213 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sde_R0005 on replicon NC_007912
Organism: Saccharophagus degradans 2-40



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007912  Sde_R0005  tRNA-Met  100 
 
 
77 bp  153  7e-36  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00829837  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4332  tRNA-Met  97.4 
 
 
77 bp  137  4e-31  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0003  tRNA-Met  97.4 
 
 
77 bp  137  4e-31  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.879602  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0104  tRNA-Met  92.96 
 
 
77 bp  101  2e-20  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.013625  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0028  tRNA-Met  92.96 
 
 
77 bp  101  2e-20  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0114  tRNA-Met  92.96 
 
 
77 bp  101  2e-20  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  0.00121971  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0018  tRNA-Met  92.96 
 
 
77 bp  101  2e-20  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0278993  normal  0.0571882 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_R0051  tRNA-Met  98.18 
 
 
77 bp  101  2e-20  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.430637  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0022  tRNA-Met  94.55 
 
 
77 bp  85.7  0.000000000000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.164411  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0019  tRNA-Met  90.14 
 
 
77 bp  85.7  0.000000000000001  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.682883  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0041  tRNA-Met  92.86 
 
 
77 bp  79.8  0.00000000000008  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00042704  n/a   
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0217  tRNA-Met  92.73 
 
 
77 bp  77.8  0.0000000000003  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  hitchhiker  0.00000283281  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_R0046  tRNA-Met  95.45 
 
 
77 bp  71.9  0.00000000002  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.00275873  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_R0013  tRNA-Thr  91.38 
 
 
76 bp  67.9  0.0000000003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  hitchhiker  0.00152659  hitchhiker  0.00055755 
 
 
-
 
NC_004347  SO_t023  tRNA-Met  89.29 
 
 
77 bp  63.9  0.000000005  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006055  Mflt021  tRNA-Met  97.22 
 
 
77 bp  63.9  0.000000005  Mesoplasma florum L1  Bacteria  decreased coverage  0.000111165  n/a   
 
 
-
 
NC_007633  MCAP_0744  tRNA-Met  97.22 
 
 
77 bp  63.9  0.000000005  Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_R0026  tRNA-Met  97.22 
 
 
74 bp  63.9  0.000000005  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0211929  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0120  tRNA-Met  89.29 
 
 
77 bp  63.9  0.000000005  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0737074  normal  0.192949 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0120  tRNA-Met  89.29 
 
 
77 bp  63.9  0.000000005  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.000419542  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0036  tRNA-Met  89.29 
 
 
77 bp  63.9  0.000000005  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0559117  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0117  tRNA-Met  89.29 
 
 
77 bp  63.9  0.000000005  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000129359  hitchhiker  0.0041219 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0032  tRNA-Met  89.29 
 
 
77 bp  63.9  0.000000005  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0772174  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0043  tRNA-Met  89.29 
 
 
77 bp  63.9  0.000000005  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.165772  normal  0.314708 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0025  tRNA-Met  89.29 
 
 
77 bp  63.9  0.000000005  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000863723  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0024  tRNA-Met  89.29 
 
 
77 bp  63.9  0.000000005  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00918004  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t099  tRNA-Met  89.29 
 
 
77 bp  63.9  0.000000005  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0187022  normal  0.469652 
 
 
-
 
NC_002967  TDE_tRNA-Met-3  tRNA-Met  89.09 
 
 
74 bp  61.9  0.00000002  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.121443  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0042  tRNA-Met  94.87 
 
 
77 bp  61.9  0.00000002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.447058  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0017  tRNA-Met  94.87 
 
 
77 bp  61.9  0.00000002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.0000161525  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_tMet02  tRNA-Met  94.87 
 
 
80 bp  61.9  0.00000002  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.0193377  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0390  tRNA-Met  89.09 
 
 
77 bp  61.9  0.00000002  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0016  tRNA-Met  94.87 
 
 
77 bp  61.9  0.00000002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000000174645  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0019  tRNA-Met  94.87 
 
 
77 bp  61.9  0.00000002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  unclonable  0.000000000000626399  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1788  tRNA-Met  89.09 
 
 
79 bp  61.9  0.00000002  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_R0007  tRNA-Met  87.1 
 
 
77 bp  60  0.00000008  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_R0018  tRNA-Met  87.1 
 
 
74 bp  60  0.00000008  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.169574 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0008  tRNA-Met  91.3 
 
 
77 bp  60  0.00000008  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0008  tRNA-Met  91.3 
 
 
77 bp  60  0.00000008  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0077  tRNA-Met  91.3 
 
 
77 bp  60  0.00000008  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_R0011  tRNA-Met  92.86 
 
 
77 bp  60  0.00000008  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_14040  tRNA-Met  88.89 
 
 
77 bp  60  0.00000008  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_R0046  tRNA-Met  92.86 
 
 
77 bp  60  0.00000008  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  hitchhiker  0.00480541  normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_R0024  tRNA-Met  92.86 
 
 
77 bp  60  0.00000008  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  unclonable  0.00000000000329716  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_R0041  tRNA-Met  92.68 
 
 
77 bp  58  0.0000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.241337  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4209  tRNA-Met  94.44 
 
 
79 bp  56  0.000001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00407294  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0092  tRNA-Met  94.44 
 
