181 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene MCA_tRNA-Met-3 on replicon NC_002977
Organism: Methylococcus capsulatus str. Bath



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002977  MCA_tRNA-Met-3  tRNA-Met  100 
 
 
77 bp  153  7e-36  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.617808  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_R0046  tRNA-Met  96 
 
 
77 bp  125  2e-27  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  hitchhiker  0.00480541  normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_R0024  tRNA-Met  94.67 
 
 
77 bp  117  3.9999999999999997e-25  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  unclonable  0.00000000000329716  normal 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_t30  tRNA-Met  93.42 
 
 
77 bp  111  2.0000000000000002e-23  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  hitchhiker  0.00107522  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_R0022  tRNA-Met  93.42 
 
 
77 bp  111  2.0000000000000002e-23  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_R0028  tRNA-Met  93.24 
 
 
74 bp  107  4e-22  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000152188  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_R0039  tRNA-Met  93.24 
 
 
74 bp  107  4e-22  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.000000000067349  normal  0.10104 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_R0016  tRNA-Met  93.24 
 
 
74 bp  107  4e-22  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.00509711  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_R0007  tRNA-Met  89.61 
 
 
77 bp  89.7  9e-17  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0668  tRNA-Met  92.98 
 
 
77 bp  81.8  0.00000000000002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00123939  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1788  tRNA-Met  88.31 
 
 
79 bp  81.8  0.00000000000002  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1863  tRNA-Met  92.98 
 
 
77 bp  81.8  0.00000000000002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000000158589  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0390  tRNA-Met  88.31 
 
 
77 bp  81.8  0.00000000000002  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_R0035  tRNA-Met  90.16 
 
 
77 bp  73.8  0.000000000005  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0033  tRNA-Met  88.46 
 
 
77 bp  67.9  0.0000000003  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.000000189228  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0032  tRNA-Met  88.46 
 
 
77 bp  67.9  0.0000000003  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.136069  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0053  tRNA-Met  87.14 
 
 
77 bp  67.9  0.0000000003  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.568663 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0023  tRNA-Met  87.14 
 
 
77 bp  67.9  0.0000000003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.00191996  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2610  tRNA-Met  92.45 
 
 
76 bp  65.9  0.000000001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.0000000297612  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1265  tRNA-Met  92.45 
 
 
76 bp  65.9  0.000000001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00276472  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1165  tRNA-Met  92.45 
 
 
76 bp  65.9  0.000000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.391901 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3536  tRNA-Met  92.45 
 
 
76 bp  65.9  0.000000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  decreased coverage  0.00370417  hitchhiker  0.000000304392 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2412  tRNA-Met  92.45 
 
 
76 bp  65.9  0.000000001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00869744  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1177  tRNA-Met  92.45 
 
 
76 bp  65.9  0.000000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  decreased coverage  0.000000105973  hitchhiker  0.000000000000145149 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2193  tRNA-Met  92.45 
 
 
76 bp  65.9  0.000000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000427584  hitchhiker  0.000000134605 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1601  tRNA-Met  92.45 
 
 
76 bp  65.9  0.000000001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1768  tRNA-Met  92.45 
 
 
76 bp  65.9  0.000000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00000113481  hitchhiker  0.00809166 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2909  tRNA-Met  92.45 
 
 
76 bp  65.9  0.000000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0000128307  hitchhiker  0.0000000000424074 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3218  tRNA-Met  92.45 
 
 
76 bp  65.9  0.000000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.409054  hitchhiker  0.0091644 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5028  tRNA-Met  92.45 
 
 
76 bp  65.9  0.000000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.523947  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_14007  tRNA-Met  89.29 
 
 
77 bp  63.9  0.000000005  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal  0.0236309 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2777  tRNA-Met  87.32 
 
 
76 bp  61.9  0.00000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.379753  normal  0.476878 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_R0119  tRNA-Met  86.57 
 
 
74 bp  61.9  0.00000002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0025  tRNA-Met  88.73 
 
 
77 bp  61.9  0.00000002  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.00131136  normal 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0115  tRNA-Met  86.57 
 
 
74 bp  61.9  0.00000002  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.791558  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00056  tRNA-Ile  86.49 
 
 
76 bp  60  0.00000008  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.366108  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0013  tRNA-Met  86.49 
 
 
76 bp  60  0.00000008  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.046309  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4382  tRNA-Met  86.49 
 
 
78 bp  60  0.00000008  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.156688  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3403  tRNA-Met  86.49 
 
 
76 bp  60  0.00000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0072  tRNA-Met  86.49 
 
 
76 bp  60  0.00000008  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.571883  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_t0057  tRNA-Met  92.86 
 
 
74 bp  60  0.00000008  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.0302316  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0035  tRNA-Met  85.71 
 
 
77 bp  60  0.00000008  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_R0011  tRNA-Met  85.71 
 
 
77 bp  60  0.00000008  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3363  tRNA-Met  86.49 
 
 
78 bp  60  0.00000008  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.130991  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3658  tRNA-Met  86.49 
 
 
78 bp  60  0.00000008  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.458694  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0015  tRNA-Met  86.49 
 
 
76 bp  60  0.00000008  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.74849  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3473  tRNA-Met  86.49 
 
 
76 bp  60  0.00000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.103015  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0079  tRNA-Met  86.49 
 
