More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PGt20 on replicon NC_002950
Organism: Porphyromonas gingivalis W83



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002950  PGt20  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.771657 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_t07711  tRNA-Met  94.59 
 
 		 74 bp  115  2.0000000000000002e-24  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.365752  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_R0021  tRNA-Met  91.89 
 
 		 74 bp  99.6  9e-20  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  hitchhiker  0.00425805  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_R0015  tRNA-Met  98 
 
 		 74 bp  91.7  2e-17  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.000000155913  normal  0.449065 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_R0019  tRNA-Met  89.86 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.854123  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_R0018  tRNA-Met  100 
 
 		 74 bp  81.8  0.00000000000002  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.169574 
 
 
-
 
NC_002950  PGt01  tRNA-Asn  89.83 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.0167081 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_R0024  tRNA-Asn  89.83 
 
 		 74 bp  69.9  0.00000000008  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_R0025  tRNA-Asn  89.83 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PGt02  tRNA-Asn  88.14 
 
 		 74 bp  61.9  0.00000002  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.0167081 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0022  tRNA-Met  97.14 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.164411  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_tAsn01  tRNA-Asn  88.14 
 
 		 80 bp  61.9  0.00000002  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000468936 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2619  tRNA-Lys  95.35 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0471247  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2626  tRNA-Lys  95.35 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2305  tRNA-Lys  95.35 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.0000831031  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2312  tRNA-Lys  95.35 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_t07709  tRNA-Asn  88.14 
 
 		 74 bp  61.9  0.00000002  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.0523717  n/a   
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0217  tRNA-Met  97.14 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  hitchhiker  0.00000283281  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_R0046  tRNA-Met  97.06 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.00275873  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_tMet01  tRNA-Met  90 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.372552  normal  0.542094 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0063  tRNA-Lys  94.44 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.538601  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_19940  tRNA-Lys  94.44 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.53121  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_24920  tRNA-Lys  94.44 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.952959 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0062  tRNA-Lys  94.44 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_24910  tRNA-Lys  94.44 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.948003 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_R0108  tRNA-Lys  89.29 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.000399155  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1372  tRNA-Lys  94.44 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000123284 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0061  tRNA-Lys  94.44 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_R0009  tRNA-Met  92.5 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.0000000249848  normal  0.901496 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_t0032  tRNA-Lys  94.44 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_R0107  tRNA-Lys  89.29 
 
 		 73 bp  56  0.000001  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.00000354885  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0023  tRNA-Lys  93.02 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.00169137  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_R0040  tRNA-Lys  93.02 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE_tRNA-Met-3  tRNA-Met  94.29 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.121443  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_R0051  tRNA-Met  94.29 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.430637  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_R0060  tRNA-Met  89.36 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.203868  normal  0.918224 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0048  tRNA-Lys  93.02 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000002395  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0047  tRNA-Lys  93.02 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.0000000112802  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_R0041  tRNA-Met  94.12 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.241337  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0009  tRNA-Lys  87.1 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.420581  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0012  tRNA-Lys  87.1 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_t04  tRNA-Met  92.11 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.624139  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0001  tRNA-Met  92.11 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3562  tRNA-Met  94.12 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.820141  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3567  tRNA-Met  94.12 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4332  tRNA-Met  94.12 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t023  tRNA-Met  94.12 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t099  tRNA-Met  94.12 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0187022  normal  0.469652 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R95  tRNA-Met  92.11 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0039  tRNA-Lys  87.1 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0040  tRNA-Lys  87.1 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0005  tRNA-Met  94.12 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00829837  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0035  tRNA-Met  92.11 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0027  tRNA-Lys  87.1 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  hitchhiker  0.00574952  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0001  tRNA-Met  92.11 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.764109  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0049  tRNA-Met  94.12 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  decreased coverage  0.00205425  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0120  tRNA-Met  94.12 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0737074  normal  0.192949 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0120  tRNA-Met  94.12 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.000419542  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0046  tRNA-Lys  88.89 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.856653  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0084  tRNA-Met  94.12 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.438711  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0304  tRNA-Met  94.12 
 
 		 79 bp  52  0.00002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.150543  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0090  tRNA-Met  92.11 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0117  tRNA-Met  94.12 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000129359  hitchhiker  0.0041219 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0032  tRNA-Met  94.12 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0772174  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0008  tRNA-Met  92.11 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0005  tRNA-Met  92.11 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.203955  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA35  tRNA-Lys  87.1 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.056149  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0036  tRNA-Met  94.12 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0559117  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_R0011  tRNA-Met  92.11 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_R0020  tRNA-Met  94.12 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.235412  normal  0.107763 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0014  tRNA-Lys  87.1 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4209  tRNA-Met  94.12 
 
 		 79 bp  52  0.00002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00407294  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0003  tRNA-Met  94.12 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.879602  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0025  tRNA-Met  94.12 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000863723  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0092  tRNA-Met  94.12 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0023  tRNA-Met  92.11 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.00191996  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0043  tRNA-Met  94.12 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.165772  normal  0.314708 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0011  tRNA-Lys  87.1 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.983753  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0024  tRNA-Met  94.12 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00918004  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0075  tRNA-Met  92.11 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00014  tRNA-Met  93.94 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  unclonable  0.000000132366  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0793  tRNA-Met  93.94 
 
 		 79 bp  50.1  0.00008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  hitchhiker  0.00146175  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0828  tRNA-Met  93.94 
 
 		 79 bp  50.1  0.00008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.00000835761  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0061  tRNA-Met  93.94 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Escherichia coli DH1  Bacteria  unclonable  4.9923400000000005e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0832  tRNA-Met  93.94 
 
 		 79 bp  50.1  0.00008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.00000791902  normal  1 
 
 
-
 
NC_002950  PGt04  tRNA-Ile  100 
 
 		 74 bp  50.1  0.00008  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000322453 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0724  tRNA-Met  93.94 
 
 		 79 bp  50.1  0.00008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000898131  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lppt37  tRNA-Met  84.06 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplt37  tRNA-Met  84.06 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0720  tRNA-Met  93.94 
 
 		 79 bp  50.1  0.00008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000000000147537  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0798  tRNA-Met  93.94 
 
 		 79 bp  50.1  0.00008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  hitchhiker  0.00121297  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_tVal03  tRNA-Val  100 
 
 		 80 bp  50.1  0.00008  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0759  tRNA-Met  93.94 
 
 		 79 bp  50.1  0.00008  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00000782067  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0781  tRNA-Met  93.94 
 
 		 79 bp  50.1  0.00008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.0000729773  normal  0.532094 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0785  tRNA-Met  93.94 
 
 		 79 bp  50.1  0.00008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  unclonable  0.0000059431  normal  0.369596 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5015  tRNA-Met  93.94 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000219916  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0579  tRNA-Met  93.94 
 
 		 79 bp  50.1  0.00008  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000127758  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0031  tRNA-Met  93.94 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.0000000629379  hitchhiker  0.000794999 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0035  tRNA-Met  93.94 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Enterobacter sp. 638  Bacteria  unclonable  0.00000000330461  hitchhiker  0.000751114 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0738  tRNA-Met  93.94 
 
 		 79 bp  50.1  0.00008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  unclonable  0.00000396563  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>