929022 
 
 
-
 
NC_003912  CJE_tRNA-Met-2  tRNA-Met  92.31 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.593397  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  tRNA-Asn-1  tRNA-Asn  88.24 
 
 		 78 bp  54  0.000005  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.0000000014846  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  tRNA-Asn-2  tRNA-Asn  88.24 
 
 		 78 bp  54  0.000005  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0717839  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  tRNA-Asn-1  tRNA-Asn  88.24 
 
 		 78 bp  54  0.000005  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.0000687099  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  tRNA-Asn-3  tRNA-Asn  88.24 
 
 		 78 bp  54  0.000005  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000262097  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  tRNA-Asn-4  tRNA-Asn  88.24 
 
 		 78 bp  54  0.000005  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.449639  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  tRNA-Asn-5  tRNA-Asn  88.24 
 
 		 78 bp  54  0.000005  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.00000000234243  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0443  tRNA-Met  92.31 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0120  tRNA-Asn  88.24 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0694  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0111  tRNA-Asn  88.24 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00999623  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0033  tRNA-Asn  88.24 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.000000091972  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>