84 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dvul_R0055 on replicon NC_008751
Organism: Desulfovibrio vulgaris DP4



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008751  Dvul_R0055  tRNA-Met  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0015  tRNA-Met  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.012371 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_R0006  tRNA-Met  86.3 
 
 		 73 bp  65.9  0.000000001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0204099  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0004  tRNA-Met  87.01 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_R0007  tRNA-Met  86.3 
 
 		 73 bp  65.9  0.000000001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0053  tRNA-Met  86.96 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.157606  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0007  tRNA-Met  86.3 
 
 		 73 bp  65.9  0.000000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.860787  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0070  tRNA-Met  87.01 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0320721  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_R0007  tRNA-Met  86.3 
 
 		 73 bp  65.9  0.000000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0060  tRNA-Met  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0044  tRNA-Met  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.477154  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_R0011  tRNA-Met  91.11 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0023  tRNA-Met  85.71 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.00191996  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_R0045  tRNA-Met  84.21 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.00000299678  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_R0065  tRNA-Met  84.21 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0074  tRNA-Met  89.58 
 
 		 75 bp  56  0.000001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00224698  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0001  tRNA-Met  100 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.103849  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0059  tRNA-Met  96.77 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.122769  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0039  tRNA-Met  96.77 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.495047  normal  1 
 
 
-
 
NC_010502  Mrad2831_R0082  tRNA-Met  96.77 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0010  tRNA-Met  96.77 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.132718 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0008  tRNA-Met  96.77 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0001  tRNA-Met  96.77 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010514  Mrad2831_R0080  tRNA-Met  96.77 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010517  Mrad2831_R0081  tRNA-Met  96.77 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0001  tRNA-Met  96.77 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.764109  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA27  tRNA-Met  96.77 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.841539  normal  0.0659835 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0065  tRNA-Met  96.77 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.46604  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0064  tRNA-Met  96.77 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.304655  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0047  tRNA-Met  96.77 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.236827  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0059  tRNA-Met  96.77 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_R0021  tRNA-Met  96.77 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.0114234  normal  0.0173767 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_06510  tRNA-Arg  96.77 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  decreased coverage  0.0000338303  normal  0.349036 
 
 
-
 
NC_003912  CJE_tRNA-Met-2  tRNA-Met  92.11 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.593397  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1749  tRNA-Met  92.11 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_R0020  tRNA-Asn  86.21 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.0246205 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0607  tRNA-Met  92.11 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0443  tRNA-Met  92.11 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0029  tRNA-Met  89.13 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00945673 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_R0008  tRNA-Met  90.24 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_R0076  tRNA-Met  84.42 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.285949  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_R0051  tRNA-Met  84.42 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00732505  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Met-3  tRNA-Met  84.42 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_R0026  tRNA-Met  90.24 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.963171  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_R0033  tRNA-Met  90.24 
 
 		 73 bp  50.1  0.00007  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0065  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.0000631385  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0029  tRNA-Met  90.24 
 
 		 73 bp  50.1  0.00007  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.513639 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_R0049  tRNA-Met  87.76 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.404758  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0002  tRNA-Met  84.42 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00524383  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0054  tRNA-Met  84.42 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0011  tRNA-Met  87.5 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0167662 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0011  tRNA-Met  87.5 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.259096  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_R0040  tRNA-Met  82.89 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000293258  hitchhiker  0.00175254 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA46  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.198158  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0066  tRNA-Met  82.89 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_19600  tRNA-Arg  100 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.0108959  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_14025  tRNA-Asn  85.71 
 
 		 73 bp  48.1  0.0003  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0035  tRNA-Met  96.43 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_R0074  tRNA-Met  87.5 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0565222  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_R0029  tRNA-Asn  85.45 
 
 		 73 bp  46.1  0.001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.289223 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_13840  tRNA-Asn  85.45 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.305129  normal  0.453379 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_R0032  tRNA-Asn  85.45 
 
 		 73 bp  46.1  0.001  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.260043  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0014  tRNA-Met  93.55 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0062  tRNA-Met  93.55 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0374221  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_R0029  tRNA-Asn  85.45 
 
 		 73 bp  46.1  0.001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.0716231  normal  0.649346 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_R0033  tRNA-Asn  85.45 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.179763  normal  0.590864 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0006  tRNA-Met  93.55 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0343832 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0018  tRNA-Met  93.55 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.69443  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_R0023  tRNA-Lys  84.13 
 
 		 73 bp  46.1  0.001  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.299591  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0065  tRNA-Met  93.55 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.224549 
 
 
-
 
NC_002936  DET_tRNA-Lys-1  tRNA-Lys  84.13 
 
 		 73 bp  46.1  0.001  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.489322  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_R0037  tRNA-Lys  93.55 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  unclonable  0.0000000000296875  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0052  tRNA-Met  93.55 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.35698  normal  0.434285 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0001  tRNA-Met  93.55 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.220439  normal  1 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_722  tRNA-Lys  84.13 
 
 		 73 bp  46.1  0.001  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_R0042  tRNA-Lys  93.55 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.00104158  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0964  tRNA-Met  84.29 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0491752  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_R0048  tRNA-Asn  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_R0033  tRNA-Asn  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0049  tRNA-Met  84.29 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.488702  normal  0.899504 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_R0016  tRNA-Met  91.18 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  unclonable  0.0000000000153982  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1429  tRNA-Met  84.29 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0028  tRNA-Met  84.29 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_R0016  tRNA-Met  91.18 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  unclonable  0.000000169837  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>