More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cpin_R0015 on replicon NC_013132
Organism: Chitinophaga pinensis DSM 2588



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013132  Cpin_R0015  tRNA-Met  100 
 
 		 74 bp  147  4.0000000000000006e-34  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.000000155913  normal  0.449065 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_R0018  tRNA-Met  94.03 
 
 		 74 bp  101  2e-20  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.169574 
 
 
-
 
NC_002950  PGt20  tRNA-Met  98 
 
 		 77 bp  91.7  2e-17  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.771657 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_R0021  tRNA-Met  90.54 
 
 		 74 bp  91.7  2e-17  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  hitchhiker  0.00425805  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_t07711  tRNA-Met  96 
 
 		 74 bp  83.8  0.000000000000005  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.365752  n/a   
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0217  tRNA-Met  89.06 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  hitchhiker  0.00000283281  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3562  tRNA-Met  91.67 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.820141  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3567  tRNA-Met  91.67 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_24920  tRNA-Lys  93.02 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.952959 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0062  tRNA-Lys  93.02 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_R0019  tRNA-Met  93.02 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.854123  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0022  tRNA-Met  97.14 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.164411  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_19940  tRNA-Lys  93.02 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.53121  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_24910  tRNA-Lys  93.02 
 
 		 74 bp  61.9  0.00000002  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.948003 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0061  tRNA-Lys  93.02 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0063  tRNA-Lys  93.02 
 
 		 74 bp  61.9  0.00000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.538601  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_R0046  tRNA-Met  97.06 
 
 		 77 bp  60  0.00000007  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.00275873  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0044  tRNA-Lys  88.71 
 
 		 76 bp  60  0.00000007  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.300921 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0030  tRNA-Lys  88.71 
 
 		 76 bp  60  0.00000007  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  hitchhiker  0.00181999  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_tMet01  tRNA-Met  92.86 
 
 		 77 bp  60  0.00000007  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.372552  normal  0.542094 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0020  tRNA-Lys  88.71 
 
 		 76 bp  60  0.00000007  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1372  tRNA-Lys  94.44 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000123284 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0048  tRNA-Lys  93.18 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000002395  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_R0006  tRNA-Met  89.58 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.0111825  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0048  tRNA-Met  90.91 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.00000440965  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0052  tRNA-Met  90.91 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  decreased coverage  0.00000386072  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0049  tRNA-Met  89.58 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  decreased coverage  0.00205425  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0047  tRNA-Lys  93.18 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.0000000112802  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0023  tRNA-Lys  93.18 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.00169137  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_t0032  tRNA-Lys  94.44 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0031  tRNA-Lys  91.67 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.282035  normal  0.10093 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_R0009  tRNA-Met  92.5 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.0000000249848  normal  0.901496 
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00010  tRNA-Met  89.36 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  unclonable  0.000000107047  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00014  tRNA-Met  89.36 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  unclonable  0.000000132366  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5019  tRNA-Met  89.36 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.0000000000000540299  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0692  tRNA-Met  89.36 
 
 		 79 bp  54  0.000005  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.0000000000520696  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0061  tRNA-Met  89.36 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Escherichia coli DH1  Bacteria  unclonable  4.9923400000000005e-18  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0065  tRNA-Met  89.36 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Escherichia coli DH1  Bacteria  unclonable  4.7933e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_R0014  tRNA-Lys  90.7 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.554112  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5015  tRNA-Met  89.36 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000219916  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PGt01  tRNA-Asn  90.7 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.0167081 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_R0040  tRNA-Lys  93.02 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE_tRNA-Met-3  tRNA-Met  94.29 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.121443  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0828  tRNA-Met  89.36 
 
 		 79 bp  54  0.000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.00000835761  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0078  tRNA-Met  89.36 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.0000000244177  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0074  tRNA-Met  89.36 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  unclonable  0.00000000108683  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0579  tRNA-Met  89.36 
 
