148 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SbBS512_E0668 on replicon NC_010658
Organism: Shigella boydii CDC 3083-94



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010658  SbBS512_E0668  tRNA-Met  100 
 
 
77 bp  153  7e-36  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00123939  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1863  tRNA-Met  100 
 
 
77 bp  153  7e-36  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000000158589  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3218  tRNA-Met  96.1 
 
 
76 bp  121  1.9999999999999998e-26  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.409054  hitchhiker  0.0091644 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2909  tRNA-Met  96.1 
 
 
76 bp  121  1.9999999999999998e-26  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0000128307  hitchhiker  0.0000000000424074 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2193  tRNA-Met  96.1 
 
 
76 bp  121  1.9999999999999998e-26  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000427584  hitchhiker  0.000000134605 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5028  tRNA-Met  96.1 
 
 
76 bp  121  1.9999999999999998e-26  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.523947  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1177  tRNA-Met  96.1 
 
 
76 bp  121  1.9999999999999998e-26  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  decreased coverage  0.000000105973  hitchhiker  0.000000000000145149 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3536  tRNA-Met  96.1 
 
 
76 bp  121  1.9999999999999998e-26  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  decreased coverage  0.00370417  hitchhiker  0.000000304392 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1601  tRNA-Met  96.1 
 
 
76 bp  121  1.9999999999999998e-26  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2412  tRNA-Met  96.1 
 
 
76 bp  121  1.9999999999999998e-26  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00869744  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2610  tRNA-Met  96.1 
 
 
76 bp  121  1.9999999999999998e-26  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.0000000297612  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1165  tRNA-Met  96.05 
 
 
76 bp  119  9.999999999999999e-26  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.391901 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1265  tRNA-Met  96 
 
 
76 bp  117  3.9999999999999997e-25  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00276472  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2796  tRNA-Met  94.81 
 
 
76 bp  113  6e-24  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.466564  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2264  tRNA-Met  94.81 
 
 
76 bp  113  6e-24  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.716137  hitchhiker  0.00000000422113 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1768  tRNA-Met  94.81 
 
 
76 bp  113  6e-24  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00000113481  hitchhiker  0.00809166 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_R0007  tRNA-Met  92.96 
 
 
77 bp  101  2e-20  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0025  tRNA-Met  92.21 
 
 
76 bp  97.6  4e-19  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4687  tRNA-Met  92.21 
 
 
76 bp  97.6  4e-19  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00526927  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5058  tRNA-Met  92.21 
 
 
76 bp  97.6  4e-19  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3898  tRNA-Met  92.21 
 
 
76 bp  97.6  4e-19  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0029  tRNA-Met  92.21 
 
 
76 bp  97.6  4e-19  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2777  tRNA-Met  92.21 
 
 
76 bp  97.6  4e-19  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.379753  normal  0.476878 
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00056  tRNA-Ile  89.61 
 
 
76 bp  81.8  0.00000000000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.366108  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0013  tRNA-Met  89.61 
 
 
76 bp  81.8  0.00000000000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.046309  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Met-3  tRNA-Met  92.98 
 
 
77 bp  81.8  0.00000000000002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.617808  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0017  tRNA-Met  89.61 
 
 
76 bp  81.8  0.00000000000002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0140072  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0018  tRNA-Met  89.61 
 
 
76 bp  81.8  0.00000000000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.689825  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4382  tRNA-Met  89.61 
 
 
78 bp  81.8  0.00000000000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.156688  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0080  tRNA-Met  89.61 
 
 
76 bp  81.8  0.00000000000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0819155  normal  0.0971338 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4209  tRNA-Met  88.31 
 
 
79 bp  81.8  0.00000000000002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00407294  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3399  tRNA-Met  89.61 
 
 
76 bp  81.8  0.00000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.143765  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4699  tRNA-Met  89.61 
 
 
78 bp  81.8  0.00000000000002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.744605  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5070  tRNA-Met  89.61 
 
 
76 bp  81.8  0.00000000000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0389718  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0092  tRNA-Met  88.31 
 
 
77 bp  81.8  0.00000000000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0304  tRNA-Met  88.31 
 
 
79 bp  81.8  0.00000000000002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.150543  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0084  tRNA-Met  88.31 
 
 
77 bp  81.8  0.00000000000002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.438711  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0015  tRNA-Met  89.61 
 
 
76 bp  81.8  0.00000000000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.74849  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3363  tRNA-Met  89.61 
 
 
78 bp  81.8  0.00000000000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.130991  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3515  tRNA-Met  89.61 
 
 
76 bp  81.8  0.00000000000002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3658  tRNA-Met  89.61 
 
 
78 bp  81.8  0.00000000000002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.458694  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3569  tRNA-Met  89.61 
 
 
76 bp  81.8  0.00000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.349601 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3403  tRNA-Met  89.61 
 
 
76 bp  81.8  0.00000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3473  tRNA-Met  89.61 
 
 
76 bp  81.8  0.00000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.103015  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3467  tRNA-Met  89.61 
 
 
76 bp  81.8  0.00000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000154969 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3149  tRNA-Met  94.64 
 
 
75 bp  79.8  0.00000000000008  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000320663  hitchhiker  0.0000000000372776 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1850  tRNA-Met  94.64 
 
 
75 bp  79.8  0.00000000000008  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00244712  hitchhiker  0.00000000792688 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_t1220  tRNA-Met  89.55 
 
