284 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_R0022 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008228  Patl_R0022  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.164411  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_R0051  tRNA-Met  94.81 
 
 		 77 bp  121  1.9999999999999998e-26  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.430637  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_R0046  tRNA-Met  96.43 
 
 		 77 bp  95.6  1e-18  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.00275873  n/a   
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0217  tRNA-Met  96.43 
 
 		 77 bp  95.6  1e-18  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  hitchhiker  0.00000283281  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0003  tRNA-Met  94.55 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.879602  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0005  tRNA-Met  94.55 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00829837  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4332  tRNA-Met  92.73 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t023  tRNA-Met  92.73 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0024  tRNA-Met  92.73 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00918004  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0043  tRNA-Met  92.73 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.165772  normal  0.314708 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0025  tRNA-Met  92.73 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000863723  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t099  tRNA-Met  92.73 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0187022  normal  0.469652 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0120  tRNA-Met  92.73 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0737074  normal  0.192949 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0120  tRNA-Met  92.73 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.000419542  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0117  tRNA-Met  92.73 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000129359  hitchhiker  0.0041219 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0032  tRNA-Met  92.73 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0772174  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0036  tRNA-Met  92.73 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0559117  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0018  tRNA-Met  87.14 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0278993  normal  0.0571882 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0028  tRNA-Met  87.14 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0104  tRNA-Met  87.14 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.013625  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0114  tRNA-Met  87.14 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  0.00121971  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0019  tRNA-Met  87.14 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.682883  normal  1 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_R0018  tRNA-Met  89.29 
 
 		 74 bp  63.9  0.000000005  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.169574 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_R0015  tRNA-Met  97.14 
 
 		 74 bp  61.9  0.00000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.000000155913  normal  0.449065 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0084  tRNA-Met  97.14 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.438711  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PGt20  tRNA-Met  97.14 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.771657 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0092  tRNA-Met  97.14 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0304  tRNA-Met  97.14 
 
 		 79 bp  61.9  0.00000002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.150543  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0041  tRNA-Met  89.09 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00042704  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4209  tRNA-Met  97.14 
 
 		 79 bp  61.9  0.00000002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00407294  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0008  tRNA-Met  93.02 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0008  tRNA-Met  93.02 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0077  tRNA-Met  93.02 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_t07711  tRNA-Met  97.14 
 
 		 74 bp  61.9  0.00000002  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.365752  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_R0020  tRNA-Met  90 
 
 		 74 bp  60  0.00000008  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.235412  normal  0.107763 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_R0046  tRNA-Met  92.86 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  hitchhiker  0.00480541  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_R0026  tRNA-Met  94.59 
 
 		 74 bp  58  0.0000003  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0211929  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1788  tRNA-Met  87.5 
 
 		 79 bp  56  0.000001  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE_tRNA-Met-3  tRNA-Met  87.5 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.121443  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_R0033  tRNA-Met  90.91 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.507086  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0390  tRNA-Met  87.5 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0023  tRNA-Met  94.44 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.00191996  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_R0011  tRNA-Met  94.44 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0017  tRNA-Met  90.7 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.0000161525  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE_tRNA-Met-2  tRNA-Met  90.7 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.593397  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0607  tRNA-Met  90.7 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_R0021  tRNA-Met  94.29 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  hitchhiker  0.00425805  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_R0061  tRNA-Met  94.29 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.714727 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_4303  tRNA-Met  94.29 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_R0055  tRNA-Met  94.29 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.0104012 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_R0012  tRNA-Met  94.29 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.178155  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_R0046  tRNA-Met  87.27 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.216228  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_R0047  tRNA-Met  94.29 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.501158  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_tMet02  tRNA-Met  94.29 
 
 		 80 bp  54  0.000005  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.0193377  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_R0024  tRNA-Met  94.29 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  unclonable  0.00000000000329716  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0042  tRNA-Met  90.7 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.447058  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_R0057  tRNA-Met  94.29 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0200182  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0019  tRNA-Met  90.7 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  unclonable  0.000000000000626399  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0443  tRNA-Met  90.7 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_R0037  tRNA-Met  94.29 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.45674  normal  0.44338 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0031  tRNA-Met  94.29 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  hitchhiker  0.000893845  normal  0.390946 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1749  tRNA-Met  90.7 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0016  tRNA-Met  90.7 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000000174645  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_R0049  tRNA-Met  90.48 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_R0062  tRNA-Asp  100 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.00000000079557  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_R0035  tRNA-Asp  100 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000103036  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_R0041  tRNA-Met  94.12 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.241337  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Met-3  tRNA-Met  88.89 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0011  tRNA-Met  88.89 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0167662 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0002  tRNA-Met  88.89 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00524383  normal  1 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_2151  tRNA-Met  93.94 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.0974821  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_2266  tRNA-Met  93.94 
 
 		 79 bp  50.1  0.00008  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.507582  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0011  tRNA-Met  88.89 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.259096  n/a   
 
 
-
 
NC_011374  UUR10_0571  tRNA-Met  96.55 
 
 		 80 bp  50.1  0.00008  Ureaplasma urealyticum serovar 10 str. ATCC 33699  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1228  tRNA-Met  93.94 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_R0041  tRNA-Met  93.94 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_R0022  tRNA-Met  93.94 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006055  Mflt021  tRNA-Met  93.75 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Mesoplasma florum L1  Bacteria  decreased coverage  0.000111165  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lppt37  tRNA-Met  88.64 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplt37  tRNA-Met  88.64 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_R0020  tRNA-Met  93.75 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0126987  normal  0.390721 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R95  tRNA-Met  85.71 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3195t  tRNA-Met  88.46 
 
 		 73 bp  48.1  0.0003  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.215562  n/a   
 
 
-
 
NC_007633  MCAP_0744  tRNA-Met  93.75 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_R0004  tRNA-Met  93.75 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000177492  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_R0040  tRNA-Met  85.71 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.138957  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_R0023  tRNA-Met  93.75 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_R0044  tRNA-Met  91.67 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6046  tRNA-Met  91.43 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.474372  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Ile-2  tRNA-Ile  91.43 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.226079  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5035  tRNA-Val  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000158599  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA75  tRNA-Met  91.43 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0033  tRNA-Met  91.43 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.000000189228  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0017  tRNA-Met  85.45 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4667  tRNA-Val  100 
 
 		 79 bp  46.1  0.001  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000000334967  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00847  tRNA-Met  87.27 
 
 		 73 bp  46.1  0.001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0035  tRNA-Met  91.43 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0048  tRNA-Met  84.75 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.00000440965  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0052  tRNA-Met  84.75 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  decreased coverage  0.00000386072  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0032  tRNA-Met  91.43 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.136069  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>