78 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene CHU_tMet01 on replicon NC_008255
Organism: Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008255  CHU_tMet01  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.372552  normal  0.542094 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_R0019  tRNA-Met  91.18 
 
 		 77 bp  87.7  3e-16  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.854123  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PGt02  tRNA-Asn  90 
 
 		 74 bp  71.9  0.00000000002  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.0167081 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_R0024  tRNA-Asn  87.88 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_R0025  tRNA-Asn  87.88 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_t07711  tRNA-Met  89.66 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.365752  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_R0032  tRNA-Asn  89.47 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.25038  normal  0.151728 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_R0056  tRNA-Asn  89.47 
 
 		 74 bp  65.9  0.000000001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.192263  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_R0014  tRNA-Asn  89.47 
 
 		 74 bp  65.9  0.000000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.032449  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0043  tRNA-Asn  90.38 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0043  tRNA-Asn  90.38 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.154925  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna33  tRNA-Asn  90.38 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.166736  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0038  tRNA-Asn  90.38 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0746306  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0071  tRNA-Asn  90.38 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Lys-1  tRNA-Lys  89.83 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0196539  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0053  tRNA-Lys  89.83 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.404904  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0016  tRNA-Lys  91.3 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  unclonable  0.000000000347926  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0014  tRNA-Lys  91.3 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  unclonable  0.000000000321021  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0014  tRNA-Lys  91.3 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  4.4767600000000005e-29 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0016  tRNA-Lys  91.3 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  7.27479e-28 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0048  tRNA-Lys  91.3 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00154367  hitchhiker  0.0000000000357409 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_R0015  tRNA-Met  92.86 
 
 		 74 bp  60  0.00000008  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.000000155913  normal  0.449065 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0051  tRNA-Met  90 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.584124  normal  0.75185 
 
 
-
 
NC_002950  PGt20  tRNA-Met  90 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.771657 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_R0014  tRNA-Asn  88.68 
 
 		 74 bp  58  0.0000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_R0027  tRNA-Asn  88.68 
 
 		 74 bp  58  0.0000003  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.582346 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_t07709  tRNA-Asn  88.68 
 
 		 74 bp  58  0.0000003  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.0523717  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PGt01  tRNA-Asn  88.68 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.0167081 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_R0021  tRNA-Met  87.72 
 
 		 74 bp  58  0.0000003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  hitchhiker  0.00425805  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0065  tRNA-Lys  88.14 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00000408633  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0022  tRNA-Lys  85.92 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0073  tRNA-Lys  85.92 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1954  tRNA-Lys  90.7 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.0156048  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0029  tRNA-Lys  90.7 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.395178  hitchhiker  0.000010783 
 
 
-
 
NC_004310  BR_t26  tRNA-Lys  90.7 
 
 		 73 bp  54  0.000005  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0882  tRNA-Lys  90.7 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.000531124  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0008  tRNA-Lys  88.14 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.25278  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1295  tRNA-Lys  90.7 
 
 		 78 bp  54  0.000005  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0031  tRNA-Lys  90.7 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_tAsn01  tRNA-Asn  84.85 
 
 		 80 bp  52  0.00002  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000468936 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_R0018  tRNA-Met  90.48 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.169574 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_R0023  tRNA-Met  88 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.013256 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_R0005  tRNA-Lys  87.04 
 
 		 73 bp  52  0.00002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_R0026  tRNA-Met  90.24 
 
 		 74 bp  50.1  0.00008  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0211929  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_tThr01  tRNA-Thr  87.76 
 
 		 79 bp  50.1  0.00008  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.969246 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_tThr02  tRNA-Thr  87.76 
 
 		 76 bp  50.1  0.00008  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.965954 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_R0024  tRNA-Asn  88.89 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0005  tRNA-Met  90.24 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00829837  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_R0009  tRNA-Met  85.96 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.0000000249848  normal  0.901496 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4332  tRNA-Met  90.24 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_2181  tRNA-Lys  88.46 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_2185  tRNA-Lys  88.46 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_R0043  tRNA-Met  86.54 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.259921  normal  0.901297 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_R0004  tRNA-Thr  88.37 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.00188596  normal  1 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_R0021  tRNA-Met  91.43 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0001  tRNA-Lys  88.37 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  unclonable  3.46268e-24  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_R0025  tRNA-Lys  89.74 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_R0014  tRNA-Asn  88.37 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_R0048  tRNA-Asn  88.37 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_R0054  tRNA-Asn  88.37 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1376  tRNA-Met  91.43 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_R0056  tRNA-Lys  87.23 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_R0004  tRNA-Lys  85.45 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_R0017  tRNA-Lys  88.37 
 
 		 75 bp  46.1  0.001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.674136 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0045  tRNA-Lys  85.92 
 
 		 75 bp  46.1  0.001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0427355  normal  1 
 
 
-
 
NC_002967  TDE_tRNA-Met-3  tRNA-Met  86 
 
 		 74 bp  44.1  0.005  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.121443  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0104  tRNA-Met  89.47 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.013625  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Met-3  tRNA-Met  96.15 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.617808  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_R0008  tRNA-Lys  89.47 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0003  tRNA-Met  91.18 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.879602  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0028  tRNA-Met  89.47 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0041  tRNA-Met  89.47 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00042704  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_R0008  tRNA-Lys  89.47 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0018  tRNA-Met  89.47 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0278993  normal  0.0571882 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0019  tRNA-Met  89.47 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.682883  normal  1 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_t0057  tRNA-Met  91.18 
 
 		 74 bp  44.1  0.005  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.0302316  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0114  tRNA-Met  89.47 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  0.00121971  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_R0051  tRNA-Met  91.18 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.430637  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>