 
74 bp  77.8  0.0000000000003  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.400945  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_R0039  tRNA-Met  91.23 
 
 
74 bp  73.8  0.000000000005  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.000000000067349  normal  0.10104 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_t30  tRNA-Met  91.23 
 
 
77 bp  73.8  0.000000000005  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  hitchhiker  0.00107522  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_tMet02  tRNA-Met  90.16 
 
 
80 bp  73.8  0.000000000005  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.0193377  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_R0016  tRNA-Met  91.23 
 
 
74 bp  73.8  0.000000000005  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.00509711  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_R0028  tRNA-Met  91.23 
 
 
74 bp  73.8  0.000000000005  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000152188  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_R0046  tRNA-Met  91.23 
 
 
77 bp  73.8  0.000000000005  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  hitchhiker  0.00480541  normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_R0022  tRNA-Met  91.23 
 
 
77 bp  73.8  0.000000000005  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0053  tRNA-Met  91.07 
 
 
77 bp  71.9  0.00000000002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.568663 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0390  tRNA-Met  91.07 
 
 
77 bp  71.9  0.00000000002  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1788  tRNA-Met  91.07 
 
 
79 bp  71.9  0.00000000002  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0615  tRNA-Met  88 
 
 
76 bp  69.9  0.00000000008  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.294067  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_R0024  tRNA-Met  89.47 
 
 
77 bp  65.9  0.000000001  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  unclonable  0.00000000000329716  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0026  tRNA-Met  85.92 
 
 
77 bp  61.9  0.00000002  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.629684 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_14040  tRNA-Met  85.92 
 
 
77 bp  61.9  0.00000002  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_R0041  tRNA-Met  88.14 
 
 
77 bp  61.9  0.00000002  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0023  tRNA-Met  87.5 
 
 
77 bp  56  0.000001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.00191996  normal 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_R0035  tRNA-Met  86.67 
 
 
77 bp  56  0.000001  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_14007  tRNA-Met  87.5 
 
 
77 bp  56  0.000001  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal  0.0236309 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0005  tRNA-Met  86.44 
 
 
77 bp  54  0.000005  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00829837  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0005  tRNA-Met  86.44 
 
 
77 bp  54  0.000005  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.203955  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0041  tRNA-Met  85.71 
 
 
77 bp  54  0.000005  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00042704  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Ile-1  tRNA-Ile  84.29 
 
 
77 bp  52  0.00002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Ile-2  tRNA-Ile  84.29 
 
 
77 bp  52  0.00002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.226079  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4332  tRNA-Met  89.13 
 
 
77 bp  52  0.00002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0012  tRNA-Ile  84.29 
 
 
77 bp  52  0.00002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0130258  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0045  tRNA-Ile  84.29 
 
 
77 bp  52  0.00002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.339043  hitchhiker  0.000000161581 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_R0041  tRNA-Met  84.29 
 
 
77 bp  52  0.00002  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.747779  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_R0049  tRNA-Met  88 
 
 
77 bp  52  0.00002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.0228111 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_R0016  tRNA-Met  88 
 
 
77 bp  52  0.00002  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.657071  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0049  tRNA-Met  90.48 
 
 
77 bp  52  0.00002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0021032  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_07660  tRNA-Met  88 
 
 
77 bp  52  0.00002  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.041948 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0006  tRNA-Ile  84.29 
 
 
77 bp  52  0.00002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0022  tRNA-Ile  84.29 
 
 
77 bp  52  0.00002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0104  tRNA-Met  87.76 
 
 
77 bp  50.1  0.00008  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.013625  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0114  tRNA-Met  87.76 
 
 
77 bp  50.1  0.00008  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  0.00121971  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_t0565  tRNA-Met  84.62 
 
 
74 bp  50.1  0.00008  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0019  tRNA-Met  87.76 
 
 
77 bp  50.1  0.00008  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.682883  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2866  tRNA-Asn  86.89 
 
 
76 bp  50.1  0.00008  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000326187  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2868  tRNA-Asn  86.89 
 
 
76 bp  50.1  0.00008  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000000077985  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0072  tRNA-Met  84.42 
 
 
76 bp  50.1  0.00008  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.571883  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_06700  tRNA-Met  85.96 
 
 
77 bp  50.1  0.00008  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0079  tRNA-Met  84.42 
 
 
76 bp  50.1  0.00008  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0501725  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0028  tRNA-Met  87.76 
 
 
77 bp  50.1  0.00008  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0018  tRNA-Met  87.76 
 
 
77 bp  50.1  0.00008  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0278993  normal  0.0571882 
 
 
-
 
NC_002967  TDE_tRNA-Met-3  tRNA-Met  88.33 
 
 
74 bp  48.1  0.0003  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.121443  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0018  tRNA-Met  85.71 
 
 
77 bp  48.1  0.0003  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_R0046  tRNA-Met  85.71 
 
 
77 bp  48.1  0.0003  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.216228  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0022  tRNA-Ile  87.5 
 
 
77 bp  48.1  0.0003  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00808191  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_R0039  tRNA-Met  85.71 
 
 
77 bp  48.1  0.0003  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0217  tRNA-Met  85.71 
 
 
77 bp  48.1  0.0003  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  hitchhiker  0.00000283281  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_R0014  tRNA-Met  87.5 
 
 
73 bp  48.1  0.0003  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0720319  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_R0018  tRNA-Met  87.5 
 
 
73 bp  48.1  0.0003  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>