More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Hneap_R0011 on replicon NC_013422
Organism: Halothiobacillus neapolitanus c2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013422  Hneap_R0011  tRNA-Met  100 
 
 
77 bp  153  7e-36  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0023  tRNA-Met  96.1 
 
 
77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.00191996  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0035  tRNA-Met  94.81 
 
 
77 bp  121  1.9999999999999998e-26  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0053  tRNA-Met  93.51 
 
 
77 bp  113  6e-24  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.568663 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0001  tRNA-Met  92.21 
 
 
77 bp  105  1e-21  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.764109  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0001  tRNA-Met  92.21 
 
 
77 bp  105  1e-21  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_R0040  tRNA-Met  90.91 
 
 
77 bp  97.6  4e-19  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.138957  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0033  tRNA-Met  90.91 
 
 
77 bp  97.6  4e-19  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.000000189228  normal 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0390  tRNA-Met  90.91 
 
 
77 bp  97.6  4e-19  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0032  tRNA-Met  90.91 
 
 
77 bp  97.6  4e-19  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.136069  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0005  tRNA-Met  90.91 
 
 
77 bp  97.6  4e-19  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.203955  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1788  tRNA-Met  90.91 
 
 
79 bp  97.6  4e-19  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0025  tRNA-Met  91.55 
 
 
77 bp  93.7  6e-18  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.00131136  normal 
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0217  tRNA-Met  90.54 
 
 
77 bp  91.7  2e-17  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  hitchhiker  0.00000283281  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0001  tRNA-Met  90.91 
 
 
76 bp  89.7  9e-17  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.103849  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_R0018  tRNA-Met  89.19 
 
 
74 bp  83.8  0.000000000000005  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.169574 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0002  tRNA-Met  88.31 
 
 
77 bp  81.8  0.00000000000002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.452925 
 
 
-
 
NC_008309  HS_tMet02  tRNA-Met  92.86 
 
 
80 bp  79.8  0.00000000000008  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.0193377  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_R0046  tRNA-Met  89.71 
 
 
77 bp  79.8  0.00000000000008  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  hitchhiker  0.00480541  normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_R0024  tRNA-Met  89.71 
 
 
77 bp  79.8  0.00000000000008  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  unclonable  0.00000000000329716  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5070  tRNA-Met  90 
 
 
76 bp  75.8  0.000000000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0389718  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00056  tRNA-Ile  90 
 
 
76 bp  75.8  0.000000000001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.366108  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0013  tRNA-Met  90 
 
 
76 bp  75.8  0.000000000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.046309  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4699  tRNA-Met  90 
 
 
78 bp  75.8  0.000000000001  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.744605  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3658  tRNA-Met  90 
 
 
78 bp  75.8  0.000000000001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.458694  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE_tRNA-Met-3  tRNA-Met  87.84 
 
 
74 bp  75.8  0.000000000001  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.121443  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0443  tRNA-Met  90.32 
 
 
77 bp  75.8  0.000000000001  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE_tRNA-Met-2  tRNA-Met  90.32 
 
 
77 bp  75.8  0.000000000001  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.593397  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3467  tRNA-Met  90 
 
 
76 bp  75.8  0.000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000154969 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0607  tRNA-Met  90.32 
 
 
74 bp  75.8  0.000000000001  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3403  tRNA-Met  90 
 
 
76 bp  75.8  0.000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0018  tRNA-Met  90 
 
 
76 bp  75.8  0.000000000001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.689825  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3399  tRNA-Met  90 
 
 
76 bp  75.8  0.000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.143765  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4382  tRNA-Met  90 
 
 
78 bp  75.8  0.000000000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.156688  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3569  tRNA-Met  90 
 
 
76 bp  75.8  0.000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.349601 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_R0022  tRNA-Met  87.84 
 
 
77 bp  75.8  0.000000000001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00591364 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_R0021  tRNA-Met  87.84 
 
 
74 bp  75.8  0.000000000001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.715825 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0017  tRNA-Met  90 
 
 
76 bp  75.8  0.000000000001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0140072  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1749  tRNA-Met  90.32 
 
 
77 bp  75.8  0.000000000001  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0015  tRNA-Met  90 
 
 
76 bp  75.8  0.000000000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.74849  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0080  tRNA-Met  90 
 
 
76 bp  75.8  0.000000000001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0819155  normal  0.0971338 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3473  tRNA-Met  90 
 
 
76 bp  75.8  0.000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.103015  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3363  tRNA-Met  90 
 
 
78 bp  75.8  0.000000000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.130991  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_R0078  tRNA-Met  92.98 
 
 
76 bp  73.8  0.000000000005  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.105047  normal 
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Met-3  tRNA-Met  87.01 
 
 
77 bp  73.8  0.000000000005  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_R0022  tRNA-Met  88.41 
 
 
77 bp  73.8  0.000000000005  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA_tRNA-Met-1  tRNA-Met  92.98 
 
 
76 bp  73.8  0.000000000005  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lppt37  tRNA-Met  87.01 
 
 
77 bp  73.8  0.000000000005  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplt37  tRNA-Met  87.01 
 
 
77 bp  73.8  0.000000000005  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0011  tRNA-Met  87.01 
 
