More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Plav_R0029 on replicon NC_009719
Organism: Parvibaculum lavamentivorans DS-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009719  Plav_R0029  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00945673 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0059  tRNA-Met  93.51 
 
 		 76 bp  105  1e-21  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.122769  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0064  tRNA-Met  93.51 
 
 		 76 bp  105  1e-21  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.304655  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0065  tRNA-Met  93.51 
 
 		 76 bp  105  1e-21  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.46604  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0039  tRNA-Met  93.51 
 
 		 76 bp  105  1e-21  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.495047  normal  1 
 
 
-
 
NC_010502  Mrad2831_R0082  tRNA-Met  92.21 
 
 		 76 bp  97.6  4e-19  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0047  tRNA-Met  92.21 
 
 		 76 bp  97.6  4e-19  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.236827  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0059  tRNA-Met  92.21 
 
 		 76 bp  97.6  4e-19  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0018  tRNA-Met  92.21 
 
 		 76 bp  97.6  4e-19  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.69443  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA27  tRNA-Met  92.21 
 
 		 76 bp  97.6  4e-19  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.841539  normal  0.0659835 
 
 
-
 
NC_010517  Mrad2831_R0081  tRNA-Met  92.21 
 
 		 76 bp  97.6  4e-19  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010514  Mrad2831_R0080  tRNA-Met  92.21 
 
 		 76 bp  97.6  4e-19  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0010  tRNA-Met  92.21 
 
 		 76 bp  97.6  4e-19  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.132718 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_R0005  tRNA-Met  91.3 
 
 		 74 bp  89.7  9e-17  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_R0015  tRNA-Met  89.61 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.325787  normal  0.15681 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6037  tRNA-Met  89.61 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.018397  normal  0.113551 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0050  tRNA-Met  93.33 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0008  tRNA-Met  93.33 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0065  tRNA-Met  91.8 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.224549 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0066  tRNA-Met  91.8 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0053  tRNA-Met  89.61 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.157606  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0020  tRNA-Met  89.61 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.929177  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0014  tRNA-Met  89.61 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0053  tRNA-Met  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.568663 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0052  tRNA-Met  89.61 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.35698  normal  0.434285 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0049  tRNA-Met  90.77 
 
 		 74 bp  81.8  0.00000000000002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.175239  decreased coverage  0.00156348 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0006  tRNA-Met  91.8 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0343832 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0001  tRNA-Met  91.67 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.220439  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0062  tRNA-Met  91.67 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0374221  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP_tRNA-Met-3  tRNA-Met  91.53 
 
 		 74 bp  77.8  0.0000000000003  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_R0052  tRNA-Met  91.53 
 
 		 74 bp  77.8  0.0000000000003  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_R0052  tRNA-Met  91.53 
 
 		 74 bp  77.8  0.0000000000003  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.52519  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_R0011  tRNA-Met  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE_tRNA-Met-2  tRNA-Met  89.83 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.593397  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0607  tRNA-Met  89.83 
 
 		 74 bp  69.9  0.00000000008  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1749  tRNA-Met  89.83 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0443  tRNA-Met  89.83 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0004  tRNA-Met  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0012    87.01 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.735583  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0028  tRNA-Met  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0063  tRNA-Met  87.01 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0055  tRNA-Met  87.01 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0011  tRNA-Met  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0167662 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1429  tRNA-Met  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0049  tRNA-Met  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.488702  normal  0.899504 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_t1573  tRNA-Met  89.47 
 
 		 74 bp  65.9  0.000000001  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_t1608  tRNA-Met  89.47 
 
 		 74 bp  65.9  0.000000001  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  normal  0.838152 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0115  tRNA-Met  89.47 
 
 		 74 bp  65.9  0.000000001  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.791558  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0045  tRNA-Met  87.01 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.602401 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0070  tRNA-Met  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0320721  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0011  tRNA-Met  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.259096  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_R0119  tRNA-Met  89.47 
 
 		 74 bp  65.9  0.000000001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0023  tRNA-Met  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.00191996  normal  1 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0898  tRNA-Met  88.33 
 
 		 74 bp  63.9  0.000000005  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.542137  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR_t27  tRNA-Met  85.14 
 
 		 74 bp  60  0.00000008  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0001  tRNA-Met  97.06 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.103849  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_R0041  tRNA-Met  85.14 
 
 		 74 bp  60  0.00000008  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000154494  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Ile-1  tRNA-Ile  84.93 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0697106  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Ile-2  tRNA-Ile  84.93 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0142737  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5791  tRNA-Met  87.72 
 
 		 79 bp  58  0.0000003  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.815457  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5708  tRNA-Met  87.72 
 
 		 74 bp  58  0.0000003  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.115547  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5722  tRNA-Met  87.72 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00777466  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  tRNA-Met-1  tRNA-Met  87.72 
 
 		 80 bp  58  0.0000003  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.000949861  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  tRNA-Met-8  tRNA-Met  87.72 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00195943  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  tRNA-Met-7  tRNA-Met  87.72 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  tRNA-Met-8  tRNA-Met  87.72 
 
 		 80 bp  58  0.0000003  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.657815  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  tRNA-Met-1  tRNA-Met  87.72 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0139099  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0071  tRNA-Ile  84.42 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.207153  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0021  tRNA-Ile  84.42 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.383429  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0041  tRNA-Ile  84.42 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.018808 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5024  tRNA-Met  87.72 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.0000167007  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0014  tRNA-Ile  84.42 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0022  tRNA-Ile  84.42 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.879931  normal  0.983676 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0028  tRNA-Ile  84.42 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0014  tRNA-Ile  84.42 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.712374 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0002  tRNA-Met  84.42 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00524383  normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  tRNA-Met-5  tRNA-Met  87.72 
 
 		 74 bp  58  0.0000003  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  tRNA-Met-7  tRNA-Met  87.72 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.000084992  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0035  tRNA-Met  84.42 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0019  tRNA-Ile  84.42 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.522587  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0027  tRNA-Ile  84.42 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5809  tRNA-Met  87.72 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00220616  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0020  tRNA-Ile  84.42 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0052  tRNA-Ile  84.42 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.307306  normal  0.320522 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0043  tRNA-Ile  84.42 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.333285 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0012  tRNA-Ile  84.42 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.430923 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0033  tRNA-Ile  84.42 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.715295 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0007  tRNA-Ile  84.42 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.367995  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0054  tRNA-Met  84.42 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0020  tRNA-Ile  84.42 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_R0133  tRNA-Met  87.72 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0204958  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0050  tRNA-Ile  84.42 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.356265 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0028  tRNA-Ile  84.42 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0060  tRNA-Ile  84.42 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0548087 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0129  tRNA-Met  87.72 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.0000915038  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0035  tRNA-Ile  84.42 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.695665 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0012  tRNA-Ile  84.42 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.181038  normal  0.23369 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4409  tRNA-Met  87.72 
 
 		 79 bp  58  0.0000003  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00224529  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0964  tRNA-Met  84.42 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0491752  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0028  tRNA-Ile  84.42 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.404313  hitchhiker  0.002006 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>