90 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VEA_rna017 on replicon NC_013456
Organism: Vibrio sp. Ex25



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013456  VEA_rna017  tRNA-Met  100 
 
 
76 bp  151  3e-35  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.274857  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00847  tRNA-Met  100 
 
 
73 bp  145  2e-33  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0043  tRNA-Met  90.79 
 
 
76 bp  95.6  1e-18  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0603767  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3195t  tRNA-Met  89.04 
 
 
73 bp  81.8  0.00000000000002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.215562  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0080  tRNA-Met  95.83 
 
 
76 bp  79.8  0.00000000000008  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0819155  normal  0.0971338 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0013  tRNA-Met  95.83 
 
 
76 bp  79.8  0.00000000000008  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.046309  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4699  tRNA-Met  95.83 
 
 
78 bp  79.8  0.00000000000008  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.744605  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5070  tRNA-Met  95.83 
 
 
76 bp  79.8  0.00000000000008  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0389718  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0015  tRNA-Met  95.83 
 
 
76 bp  79.8  0.00000000000008  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.74849  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3363  tRNA-Met  95.83 
 
 
78 bp  79.8  0.00000000000008  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.130991  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3658  tRNA-Met  95.83 
 
 
78 bp  79.8  0.00000000000008  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.458694  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3473  tRNA-Met  95.83 
 
 
76 bp  79.8  0.00000000000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.103015  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3467  tRNA-Met  95.83 
 
 
76 bp  79.8  0.00000000000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000154969 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3403  tRNA-Met  95.83 
 
 
76 bp  79.8  0.00000000000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3399  tRNA-Met  95.83 
 
 
76 bp  79.8  0.00000000000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.143765  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3569  tRNA-Met  95.83 
 
 
76 bp  79.8  0.00000000000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.349601 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4382  tRNA-Met  95.83 
 
 
78 bp  79.8  0.00000000000008  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.156688  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0072  tRNA-Met  95.83 
 
 
76 bp  79.8  0.00000000000008  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.571883  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0079  tRNA-Met  95.83 
 
 
76 bp  79.8  0.00000000000008  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0501725  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0018  tRNA-Met  95.83 
 
 
76 bp  79.8  0.00000000000008  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.689825  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0017  tRNA-Met  95.83 
 
 
76 bp  79.8  0.00000000000008  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0140072  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00056  tRNA-Ile  95.83 
 
 
76 bp  79.8  0.00000000000008  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.366108  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0028  tRNA-Met  88.31 
 
 
77 bp  73.8  0.000000000005  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_t023  tRNA-Met  88.31 
 
 
77 bp  73.8  0.000000000005  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA_tRNA-Met-1  tRNA-Met  97.56 
 
 
76 bp  73.8  0.000000000005  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0832  tRNA-Met  97.56 
 
 
76 bp  73.8  0.000000000005  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_BR0007  tRNA-Met  97.56 
 
 
73 bp  73.8  0.000000000005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.849736  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_R0078  tRNA-Met  97.56 
 
 
76 bp  73.8  0.000000000005  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.0983896 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0018  tRNA-Met  88.31 
 
 
77 bp  73.8  0.000000000005  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0278993  normal  0.0571882 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0622  tRNA-Met  97.56 
 
 
76 bp  73.8  0.000000000005  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_R0078  tRNA-Met  97.56 
 
 
76 bp  73.8  0.000000000005  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.105047  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0043  tRNA-Met  88.31 
 
 
77 bp  73.8  0.000000000005  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.165772  normal  0.314708 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0104  tRNA-Met  88.31 
 
 
77 bp  73.8  0.000000000005  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.013625  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0036  tRNA-Met  88.31 
 
 
77 bp  73.8  0.000000000005  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0559117  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0024  tRNA-Met  88.31 
 
 
77 bp  73.8  0.000000000005  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00918004  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0374  tRNA-Met  97.56 
 
 
76 bp  73.8  0.000000000005  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2383  tRNA-Met  97.56 
 
 
76 bp  73.8  0.000000000005  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2524  tRNA-Met  97.56 
 
 
76 bp  73.8  0.000000000005  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0025  tRNA-Met  88.31 
 
 
77 bp  73.8  0.000000000005  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000863723  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1714  tRNA-Met  97.56 
 
 
76 bp  73.8  0.000000000005  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.199477  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1521  tRNA-Met  97.56 
 
 
76 bp  73.8  0.000000000005  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0114  tRNA-Met  88.31 
 
 
77 bp  73.8  0.000000000005  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  0.00121971  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0120  tRNA-Met  88.31 
 
 
77 bp  73.8  0.000000000005  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.000419542  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0032  tRNA-Met  88.31 
 
 
77 bp  73.8  0.000000000005  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0772174  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0117  tRNA-Met  88.31 
 
