More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cphy_R0108 on replicon NC_010001
Organism: Clostridium phytofermentans ISDg



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010001  Cphy_R0108  tRNA-Lys  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.000399155  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_R0107  tRNA-Lys  100 
 
 		 73 bp  145  2e-33  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.00000354885  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_R0040  tRNA-Lys  98.11 
 
 		 76 bp  97.6  4e-19  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0023  tRNA-Lys  98.08 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.00169137  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0048  tRNA-Lys  98.08 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000002395  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0047  tRNA-Lys  98.08 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.0000000112802  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2619  tRNA-Lys  98.08 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0471247  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2626  tRNA-Lys  98.08 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2305  tRNA-Lys  98.08 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.0000831031  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2312  tRNA-Lys  98.08 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_R0016  tRNA-Lys  93.1 
 
 		 76 bp  83.8  0.000000000000005  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0352775  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0080  tRNA-Lys  94.34 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000000242401  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0100  tRNA-Lys  94.34 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  unclonable  0.000000000556304  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0098  tRNA-Lys  94.34 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  unclonable  0.000000000573413  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_R0022  tRNA-Lys  94.34 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.786941  normal  1 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_R0011  tRNA-Lys  92.86 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0033  tRNA-Lys  92.86 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.146569  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_R0022  tRNA-Lys  91.67 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.00514969  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_R0012  tRNA-Lys  92.86 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1372  tRNA-Lys  94.55 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000123284 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_R0015  tRNA-Lys  89.19 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.42027  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_R0036  tRNA-Lys  97.62 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.000000293435  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_t0132  tRNA-Lys  91.38 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_t0291  tRNA-Lys  91.38 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_R0001  tRNA-Lys  92.45 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.0000658326  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0036  tRNA-Lys  92.45 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000127196  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0051  tRNA-Lys  92.45 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000111029  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0093  tRNA-Lys  92.45 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  1.8722200000000002e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0001  tRNA-Lys  92.31 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_R0034  tRNA-Lys  92.31 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.603769 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_14030  tRNA-Lys  92.31 
 
 		 73 bp  71.9  0.00000000002  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  6.36075e-34  hitchhiker  0.0017768 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_t0032  tRNA-Lys  94.23 
 
 		 74 bp  71.9  0.00000000002  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0040  tRNA-Lys  92.31 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_R0029  tRNA-Lys  92.31 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000140728  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_R0037  tRNA-Lys  92.31 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.205438  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0823  tRNA-Lys  91.07 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_R0038  tRNA-Lys  92.31 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.162193  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_R0027  tRNA-Lys  92.31 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_t0407  tRNA-Asn  91.07 
 
 		 73 bp  71.9  0.00000000002  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  hitchhiker  0.000764097  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_t0408  tRNA-Asn  91.07 
 
 		 73 bp  71.9  0.00000000002  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  unclonable  0.000000233964  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_R0034  tRNA-Lys  92.31 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.285979  normal  0.935784 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0009  tRNA-Lys  90 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.0000161944  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0719  tRNA-Lys  91.07 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA35  tRNA-Lys  90.91 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.056149  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0014  tRNA-Lys  90.91 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0012  tRNA-Lys  90.91 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0011  tRNA-Lys  90.91 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.983753  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_R0056  tRNA-Lys  93.62 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0020  tRNA-Lys  90.91 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0044  tRNA-Lys  90.91 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.300921 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0039  tRNA-Lys  90.91 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0040  tRNA-Lys  90.91 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0030  tRNA-Lys  90.91 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  hitchhiker  0.00181999  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0027  tRNA-Lys  90.91 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  hitchhiker  0.00574952  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0068  tRNA-Lys  92.16 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2517  tRNA-Lys  92.16 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.00884396  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2527  tRNA-Lys  92.16 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.0000000143791  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2528  tRNA-Lys  92.16 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  decreased coverage  0.00000000112701  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0071  tRNA-Lys  92.16 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0090  tRNA-Lys  92.16 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2221  tRNA-Lys  92.16 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.0000237155  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2231  tRNA-Lys  92.16 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.0000000243187  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2232  tRNA-Lys  92.16 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  decreased coverage  0.00000000210068  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0009  tRNA-Lys  90.91 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.420581  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_R0026  tRNA-Lys  95.24 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.000000388812  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0004  tRNA-Lys  90.74 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.657407  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1954  tRNA-Lys  89.66 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.0156048  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0015  tRNA-Lys  90.74 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.446606 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_R0044  tRNA-Lys  95.24 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00224472  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_R0057  tRNA-Lys  89.66 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.0000681091  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0882  tRNA-Lys  89.66 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.000531124  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0029  tRNA-Lys  89.66 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.395178  hitchhiker  0.000010783 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_R0025  tRNA-Lys  89.66 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0045  tRNA-Lys  89.66 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0379079  normal  1 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_t0452  tRNA-Asn  95.24 
 
 		 73 bp  67.9  0.0000000003  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  normal  0.133298 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_t1563  tRNA-Asn  95.24 
 
 		 73 bp  67.9  0.0000000003  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_t1796  tRNA-Asn  95.24 
 
 		 73 bp  67.9  0.0000000003  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  hitchhiker  6.3013000000000006e-24 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_t1802  tRNA-Asn  95.24 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000000000154266 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0035    89.47 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  hitchhiker  0.00887484  normal  0.0895527 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_R0012  tRNA-Asn  95.12 
 
 		 73 bp  65.9  0.000000001  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_R0014  tRNA-Asn  95.12 
 
 		 73 bp  65.9  0.000000001  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.000102189  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_24910  tRNA-Lys  90.16 
 
 		 74 bp  65.9  0.000000001  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.948003 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_R0049  tRNA-Lys  90.57 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  decreased coverage  0.0000000660852  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_R0014  tRNA-Lys  90.16 
 
 		 74 bp  65.9  0.000000001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.554112  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_24920  tRNA-Lys  90.16 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.952959 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0453  tRNA-Lys  97.3 
 
 		 78 bp  65.9  0.000000001  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  hitchhiker  0.000219585  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0031  tRNA-Lys  90.38 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.282035  normal  0.10093 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0033  tRNA-Lys  89.29 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.972639 
 
 
-
 
NC_004310  BR_t26  tRNA-Lys  97.22 
 
 		 73 bp  63.9  0.000000005  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4583  tRNA-Lys  97.22 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0571835  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0016  tRNA-Lys  97.22 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  unclonable  0.000000000347926  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0014  tRNA-Lys  97.22 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  unclonable  0.000000000321021  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_R0067  tRNA-Lys  90.38 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.0804329  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0014  tRNA-Lys  97.22 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  4.4767600000000005e-29 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0046  tRNA-Lys  89.29 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_R0007  tRNA-Lys  97.22 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  decreased coverage  0.00000068563  normal  0.189185 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0025  tRNA-Lys  89.29 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.445908  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_t0193  tRNA-Asn  89.29 
 
 		 73 bp  63.9  0.000000005  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0031  tRNA-Lys  89.29 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.199067  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0031  tRNA-Lys  97.22 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>