 
77 bp  56  0.000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_R0018  tRNA-Met  86.67 
 
 
77 bp  56  0.000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0555384  normal  0.496663 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0084  tRNA-Met  94.44 
 
 
77 bp  56  0.000001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.438711  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_R0033  tRNA-Met  94.44 
 
 
77 bp  56  0.000001  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.507086  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_2151  tRNA-Met  96.88 
 
 
77 bp  56  0.000001  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.0974821  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0304  tRNA-Met  94.44 
 
 
79 bp  56  0.000001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.150543  normal 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1228  tRNA-Met  96.88 
 
 
77 bp  56  0.000001  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_2266  tRNA-Met  96.88 
 
 
79 bp  56  0.000001  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.507582  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1863  tRNA-Met  86.44 
 
 
77 bp  54  0.000005  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000000158589  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0026  tRNA-Lys  93.02 
 
 
76 bp  54  0.000005  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  2.1113400000000002e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna017  tRNA-Met  85.92 
 
 
76 bp  54  0.000005  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.274857  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_R0025  tRNA-Thr  88.14 
 
 
73 bp  54  0.000005  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_t0057  tRNA-Met  94.29 
 
 
74 bp  54  0.000005  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.0302316  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_R0025  tRNA-Thr  88.14 
 
 
73 bp  54  0.000005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.287713  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0668  tRNA-Met  86.44 
 
 
77 bp  54  0.000005  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00123939  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PGt20  tRNA-Met  94.12 
 
 
77 bp  52  0.00002  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.771657 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00847  tRNA-Met  87.93 
 
 
73 bp  52  0.00002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_R0039  tRNA-Met  90.48 
 
 
74 bp  52  0.00002  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.000000000067349  normal  0.10104 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_t30  tRNA-Met  90.48 
 
 
77 bp  52  0.00002  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  hitchhiker  0.00107522  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1372  tRNA-Lys  92.11 
 
 
77 bp  52  0.00002  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000123284 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_R0020  tRNA-Met  94.12 
 
 
74 bp  52  0.00002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.235412  normal  0.107763 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0053  tRNA-Met  90.48 
 
 
77 bp  52  0.00002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.568663 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_R0015  tRNA-Met  94.12 
 
 
74 bp  52  0.00002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.000000155913  normal  0.449065 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_R0019  tRNA-Met  94.12 
 
 
77 bp  52  0.00002  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.854123  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_R0028  tRNA-Met  90.48 
 
 
74 bp  52  0.00002  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000152188  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_t07711  tRNA-Met  94.12 
 
 
74 bp  52  0.00002  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.365752  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_R0016  tRNA-Met  90.48 
 
 
74 bp  52  0.00002  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.00509711  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_t07709  tRNA-Asn  96.67 
 
 
74 bp  52  0.00002  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.0523717  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_R0022  tRNA-Met  90.48 
 
 
77 bp  52  0.00002  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0023  tRNA-Met  90.48 
 
 
77 bp  52  0.00002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.00191996  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_t04  tRNA-Met  90.24 
 
 
74 bp  50.1  0.00008  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.624139  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Met-3  tRNA-Met  87.76 
 
 
77 bp  50.1  0.00008  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.617808  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0090  tRNA-Met  90.24 
 
 
77 bp  50.1  0.00008  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0047  tRNA-Met  90.24 
 
 
77 bp  50.1  0.00008  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0017  tRNA-Met  90.24 
 
 
77 bp  50.1  0.00008  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R95  tRNA-Met  90.24 
 
 
77 bp  50.1  0.00008  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3195t  tRNA-Met  86.89 
 
 
73 bp  50.1  0.00008  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.215562  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0001  tRNA-Met  90.24 
 
 
77 bp  50.1  0.00008  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0035  tRNA-Met  90.24 
 
 
77 bp  50.1  0.00008  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_R0045  tRNA-Asn  85.25 
 
 
77 bp  50.1  0.00008  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.000000133581  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0001  tRNA-Met  90.24 
 
 
77 bp  50.1  0.00008  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.764109  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_tMet01  tRNA-Met  90.24 
 
 
77 bp  50.1  0.00008  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.372552  normal  0.542094 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1376  tRNA-Met  91.89 
 
 
77 bp  50.1  0.00008  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0005  tRNA-Met  90.24 
 
 
77 bp  50.1  0.00008  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.203955  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_AR0063  tRNA-Met  90.24 
 
 
77 bp  50.1  0.00008  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0037  tRNA-Met  90.24 
 
 
77 bp  50.1  0.00008  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0075  tRNA-Met  90.24 
 
 
77 bp  50.1  0.00008  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2335  tRNA-Met  90.24 
 
 
77 bp  50.1  0.00008  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.360729  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0008  tRNA-Met  90.24 
 
 
77 bp  50.1  0.00008  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0607  tRNA-Met  93.75 
 
 
74 bp  48.1  0.0003  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_R0037  tRNA-Met  93.75 
 
 
77 bp  48.1  0.0003  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_t1220  tRNA-Met  100 
 
 
74 bp  48.1  0.0003  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.400945  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_R0024  tRNA-Asn  96.43 
 
 
74 bp  48.1  0.0003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_R0025  tRNA-Asn  96.43 
 
 
77 bp  48.1  0.0003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>