248 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene YpAngola_A0304 on replicon NC_010159
Organism: Yersinia pestis Angola



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009708  YpsIP31758_4209  tRNA-Met  100 
 
 
79 bp  157  5.0000000000000005e-37  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00407294  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0304  tRNA-Met  100 
 
 
79 bp  157  5.0000000000000005e-37  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.150543  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0092  tRNA-Met  100 
 
 
77 bp  153  7e-36  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0084  tRNA-Met  100 
 
 
77 bp  153  7e-36  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.438711  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4382  tRNA-Met  94.87 
 
 
78 bp  115  2.0000000000000002e-24  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.156688  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3658  tRNA-Met  94.87 
 
 
78 bp  115  2.0000000000000002e-24  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.458694  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3363  tRNA-Met  94.87 
 
 
78 bp  115  2.0000000000000002e-24  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.130991  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4699  tRNA-Met  94.87 
 
 
78 bp  115  2.0000000000000002e-24  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.744605  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00056  tRNA-Ile  94.81 
 
 
76 bp  113  6e-24  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.366108  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0013  tRNA-Met  94.81 
 
 
76 bp  113  6e-24  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.046309  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3403  tRNA-Met  94.81 
 
 
76 bp  113  6e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0017  tRNA-Met  94.81 
 
 
76 bp  113  6e-24  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0140072  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3569  tRNA-Met  94.81 
 
 
76 bp  113  6e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.349601 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0018  tRNA-Met  94.81 
 
 
76 bp  113  6e-24  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.689825  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3399  tRNA-Met  94.81 
 
 
76 bp  113  6e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.143765  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_tMet02  tRNA-Met  96.92 
 
 
80 bp  113  6e-24  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.0193377  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5070  tRNA-Met  94.81 
 
 
76 bp  113  6e-24  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0389718  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3467  tRNA-Met  94.81 
 
 
76 bp  113  6e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000154969 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0015  tRNA-Met  94.81 
 
 
76 bp  113  6e-24  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.74849  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3473  tRNA-Met  94.81 
 
 
76 bp  113  6e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.103015  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0080  tRNA-Met  94.81 
 
 
76 bp  113  6e-24  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0819155  normal  0.0971338 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0025  tRNA-Met  92.21 
 
 
76 bp  97.6  4e-19  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3515  tRNA-Met  92.21 
 
 
76 bp  97.6  4e-19  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5058  tRNA-Met  92.21 
 
 
76 bp  97.6  4e-19  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0029  tRNA-Met  92.21 
 
 
76 bp  97.6  4e-19  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2777  tRNA-Met  92.21 
 
 
76 bp  97.6  4e-19  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.379753  normal  0.476878 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4687  tRNA-Met  92.21 
 
 
76 bp  97.6  4e-19  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00526927  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0615  tRNA-Met  90.67 
 
 
76 bp  85.7  0.000000000000001  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.294067  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_R0041  tRNA-Met  93.1 
 
 
77 bp  83.8  0.000000000000005  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t023  tRNA-Met  88.31 
 
 
77 bp  81.8  0.00000000000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1863  tRNA-Met  88.31 
 
 
77 bp  81.8  0.00000000000002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000000158589  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0036  tRNA-Met  88.31 
 
 
77 bp  81.8  0.00000000000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0559117  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0079  tRNA-Met  89.61 
 
 
76 bp  81.8  0.00000000000002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0501725  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0120  tRNA-Met  88.31 
 
 
77 bp  81.8  0.00000000000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0737074  normal  0.192949 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0120  tRNA-Met  88.31 
 
 
77 bp  81.8  0.00000000000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.000419542  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0668  tRNA-Met  88.31 
 
 
77 bp  81.8  0.00000000000002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00123939  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0072  tRNA-Met  89.61 
 
 
76 bp  81.8  0.00000000000002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.571883  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0117  tRNA-Met  88.31 
 
 
77 bp  81.8  0.00000000000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000129359  hitchhiker  0.0041219 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0043  tRNA-Met  88.31 
 
 
77 bp  81.8  0.00000000000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.165772  normal  0.314708 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0032  tRNA-Met  88.31 
 
 
77 bp  81.8  0.00000000000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0772174  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0025  tRNA-Met  88.31 
 
 
77 bp  81.8  0.00000000000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000863723  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0024  tRNA-Met  88.31 
 
 
77 bp  81.8  0.00000000000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00918004  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t099  tRNA-Met  88.16 
 
 
77 bp  79.8  0.00000000000009  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0187022  normal  0.469652 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_R0024  tRNA-Met  91.67 
 
 
77 bp  79.8  0.00000000000009  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  unclonable  0.00000000000329716  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0053  tRNA-Met  92.86 
 
 
77 bp  79.8  0.00000000000009  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.568663 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_R0046  tRNA-Met  91.67 
 
 
77 bp  79.8  0.00000000000009  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  hitchhiker  0.00480541  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0005  tRNA-Met  91.38 
 
 
77 bp  75.8  0.000000000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.203955  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3898  tRNA-Met  88.31 
 
 
76 bp  73.8  0.000000000005  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0043  tRNA-Met  95.92 
 
 
76 bp  73.8  0.000000000005  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0603767  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_R0011  tRNA-Met  91.07 
 
 
77 bp  71.9  0.00000000002  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_R0022  tRNA-Met  90 
 