 		 79 bp  54  0.000005  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000127758  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0734  tRNA-Met  89.36 
 
 		 79 bp  54  0.000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.0000572043  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0388  tRNA-Met  89.36 
 
 		 79 bp  54  0.000005  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000012647  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_R0107  tRNA-Lys  93.02 
 
 		 73 bp  54  0.000005  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.00000354885  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0798  tRNA-Met  89.36 
 
 		 79 bp  54  0.000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  hitchhiker  0.00121297  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4654  tRNA-Met  89.36 
 
 		 79 bp  54  0.000005  Escherichia coli HS  Bacteria  unclonable  2.94372e-23  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_R0051  tRNA-Met  94.29 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.430637  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2619  tRNA-Lys  93.02 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0471247  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2626  tRNA-Lys  93.02 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2305  tRNA-Lys  93.02 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.0000831031  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2312  tRNA-Lys  93.02 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0763  tRNA-Met  89.36 
 
 		 79 bp  54  0.000005  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000000016187  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0046  tRNA-Lys  91.49 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.856653  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0688  tRNA-Met  89.36 
 
 		 79 bp  54  0.000005  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.0000000220772  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_R0015  tRNA-Lys  90.7 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.42027  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0793  tRNA-Met  89.36 
 
 		 79 bp  54  0.000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  hitchhiker  0.00146175  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_t07709  tRNA-Asn  90.7 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.0523717  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0738  tRNA-Met  89.36 
 
 		 79 bp  54  0.000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  unclonable  0.00000396563  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0031  tRNA-Met  89.36 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.0000000629379  hitchhiker  0.000794999 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0035  tRNA-Met  89.36 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Enterobacter sp. 638  Bacteria  unclonable  0.00000000330461  hitchhiker  0.000751114 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_R0024  tRNA-Asn  90.7 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_R0025  tRNA-Asn  90.7 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1763  tRNA-Met  89.36 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000111546  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1767  tRNA-Met  89.36 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000143929  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1771  tRNA-Met  89.36 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000000741128  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0720  tRNA-Met  89.36 
 
 		 79 bp  54  0.000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000000000147537  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0832  tRNA-Met  89.36 
 
 		 79 bp  54  0.000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.00000791902  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0724  tRNA-Met  89.36 
 
 		 79 bp  54  0.000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000898131  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0781  tRNA-Met  89.36 
 
 		 79 bp  54  0.000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.0000729773  normal  0.532094 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4650  tRNA-Met  89.36 
 
 		 79 bp  54  0.000005  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000849948  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0785  tRNA-Met  89.36 
 
 		 79 bp  54  0.000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  unclonable  0.0000059431  normal  0.369596 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0759  tRNA-Met  89.36 
 
 		 79 bp  54  0.000005  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00000782067  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_R0108  tRNA-Lys  93.02 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.000399155  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_R0014  tRNA-Asn  90.48 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4332  tRNA-Met  94.12 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t023  tRNA-Met  94.12 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0001  tRNA-Met  92.11 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t099  tRNA-Met  94.12 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0187022  normal  0.469652 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0001  tRNA-Met  92.11 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.764109  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R95  tRNA-Met  92.11 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0005  tRNA-Met  94.12 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00829837  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0035  tRNA-Met  92.11 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0090  tRNA-Met  92.11 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0120  tRNA-Met  94.12 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0737074  normal  0.192949 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0120  tRNA-Met  94.12 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.000419542  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0117  tRNA-Met  94.12 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000129359  hitchhiker  0.0041219 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0032  tRNA-Met  94.12 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0772174  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0036  tRNA-Met  94.12 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0559117  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0024  tRNA-Met  94.12 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00918004  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0092  tRNA-Met  94.12 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0075  tRNA-Met  92.11 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0008  tRNA-Met  92.11 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0084  tRNA-Met  94.12 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.438711  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0304  tRNA-Met  94.12 
 
 		 79 bp  52  0.00002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.150543  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>