More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cphamn1_R0046 on replicon NC_010831
Organism: Chlorobium phaeobacteroides BS1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010831  Cphamn1_R0046  tRNA-Met  100 
 
 
77 bp  153  7e-36  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  hitchhiker  0.00480541  normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_R0024  tRNA-Met  98.7 
 
 
77 bp  145  2e-33  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  unclonable  0.00000000000329716  normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_R0022  tRNA-Met  97.33 
 
 
77 bp  133  6e-30  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_t30  tRNA-Met  97.33 
 
 
77 bp  133  6e-30  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  hitchhiker  0.00107522  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_R0028  tRNA-Met  97.3 
 
 
74 bp  131  3e-29  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000152188  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_R0039  tRNA-Met  97.3 
 
 
74 bp  131  3e-29  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.000000000067349  normal  0.10104 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_R0016  tRNA-Met  97.3 
 
 
74 bp  131  3e-29  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.00509711  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Met-3  tRNA-Met  96 
 
 
77 bp  125  2e-27  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.617808  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_R0007  tRNA-Met  90.67 
 
 
77 bp  93.7  6e-18  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0053  tRNA-Met  91.18 
 
 
77 bp  87.7  3e-16  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.568663 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0033  tRNA-Met  89.33 
 
 
77 bp  85.7  0.000000000000001  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.000000189228  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0032  tRNA-Met  89.33 
 
 
77 bp  85.7  0.000000000000001  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.136069  normal 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_R0035  tRNA-Met  91.8 
 
 
77 bp  81.8  0.00000000000002  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0025  tRNA-Met  89.71 
 
 
77 bp  79.8  0.00000000000008  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.00131136  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0304  tRNA-Met  91.67 
 
 
79 bp  79.8  0.00000000000008  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.150543  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4209  tRNA-Met  91.67 
 
 
79 bp  79.8  0.00000000000008  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00407294  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0035  tRNA-Met  89.71 
 
 
77 bp  79.8  0.00000000000008  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_R0011  tRNA-Met  89.71 
 
 
77 bp  79.8  0.00000000000008  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0217  tRNA-Met  90.62 
 
 
77 bp  79.8  0.00000000000008  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  hitchhiker  0.00000283281  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0084  tRNA-Met  91.67 
 
 
77 bp  79.8  0.00000000000008  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.438711  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0092  tRNA-Met  91.67 
 
 
77 bp  79.8  0.00000000000008  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1863  tRNA-Met  91.23 
 
 
77 bp  73.8  0.000000000005  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000000158589  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0668  tRNA-Met  91.23 
 
 
77 bp  73.8  0.000000000005  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00123939  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_tMet02  tRNA-Met  91.23 
 
 
80 bp  73.8  0.000000000005  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.0193377  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00056  tRNA-Ile  91.67 
 
 
76 bp  71.9  0.00000000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.366108  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0013  tRNA-Met  91.67 
 
 
76 bp  71.9  0.00000000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.046309  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0018  tRNA-Met  91.67 
 
 
76 bp  71.9  0.00000000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.689825  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3403  tRNA-Met  91.67 
 
 
76 bp  71.9  0.00000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_t023  tRNA-Met  90 
 
 
77 bp  71.9  0.00000000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3467  tRNA-Met  91.67 
 
 
76 bp  71.9  0.00000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000154969 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0015  tRNA-Met  91.67 
 
 
76 bp  71.9  0.00000000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.74849  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3363  tRNA-Met  91.67 
 
 
78 bp  71.9  0.00000000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.130991  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3473  tRNA-Met  91.67 
 
 
76 bp  71.9  0.00000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.103015  normal 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1788  tRNA-Met  89.06 
 
 
79 bp  71.9  0.00000000002  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4699  tRNA-Met  91.67 
 
 
78 bp  71.9  0.00000000002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.744605  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3658  tRNA-Met  91.67 
 
 
78 bp  71.9  0.00000000002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.458694  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0017  tRNA-Met  91.67 
 
 
76 bp  71.9  0.00000000002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0140072  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4382  tRNA-Met  91.67 
 
 
78 bp  71.9  0.00000000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.156688  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0043  tRNA-Met  90 
 
 
77 bp  71.9  0.00000000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.165772  normal  0.314708 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0120  tRNA-Met  90 
 
 
77 bp  71.9  0.00000000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0737074  normal  0.192949 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0120  tRNA-Met  90 
 
 
77 bp  71.9  0.00000000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.000419542  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3569  tRNA-Met  91.67 
 
 
76 bp  71.9  0.00000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.349601 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3399  tRNA-Met  91.67 
 
 
76 bp  71.9  0.00000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.143765  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0390  tRNA-Met  89.06 
 
 
77 bp  71.9  0.00000000002  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0117  tRNA-Met  90 
 
 
77 bp  71.9  0.00000000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000129359  hitchhiker  0.0041219 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0032  tRNA-Met  90 
 
 
77 bp  71.9  0.00000000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0772174  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0036  tRNA-Met  90 
 
 
77 bp  71.9  0.00000000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0559117  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0079  tRNA-Met  92.86 
 
 
76 bp  71.9  0.00000000002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0501725  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t099  tRNA-Met  90 
 