 
77 bp  73.8  0.000000000005  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0167662 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0832  tRNA-Met  92.98 
 
 
76 bp  73.8  0.000000000005  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R95  tRNA-Met  87.01 
 
 
77 bp  73.8  0.000000000005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_t30  tRNA-Met  88.41 
 
 
77 bp  73.8  0.000000000005  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  hitchhiker  0.00107522  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0002  tRNA-Met  87.01 
 
 
77 bp  73.8  0.000000000005  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00524383  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0622  tRNA-Met  92.98 
 
 
76 bp  73.8  0.000000000005  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_R0005  tRNA-Met  88.41 
 
 
74 bp  73.8  0.000000000005  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0047  tRNA-Met  90.16 
 
 
77 bp  73.8  0.000000000005  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.675982  normal  0.0740493 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0070  tRNA-Met  87.01 
 
 
77 bp  73.8  0.000000000005  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0320721  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0004  tRNA-Met  87.01 
 
 
77 bp  73.8  0.000000000005  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1521  tRNA-Met  92.98 
 
 
76 bp  73.8  0.000000000005  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1714  tRNA-Met  92.98 
 
 
76 bp  73.8  0.000000000005  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.199477  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2524  tRNA-Met  92.98 
 
 
76 bp  73.8  0.000000000005  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2383  tRNA-Met  92.98 
 
 
76 bp  73.8  0.000000000005  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0374  tRNA-Met  92.98 
 
 
76 bp  73.8  0.000000000005  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0029  tRNA-Met  87.01 
 
 
77 bp  73.8  0.000000000005  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00945673 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0011  tRNA-Met  87.01 
 
 
77 bp  73.8  0.000000000005  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.259096  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0092  tRNA-Met  91.07 
 
 
77 bp  71.9  0.00000000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0025  tRNA-Met  92.86 
 
 
76 bp  71.9  0.00000000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_R0078  tRNA-Met  97.5 
 
 
76 bp  71.9  0.00000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.0983896 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_BR0007  tRNA-Met  97.5 
 
 
73 bp  71.9  0.00000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.849736  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4209  tRNA-Met  91.07 
 
 
79 bp  71.9  0.00000000002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00407294  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4687  tRNA-Met  92.86 
 
 
76 bp  71.9  0.00000000002  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00526927  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5058  tRNA-Met  92.86 
 
 
76 bp  71.9  0.00000000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0084  tRNA-Met  91.07 
 
 
77 bp  71.9  0.00000000002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.438711  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0304  tRNA-Met  91.07 
 
 
79 bp  71.9  0.00000000002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.150543  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0029  tRNA-Met  92.86 
 
 
76 bp  71.9  0.00000000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_R0039  tRNA-Met  88.06 
 
 
74 bp  69.9  0.00000000008  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.000000000067349  normal  0.10104 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_R0028  tRNA-Met  88.06 
 
 
74 bp  69.9  0.00000000008  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000152188  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_R0016  tRNA-Met  88.06 
 
 
74 bp  69.9  0.00000000008  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.00509711  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3515  tRNA-Met  88.57 
 
 
76 bp  67.9  0.0000000003  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_R0007  tRNA-Met  87.14 
 
 
77 bp  67.9  0.0000000003  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2777  tRNA-Met  88.57 
 
 
76 bp  67.9  0.0000000003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.379753  normal  0.476878 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna017  tRNA-Met  97.62 
 
 
76 bp  67.9  0.0000000003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.274857  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0026  tRNA-Met  87.14 
 
 
77 bp  67.9  0.0000000003  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.629684 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_R0026  tRNA-Met  86.49 
 
 
74 bp  67.9  0.0000000003  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0211929  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_R0012  tRNA-Met  92 
 
 
77 bp  67.9  0.0000000003  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00847  tRNA-Met  97.62 
 
 
73 bp  67.9  0.0000000003  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_t04  tRNA-Met  95.12 
 
 
74 bp  65.9  0.000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.624139  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0090  tRNA-Met  85.71 
 
 
77 bp  65.9  0.000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0075  tRNA-Met  85.71 
 
 
77 bp  65.9  0.000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0054  tRNA-Met  85.71 
 
 
77 bp  65.9  0.000000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0008  tRNA-Met  85.71 
 
 
77 bp  65.9  0.000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_R0026  tRNA-Met  89.29 
 
 
77 bp  63.9  0.000000005  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.163788  normal  0.234084 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_R0018  tRNA-Met  85.53 
 
 
77 bp  63.9  0.000000005  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0555384  normal  0.496663 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_R0011  tRNA-Met  89.29 
 
 
77 bp  63.9  0.000000005  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.652931 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_R0006  tRNA-Met  89.29 
 
 
77 bp  63.9  0.000000005  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.371714  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_AR0063  tRNA-Met  89.29 
 
 
77 bp  63.9  0.000000005  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_R0019  tRNA-Met  88.14 
 
 
77 bp  61.9  0.00000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0017  tRNA-Met  87.3 
 
 
77 bp  61.9  0.00000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_R0041  tRNA-Met  87.3 
 
 
77 bp  61.9  0.00000002  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>