 
77 bp  71.9  0.00000000002  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_R0039  tRNA-Met  90 
 
 
74 bp  71.9  0.00000000002  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.000000000067349  normal  0.10104 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_t30  tRNA-Met  90 
 
 
77 bp  71.9  0.00000000002  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  hitchhiker  0.00107522  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0035  tRNA-Met  91.07 
 
 
77 bp  71.9  0.00000000002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_R0028  tRNA-Met  90 
 
 
74 bp  71.9  0.00000000002  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000152188  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_R0016  tRNA-Met  90 
 
 
74 bp  71.9  0.00000000002  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.00509711  n/a   
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0217  tRNA-Met  91.07 
 
 
77 bp  71.9  0.00000000002  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  hitchhiker  0.00000283281  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_t1220  tRNA-Met  89.83 
 
 
74 bp  69.9  0.00000000008  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.400945  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0012  tRNA-Lys  87.84 
 
 
76 bp  67.9  0.0000000003  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.200559 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_R0046  tRNA-Met  97.37 
 
 
77 bp  67.9  0.0000000003  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.00275873  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0104  tRNA-Met  95.24 
 
 
77 bp  67.9  0.0000000003  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.013625  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0041  tRNA-Met  95.24 
 
 
77 bp  67.9  0.0000000003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00042704  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0114  tRNA-Met  95.24 
 
 
77 bp  67.9  0.0000000003  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  0.00121971  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0028  tRNA-Met  95.24 
 
 
77 bp  67.9  0.0000000003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0019  tRNA-Met  95.24 
 
 
77 bp  67.9  0.0000000003  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.682883  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0018  tRNA-Met  95.24 
 
 
77 bp  67.9  0.0000000003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0278993  normal  0.0571882 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_R0007  tRNA-Met  89.47 
 
 
77 bp  65.9  0.000000001  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0047  tRNA-Met  89.29 
 
 
77 bp  63.9  0.000000005  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.675982  normal  0.0740493 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0023  tRNA-Met  89.29 
 
 
77 bp  63.9  0.000000005  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.00191996  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0022  tRNA-Met  97.14 
 
 
77 bp  61.9  0.00000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.164411  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_R0024  tRNA-Asn  86.57 
 
 
77 bp  61.9  0.00000002  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2335  tRNA-Met  92.86 
 
 
77 bp  60  0.00000008  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.360729  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0047  tRNA-Met  92.86 
 
 
77 bp  60  0.00000008  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_R0006  tRNA-Met  87.93 
 
 
77 bp  60  0.00000008  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.371714  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_R0051  tRNA-Met  92.86 
 
 
77 bp  60  0.00000008  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.430637  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_R0011  tRNA-Met  87.93 
 
 
77 bp  60  0.00000008  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.652931 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0037  tRNA-Met  92.86 
 
 
77 bp  60  0.00000008  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_AR0063  tRNA-Met  87.93 
 
 
77 bp  60  0.00000008  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_R0022  tRNA-Met  90 
 
 
77 bp  60  0.00000008  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00591364 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1601  tRNA-Met  85.71 
 
 
76 bp  58  0.0000003  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00847  tRNA-Met  91.84 
 
 
73 bp  58  0.0000003  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna017  tRNA-Met  91.84 
 
 
76 bp  58  0.0000003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.274857  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2412  tRNA-Met  85.71 
 
 
76 bp  58  0.0000003  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00869744  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0038  tRNA-Met  87.72 
 
 
77 bp  58  0.0000003  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0167531  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2909  tRNA-Met  85.71 
 
 
76 bp  58  0.0000003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0000128307  hitchhiker  0.0000000000424074 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3218  tRNA-Met  85.71 
 
 
76 bp  58  0.0000003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.409054  hitchhiker  0.0091644 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2610  tRNA-Met  85.71 
 
 
76 bp  58  0.0000003  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.0000000297612  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2193  tRNA-Met  85.71 
 
 
76 bp  58  0.0000003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000427584  hitchhiker  0.000000134605 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3536  tRNA-Met  85.71 
 
 
76 bp  58  0.0000003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  decreased coverage  0.00370417  hitchhiker  0.000000304392 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1177  tRNA-Met  85.71 
 
 
76 bp  58  0.0000003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  decreased coverage  0.000000105973  hitchhiker  0.000000000000145149 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5028  tRNA-Met  85.71 
 
 
76 bp  58  0.0000003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.523947  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Met-3  tRNA-Met  86.67 
 
 
77 bp  56  0.000001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.617808  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4332  tRNA-Met  94.44 
 
 
77 bp  56  0.000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_R0020  tRNA-Met  96.88 
 
 
74 bp  56  0.000001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0126987  normal  0.390721 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_R0038  tRNA-Ile  87.5 
 
 
77 bp  56  0.000001  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  hitchhiker  0.00492352  normal  0.805671 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_R0017  tRNA-Ile  87.5 
 
 
77 bp  56  0.000001  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.0599655  normal 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_R0018  tRNA-Met  87.5 
 
 
74 bp  56  0.000001  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.169574 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_R0040  tRNA-Met  87.5 
 
 
77 bp  56  0.000001  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.138957  normal 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_R0028  tRNA-Ile  87.5 
 
 
77 bp  56  0.000001  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.897252  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1165  tRNA-Met  85.53 
 
 
76 bp  56  0.000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.391901 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>