 
77 bp  71.9  0.00000000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0187022  normal  0.469652 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0025  tRNA-Met  90 
 
 
77 bp  71.9  0.00000000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000863723  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0023  tRNA-Met  88.24 
 
 
77 bp  71.9  0.00000000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.00191996  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5070  tRNA-Met  91.67 
 
 
76 bp  71.9  0.00000000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0389718  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0072  tRNA-Met  92.86 
 
 
76 bp  71.9  0.00000000002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.571883  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0080  tRNA-Met  91.67 
 
 
76 bp  71.9  0.00000000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0819155  normal  0.0971338 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0024  tRNA-Met  90 
 
 
77 bp  71.9  0.00000000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00918004  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0115  tRNA-Met  88.06 
 
 
74 bp  69.9  0.00000000008  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.791558  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_R0119  tRNA-Met  88.06 
 
 
74 bp  69.9  0.00000000008  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_R0046  tRNA-Met  89.66 
 
 
77 bp  67.9  0.0000000003  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.00275873  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0025  tRNA-Met  91.23 
 
 
76 bp  65.9  0.000000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4687  tRNA-Met  91.23 
 
 
76 bp  65.9  0.000000001  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00526927  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0029  tRNA-Met  91.23 
 
 
76 bp  65.9  0.000000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_t1220  tRNA-Met  89.47 
 
 
74 bp  65.9  0.000000001  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.400945  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5058  tRNA-Met  91.23 
 
 
76 bp  65.9  0.000000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0041  tRNA-Met  88.33 
 
 
77 bp  63.9  0.000000005  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00042704  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_AR0063  tRNA-Met  86.11 
 
 
77 bp  63.9  0.000000005  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4409  tRNA-Met  86.57 
 
 
79 bp  61.9  0.00000002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00224529  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5708  tRNA-Met  86.57 
 
 
74 bp  61.9  0.00000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.115547  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  tRNA-Met-8  tRNA-Met  86.57 
 
 
77 bp  61.9  0.00000002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00195943  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  tRNA-Met-7  tRNA-Met  86.57 
 
 
77 bp  61.9  0.00000002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  tRNA-Met-1  tRNA-Met  86.57 
 
 
77 bp  61.9  0.00000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0139099  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lppt37  tRNA-Met  85.33 
 
 
77 bp  61.9  0.00000002  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplt37  tRNA-Met  85.33 
 
 
77 bp  61.9  0.00000002  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007530  tRNA-Met-5  tRNA-Met  86.57 
 
 
74 bp  61.9  0.00000002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0104  tRNA-Met  94.87 
 
 
77 bp  61.9  0.00000002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.013625  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0844  tRNA-Met  86.57 
 
 
79 bp  61.9  0.00000002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.639074  normal  0.0213952 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0054  tRNA-Asn  89.83 
 
 
76 bp  61.9  0.00000002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.122077 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0012  tRNA-Lys  86.67 
 
 
76 bp  61.9  0.00000002  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.200559 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4296  tRNA-Met  86.57 
 
 
79 bp  61.9  0.00000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000610451 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0114  tRNA-Met  94.87 
 
 
77 bp  61.9  0.00000002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  0.00121971  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0026  tRNA-Met  85.33 
 
 
77 bp  61.9  0.00000002  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.629684 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0019  tRNA-Met  94.87 
 
 
77 bp  61.9  0.00000002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.682883  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5791  tRNA-Met  86.57 
 
 
79 bp  61.9  0.00000002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.815457  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0018  tRNA-Met  94.87 
 
 
77 bp  61.9  0.00000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0278993  normal  0.0571882 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0028  tRNA-Met  94.87 
 
 
77 bp  61.9  0.00000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4332  tRNA-Met  92.86 
 
 
77 bp  60  0.00000008  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0005  tRNA-Met  92.86 
 
 
77 bp  60  0.00000008  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00829837  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0022  tRNA-Met  92.86 
 
 
77 bp  60  0.00000008  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.164411  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0049  tRNA-Met  92.86 
 
 
77 bp  60  0.00000008  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0021032  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0043  tRNA-Met  93.48 
 
 
76 bp  60  0.00000008  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0603767  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE_tRNA-Met-2  tRNA-Met  87.72 
 
 
77 bp  58  0.0000003  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.593397  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3515  tRNA-Met  89.47 
 
 
76 bp  58  0.0000003  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2777  tRNA-Met  89.47 
 
 
76 bp  58  0.0000003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.379753  normal  0.476878 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0607  tRNA-Met  87.72 
 
 
74 bp  58  0.0000003  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_R0011  tRNA-Met  87.72 
 
 
77 bp  58  0.0000003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.652931 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_R0006  tRNA-Met  87.72 
 
 
77 bp  58  0.0000003  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.371714  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0047  tRNA-Met  87.72 
 
 
77 bp  58  0.0000003  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.675982  normal  0.0740493 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_t0744  tRNA-Met  87.72 
 
 
74 bp  58  0.0000003  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.92393  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_R0043  tRNA-Met  87.72 
 
 
74 bp  58  0.0000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1749  tRNA-Met  87.72 
 
 
77 bp  58  0.0000003  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0443  tRNA-Met  87.72 
 
 
77 bp  58  0.0000003  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>