179 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Plim_R0002 on replicon NC_014148
Organism: Planctomyces limnophilus DSM 3776



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_014148  Plim_R0002  tRNA-Lys  100 
 
 
73 bp  145  2e-33  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_R0047  tRNA-Lys  93.44 
 
 
76 bp  89.7  8e-17  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.787632  normal 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_R0034  tRNA-Lys  91.38 
 
 
76 bp  75.8  0.000000000001  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_R0027  tRNA-Lys  93.1 
 
 
75 bp  75.8  0.000000000001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0037  tRNA-Lys  91.07 
 
 
76 bp  71.9  0.00000000002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.663839  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0048  tRNA-Lys  92.16 
 
 
76 bp  69.9  0.00000000008  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.780393  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0020  tRNA-Lys  89.66 
 
 
76 bp  67.9  0.0000000003  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.454268  normal  0.255497 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0009  tRNA-Lys  89.66 
 
 
76 bp  67.9  0.0000000003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.66226  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0025  tRNA-Lys  89.29 
 
 
76 bp  63.9  0.000000005  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000416946  unclonable  9.48259e-19 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0019  tRNA-Lys  89.29 
 
 
76 bp  63.9  0.000000005  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.475559  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_R0063  tRNA-Lys  89.29 
 
 
73 bp  63.9  0.000000005  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.358792  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Lys-1  tRNA-Lys  90.2 
 
 
76 bp  61.9  0.00000002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0034  tRNA-Lys  87.3 
 
 
76 bp  61.9  0.00000002  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.0206765  normal 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0001  tRNA-Met  88.06 
 
 
77 bp  61.9  0.00000002  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0025  tRNA-Lys  89.09 
 
 
76 bp  61.9  0.00000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.949692  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0026  tRNA-Lys  89.09 
 
 
76 bp  61.9  0.00000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0001  tRNA-Met  88.06 
 
 
77 bp  61.9  0.00000002  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.764109  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0060  tRNA-Lys  89.09 
 
 
76 bp  61.9  0.00000002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  hitchhiker  0.00479449  normal  0.168783 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0061  tRNA-Lys  89.09 
 
 
76 bp  61.9  0.00000002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  hitchhiker  0.00229063  normal  0.168783 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0078  tRNA-Lys  89.09 
 
 
76 bp  61.9  0.00000002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0983786 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_R0030  tRNA-Lys  89.09 
 
 
76 bp  61.9  0.00000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0016  tRNA-Lys  87.1 
 
 
76 bp  60  0.00000007  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.519622  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_R0030  tRNA-Lys  88.89 
 
 
76 bp  60  0.00000007  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.0471674  normal 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_R0001  tRNA-Lys  87.93 
 
 
76 bp  60  0.00000007  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_R0039  tRNA-Lys  88.89 
 
 
76 bp  60  0.00000007  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0033  tRNA-Lys  87.93 
 
 
76 bp  60  0.00000007  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_R0013  tRNA-Lys  89.8 
 
 
75 bp  58  0.0000003  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.882004  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0046  tRNA-Lys  94.59 
 
 
76 bp  58  0.0000003  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.856653  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0002  tRNA-Met  88.52 
 
 
77 bp  58  0.0000003  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.452925 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0029  tRNA-Lys  86.89 
 
 
76 bp  58  0.0000003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_R0011  tRNA-Lys  92.5 
 
 
76 bp  56  0.000001  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0020  tRNA-Lys  88.46 
 
 
76 bp  56  0.000001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.768536  normal 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_R0012  tRNA-Lys  92.5 
 
 
76 bp  56  0.000001  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0075  tRNA-Lys  86.44 
 
 
76 bp  54  0.000004  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0771  tRNA-Arg  88.14 
 
 
79 bp  54  0.000004  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_R0035  tRNA-Lys  88.24 
 
 
76 bp  54  0.000004  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0989882  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_R0021  tRNA-Lys  88.24 
 
 
76 bp  54  0.000004  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.674818  normal  0.503505 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0004  tRNA-Lys  94.29 
 
 
76 bp  54  0.000004  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.657407  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_R0036  tRNA-Lys  88.24 
 
 
76 bp  54  0.000004  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.415695  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_R0021  tRNA-Lys  87.27 
 
 
76 bp  54  0.000004  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.682911  normal  0.0277835 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0020  tRNA-Lys  94.12 
 
 
76 bp  52  0.00002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  tRNA-Lys-1  tRNA-Lys  94.12 
 
 
73 bp  52  0.00002  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lppt33  tRNA-Lys  94.12 
 
 
73 bp  52  0.00002  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplt33  tRNA-Lys  94.12 
 
 
73 bp  52  0.00002  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_R0044  tRNA-Lys  94.12 
 
 
76 bp  52  0.00002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0044    86.21 
 
 
76 bp  52  0.00002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_t36  tRNA-Lys  87.04 
 
 
76 bp  52  0.00002  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0044  tRNA-Lys  94.12 
 
 
76 bp  52  0.00002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.300921 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0039  tRNA-Lys  94.12 
 
 
76 bp  52  0.00002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0040  tRNA-Lys  94.12 
 
 
76 bp  52  0.00002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011374  UUR10_0623  tRNA-Trp  86.21 
 