 
77 bp  73.8  0.000000000005  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000129359  hitchhiker  0.0041219 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0120  tRNA-Met  88.31 
 
 
77 bp  73.8  0.000000000005  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0737074  normal  0.192949 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0029  tRNA-Met  93.75 
 
 
76 bp  71.9  0.00000000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5058  tRNA-Met  93.75 
 
 
76 bp  71.9  0.00000000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0615  tRNA-Met  93.75 
 
 
76 bp  71.9  0.00000000002  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.294067  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4687  tRNA-Met  93.75 
 
 
76 bp  71.9  0.00000000002  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00526927  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t099  tRNA-Met  88.16 
 
 
77 bp  71.9  0.00000000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0187022  normal  0.469652 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0025  tRNA-Met  93.75 
 
 
76 bp  71.9  0.00000000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4332  tRNA-Met  88.73 
 
 
77 bp  69.9  0.00000000008  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_R0011  tRNA-Met  97.62 
 
 
77 bp  67.9  0.0000000003  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3898  tRNA-Met  95.12 
 
 
76 bp  65.9  0.000000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2777  tRNA-Met  95.12 
 
 
76 bp  65.9  0.000000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.379753  normal  0.476878 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0041  tRNA-Met  87.01 
 
 
77 bp  65.9  0.000000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00042704  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3515  tRNA-Met  91.67 
 
 
76 bp  63.9  0.000000005  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0019  tRNA-Met  85.71 
 
 
77 bp  58  0.0000003  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.682883  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0304  tRNA-Met  91.84 
 
 
79 bp  58  0.0000003  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.150543  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0084  tRNA-Met  91.84 
 
 
77 bp  58  0.0000003  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.438711  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0092  tRNA-Met  91.84 
 
 
77 bp  58  0.0000003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RS01505  tRNA-Met  92.68 
 
 
76 bp  58  0.0000003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.946328  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4209  tRNA-Met  91.84 
 
 
79 bp  58  0.0000003  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00407294  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_R0012  tRNA-Met  96.88 
 
 
77 bp  56  0.000001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0005  tRNA-Met  85.92 
 
 
77 bp  54  0.000005  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00829837  normal 
 
 
-
 
NC_008309  HS_tMet02  tRNA-Met  93.02 
 
 
80 bp  54  0.000005  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.0193377  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0046  tRNA-Met  88 
 
 
76 bp  52  0.00002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_R0051  tRNA-Met  84.42 
 
 
77 bp  50.1  0.00007  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.430637  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0036  tRNA-Met  93.94 
 
 
76 bp  50.1  0.00007  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.572801  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0003  tRNA-Met  87.72 
 
 
77 bp  50.1  0.00007  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.879602  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_R0014  tRNA-Met  87.5 
 
 
77 bp  48.1  0.0003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.170576  normal  0.370354 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_R0032  tRNA-Met  93.55 
 
 
73 bp  46.1  0.001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.094935  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_R0024  tRNA-Met  93.55 
 
 
73 bp  46.1  0.001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000288853 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0017  tRNA-Met  87.27 
 
 
77 bp  46.1  0.001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_R0003  tRNA-Met  93.55 
 
 
73 bp  46.1  0.001  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.0886266 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0050  tRNA-Met  87.27 
 
 
77 bp  46.1  0.001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.325417  normal  0.466889 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R95  tRNA-Met  87.27 
 
 
77 bp  46.1  0.001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_R0024  tRNA-Met  92.31 
 
 
77 bp  46.1  0.001  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  unclonable  0.00000000000329716  normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_R0046  tRNA-Met  92.31 
 
 
77 bp  46.1  0.001  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  hitchhiker  0.00480541  normal 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_R0046  tRNA-Met  87.27 
 
 
77 bp  46.1  0.001  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.216228  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0022  tRNA-Met  87.27 
 
 
77 bp  46.1  0.001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.164411  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0053  tRNA-Met  90.48 
 
 
77 bp  44.1  0.005  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.568663 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_R0046  tRNA-Met  92.11 
 
 
77 bp  44.1  0.005  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.00275873  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_R0028  tRNA-Met  90.48 
 
 
77 bp  44.1  0.005  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.260556 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_R0007  tRNA-Met  91.18 
 
 
76 bp  44.1  0.005  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_R0012  tRNA-Met  91.18 
 
 
76 bp  44.1  0.005  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  unclonable  0.00000000097362  normal  0.0784713 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_R0031  tRNA-Met  90.48 
 
 
77 bp  44.1  0.005  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0023  tRNA-Met  90.48 
 
 
77 bp  44.1  0.005  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.00191996  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_R0028  tRNA-Met  90.48 
 
 
77 bp  44.1  0.005  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.882337  normal  0.0510984 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>