 
76 bp  60  0.00000008  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0501725  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3399  tRNA-Met  86.49 
 
 
76 bp  60  0.00000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.143765  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3467  tRNA-Met  86.49 
 
 
76 bp  60  0.00000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000154969 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3569  tRNA-Met  86.49 
 
 
76 bp  60  0.00000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.349601 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0080  tRNA-Met  86.49 
 
 
76 bp  60  0.00000008  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0819155  normal  0.0971338 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0017  tRNA-Met  86.49 
 
 
76 bp  60  0.00000008  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0140072  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0018  tRNA-Met  86.49 
 
 
76 bp  60  0.00000008  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.689825  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4699  tRNA-Met  86.49 
 
 
78 bp  60  0.00000008  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.744605  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5070  tRNA-Met  86.49 
 
 
76 bp  60  0.00000008  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0389718  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2264  tRNA-Met  95.12 
 
 
76 bp  58  0.0000003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.716137  hitchhiker  0.00000000422113 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0026  tRNA-Met  84.42 
 
 
77 bp  58  0.0000003  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.629684 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2796  tRNA-Met  95.12 
 
 
76 bp  58  0.0000003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.466564  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3149  tRNA-Met  93.18 
 
 
75 bp  56  0.000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000320663  hitchhiker  0.0000000000372776 
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0217  tRNA-Met  85.94 
 
 
77 bp  56  0.000001  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  hitchhiker  0.00000283281  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0304  tRNA-Met  86.67 
 
 
79 bp  56  0.000001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.150543  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1850  tRNA-Met  93.18 
 
 
75 bp  56  0.000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00244712  hitchhiker  0.00000000792688 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0084  tRNA-Met  86.67 
 
 
77 bp  56  0.000001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.438711  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4209  tRNA-Met  86.67 
 
 
79 bp  56  0.000001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00407294  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0092  tRNA-Met  86.67 
 
 
77 bp  56  0.000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0041  tRNA-Met  86.67 
 
 
77 bp  56  0.000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00042704  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0054  tRNA-Asn  88.14 
 
 
76 bp  54  0.000005  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.122077 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5708  tRNA-Met  85.07 
 
 
74 bp  54  0.000005  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.115547  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  tRNA-Met-8  tRNA-Met  85.07 
 
 
77 bp  54  0.000005  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00195943  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  tRNA-Met-7  tRNA-Met  85.07 
 
 
77 bp  54  0.000005  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  tRNA-Met-1  tRNA-Met  85.07 
 
 
77 bp  54  0.000005  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0139099  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4409  tRNA-Met  85.07 
 
 
79 bp  54  0.000005  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00224529  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  tRNA-Met-5  tRNA-Met  85.07 
 
 
74 bp  54  0.000005  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5791  tRNA-Met  85.07 
 
 
79 bp  54  0.000005  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.815457  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4296  tRNA-Met  85.07 
 
 
79 bp  54  0.000005  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000610451 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0844  tRNA-Met  85.07 
 
 
79 bp  54  0.000005  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.639074  normal  0.0213952 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0104  tRNA-Met  89.13 
 
 
77 bp  52  0.00002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.013625  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0034  tRNA-Lys  85.14 
 
 
76 bp  52  0.00002  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.0206765  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0018  tRNA-Met  89.13 
 
 
77 bp  52  0.00002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0278993  normal  0.0571882 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0114  tRNA-Met  89.13 
 
 
77 bp  52  0.00002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  0.00121971  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0019  tRNA-Met  89.13 
 
 
77 bp  52  0.00002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.682883  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0028  tRNA-Met  89.13 
 
 
77 bp  52  0.00002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0025  tRNA-Met  87.72 
 
 
76 bp  50.1  0.00008  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4332  tRNA-Met  87.76 
 
 
77 bp  50.1  0.00008  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0029  tRNA-Met  87.72 
 
 
76 bp  50.1  0.00008  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3898  tRNA-Met  87.72 
 
 
76 bp  50.1  0.00008  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0005  tRNA-Met  87.76 
 
 
77 bp  50.1  0.00008  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00829837  normal 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_R0006  tRNA-Trp  96.55 
 
 
76 bp  50.1  0.00008  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.576658  normal 
 
 
-
 
NC_008309  HS_tMet02  tRNA-Met  85.96 
 
 
80 bp  50.1  0.00008  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.0193377  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_t1573  tRNA-Met  85.25 
 
 
74 bp  50.1  0.00008  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_t1608  tRNA-Met  85.25 
 
 
74 bp  50.1  0.00008  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  normal  0.838152 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4687  tRNA-Met  87.72 
 
 
76 bp  50.1  0.00008  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00526927  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5058  tRNA-Met  87.72 
 
 
76 bp  50.1  0.00008  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0009  tRNA-Lys  96.43 
 
 
76 bp  48.1  0.0003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.66226  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0038  tRNA-Met  85.71 
 
 
77 bp  48.1  0.0003  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0167531  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t099  tRNA-Met  85 
 
 
77 bp  48.1  0.0003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0187022  normal  0.469652 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0120  tRNA-Met  85 
 
 
77 bp  48.1  0.0003  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.000419542  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0117  tRNA-Met  85 
 
 
77 bp  48.1  0.0003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000129359  hitchhiker  0.0041219 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0032  tRNA-Met  85 
 
 
77 bp  48.1  0.0003  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0772174  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>