 
76 bp  52  0.00002  Ureaplasma urealyticum serovar 10 str. ATCC 33699  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0011  tRNA-Lys  94.12 
 
 
76 bp  52  0.00002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.983753  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0030  tRNA-Lys  94.12 
 
 
76 bp  52  0.00002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  hitchhiker  0.00181999  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0046  tRNA-Lys  86.21 
 
 
76 bp  52  0.00002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0027  tRNA-Lys  94.12 
 
 
76 bp  52  0.00002  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  hitchhiker  0.00574952  normal 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_t0045  tRNA-Lys  94.12 
 
 
73 bp  52  0.00002  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  decreased coverage  0.00000955688  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_R0023  tRNA-Lys  87.04 
 
 
76 bp  52  0.00002  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0040  tRNA-Lys  94.12 
 
 
76 bp  52  0.00002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0015  tRNA-Lys  94.12 
 
 
76 bp  52  0.00002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.446606 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0033  tRNA-Lys  86.21 
 
 
76 bp  52  0.00002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.972639 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0079  tRNA-Lys  94.12 
 
 
76 bp  52  0.00002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0012  tRNA-Lys  94.12 
 
 
76 bp  52  0.00002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0031  tRNA-Lys  86.21 
 
 
76 bp  52  0.00002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.199067  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_R0027  tRNA-Lys  94.12 
 
 
76 bp  52  0.00002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.789161  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_08800  tRNA-Lys  94.12 
 
 
76 bp  52  0.00002  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0702581  normal  0.0577684 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0001  tRNA-Lys  94.12 
 
 
76 bp  52  0.00002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA35  tRNA-Lys  94.12 
 
 
76 bp  52  0.00002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.056149  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0009  tRNA-Lys  94.12 
 
 
76 bp  52  0.00002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.420581  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0031  tRNA-Lys  94.12 
 
 
76 bp  52  0.00002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.282035  normal  0.10093 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0014  tRNA-Lys  94.12 
 
 
76 bp  52  0.00002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0077  tRNA-Lys  94.12 
 
 
76 bp  52  0.00002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.435861  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0074  tRNA-Lys  94.12 
 
 
76 bp  52  0.00002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.900217  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0034  tRNA-Lys  94.12 
 
 
76 bp  52  0.00002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.108602  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_R0020  tRNA-Lys  93.94 
 
 
76 bp  50.1  0.00007  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR_t26  tRNA-Lys  93.94 
 
 
73 bp  50.1  0.00007  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0012  tRNA-Lys  93.94 
 
 
76 bp  50.1  0.00007  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.0061328  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0013  tRNA-Lys  93.94 
 
 
76 bp  50.1  0.00007  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0641793  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0338  tRNA-Lys  93.94 
 
 
76 bp  50.1  0.00007  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.12303  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0120  tRNA-Lys  93.94 
 
 
76 bp  50.1  0.00007  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_R0020  tRNA-Lys  93.94 
 
 
76 bp  50.1  0.00007  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.349925 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0017  tRNA-Lys  93.94 
 
 
76 bp  50.1  0.00007  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.0000000270775  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0018  tRNA-Lys  93.94 
 
 
76 bp  50.1  0.00007  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00000139962  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0050  tRNA-Lys  93.94 
 
 
76 bp  50.1  0.00007  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  decreased coverage  0.00633493  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_R0037  tRNA-Lys  93.94 
 
 
76 bp  50.1  0.00007  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.205438  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0025  tRNA-Lys  93.94 
 
 
76 bp  50.1  0.00007  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.445908  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0076  tRNA-Lys  93.94 
 
 
76 bp  50.1  0.00007  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  decreased coverage  0.0000822229  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0073  tRNA-Lys  93.94 
 
 
76 bp  50.1  0.00007  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.576385  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_R0023  tRNA-Lys  93.94 
 
 
76 bp  50.1  0.00007  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.75812  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_R0034  tRNA-Lys  93.94 
 
 
76 bp  50.1  0.00007  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.285979  normal  0.935784 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_R0038  tRNA-Lys  93.94 
 
 
76 bp  50.1  0.00007  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.162193  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_R0053  tRNA-Lys  83.56 
 
 
76 bp  50.1  0.00007  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_R0027  tRNA-Lys  93.94 
 
 
76 bp  50.1  0.00007  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1295  tRNA-Lys  93.94 
 
 
78 bp  50.1  0.00007  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_14030  tRNA-Lys  93.94 
 
 
73 bp  50.1  0.00007  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  6.36075e-34  hitchhiker  0.0017768 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0033  tRNA-Lys  93.94 
 
 
76 bp  50.1  0.00007  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.146569  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_R0048  tRNA-Lys  93.94 
 
 
76 bp  50.1  0.00007  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.514987  normal  0.0153683 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0031  tRNA-Lys  93.94 
 
 
76 bp  50.1  0.00007  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_R0043  tRNA-Lys  93.94 
 
 
76 bp  50.1  0.00007  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0814782  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0071  tRNA-Lys  93.94 
 
 
76 bp  50.1  0.00007  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0421157  hitchhiker  0.003467 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0076  tRNA-Lys  93.94 
 
 
76 bp  50.1  0.00007  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.373863  normal  0.566101 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>