More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tgr7_R0009 on replicon NC_011901
Organism: Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011901  Tgr7_R0009  tRNA-Lys  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.66226  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0020  tRNA-Lys  97.37 
 
 		 76 bp  135  1.9999999999999998e-30  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.454268  normal  0.255497 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0035  tRNA-Lys  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0379309  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0036  tRNA-Lys  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0360191  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0037  tRNA-Lys  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  hitchhiker  0.00809358  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0038  tRNA-Lys  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0168892  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0039  tRNA-Lys  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0153762  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_R0047  tRNA-Lys  93.1 
 
 		 76 bp  83.8  0.000000000000005  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.787632  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_R0050  tRNA-Lys  87.67 
 
 		 73 bp  73.8  0.000000000005  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0052  tRNA-Met  88.31 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0246441 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_AR0063  tRNA-Met  88.31 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_R0048  tRNA-Lys  92.86 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0051  tRNA-Lys  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000000000619589  hitchhiker  0.0000190999 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0035  tRNA-Lys  87.5 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0052  tRNA-Lys  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000000000683016  hitchhiker  0.000091513 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_37540  tRNA-Lys  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0863573  normal  0.917187 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0053  tRNA-Lys  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000000000619589  hitchhiker  0.0000900565 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0047  tRNA-Lys  87.5 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.157742  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_R0034  tRNA-Lys  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0025  tRNA-Lys  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000416946  unclonable  9.48259e-19 
 
 
-
 
NC_002936  DET_tRNA-Lys-1  tRNA-Lys  88.89 
 
 		 73 bp  69.9  0.00000000008  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.489322  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_722  tRNA-Lys  88.89 
 
 		 73 bp  69.9  0.00000000008  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_R0023  tRNA-Lys  88.89 
 
 		 73 bp  69.9  0.00000000008  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.299591  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0025  tRNA-Met  88.57 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.00131136  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_R0002  tRNA-Lys  89.66 
 
 		 73 bp  67.9  0.0000000003  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0033  tRNA-Met  88.57 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.000000189228  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0001  tRNA-Met  88.57 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.764109  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0032  tRNA-Met  88.57 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.136069  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0001  tRNA-Met  88.57 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_R0027  tRNA-Lys  86.96 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0211133  hitchhiker  0.000000873105 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0075  tRNA-Lys  89.47 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_R0030  tRNA-Met  89.47 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008532  STER_t1934  tRNA-Lys  97.3 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  0.810073  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00017  tRNA-Lys  86.11 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00000192994  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00019  tRNA-Lys  86.11 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.0000148305  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00020  tRNA-Lys  86.11 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.0000893076  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00021  tRNA-Lys  86.11 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.0000923528  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00044  tRNA-Lys  86.11 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  unclonable  0.000000150882  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0054  tRNA-Lys  86.11 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000153086  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0055  tRNA-Lys  86.11 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000177997  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0058  tRNA-Lys  86.11 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000188503  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0060  tRNA-Lys  86.11 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Escherichia coli DH1  Bacteria  unclonable  1.42893e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0060  tRNA-Lys  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.845098  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0071  tRNA-Lys  90.38 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2046  tRNA-Lys  90.38 
 
 		 78 bp  63.9  0.000000005  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000370287  hitchhiker  0.00336958 
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Lys-1  tRNA-Lys  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0071  tRNA-Lys  86.11 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.0000000577417  normal  0.268649 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0062  tRNA-Lys  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00000112705  normal  0.545219 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5022  tRNA-Lys  86.11 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000229653  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0816  tRNA-Lys  86.11 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  decreased coverage  0.0000928863  normal  0.881933 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0667  tRNA-Lys  86.11 
 
 		 78 bp  63.9  0.000000005  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000201635  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0768  tRNA-Lys  86.11 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.0000000000959618  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0064  tRNA-Lys  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.0000484105  normal  0.405062 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna43  tRNA-Lys  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0062  tRNA-Lys  86.11 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4684  tRNA-Lys  86.11 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  2.3682299999999998e-21  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0058  tRNA-Lys  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.00000000626368  normal  0.708619 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0084  tRNA-Lys  86.11 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0068  tRNA-Lys  86.11 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.0000208772  normal  0.273161 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5020  tRNA-Lys  86.11 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.000000000000079938  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0037  tRNA-Lys  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.663839  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5052  tRNA-Lys  86.11 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.0000000000000715976  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5024  tRNA-Lys  86.11 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000192703  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0770  tRNA-Lys  86.11 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.0000000000739048  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2557  tRNA-Lys  86.11 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.0000000000373976  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0057  tRNA-Lys  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.00000000607595  normal  0.906339 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0060  tRNA-Lys  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0020  tRNA-Lys  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.768536  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0666  tRNA-Lys  86.11 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000300232  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0583  tRNA-Lys  86.11 
 
 		 78 bp  63.9  0.000000005  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  unclonable  2.0474e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2783  tRNA-Lys  86.11 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  7.45376e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0022  tRNA-Lys  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0195324  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_R0001  tRNA-Lys  86.11 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0814  tRNA-Lys  86.11 
 
 		 78 bp  63.9  0.000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.000653999  normal  0.868526 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1660  tRNA-Lys  86.11 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.907797  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4661  tRNA-Lys  86.11 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000171362  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4660  tRNA-Lys  86.11 
 
 		 78 bp  63.9  0.000000005  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  2.11514e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0028  tRNA-Lys  86.11 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.252737  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0030  tRNA-Lys  86.11 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.692876  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0067  tRNA-Lys  86.11 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.0000904848  normal  0.171031 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0060  tRNA-Lys  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000000123741  normal  0.545219 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4239  tRNA-Lys  90.38 
 
 		 78 bp  63.9  0.000000005  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00412423  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0069  tRNA-Lys  86.11 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000000622929  normal  0.276829 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0766  tRNA-Lys  86.11 
 
 		 78 bp  63.9  0.000000005  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.000000000107183  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5023  tRNA-Lys  86.11 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000198459  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0073  tRNA-Lys  86.11 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.0000000623521  normal  0.270802 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0039  tRNA-Lys  86.11 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.219334  normal  0.700265 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0019  tRNA-Lys  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.475559  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0772  tRNA-Lys  86.11 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.0000000175235  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0065  tRNA-Lys  86.11 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.448477  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0771  tRNA-Lys  86.11 
 
 		 78 bp  63.9  0.000000005  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00000000162037  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0036  tRNA-Lys  86.11 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Enterobacter sp. 638  Bacteria  unclonable  0.00000000225732  normal  0.109866 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0038  tRNA-Lys  86.11 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Enterobacter sp. 638  Bacteria  unclonable  0.00000000184687  normal  0.110517 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0039  tRNA-Lys  86.11 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.0000000375421  normal  0.109121 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0040  tRNA-Lys  86.11 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.0000000351036  normal  0.107458 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0064  tRNA-Lys  86.11 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.000000662129  normal  0.0840838 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0006  tRNA-Lys  86.11 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0019  tRNA-Lys  86.11 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.870164 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0061  tRNA-Lys  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000000126169  normal  0.545219 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0023  tRNA-Lys  86.11 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.483776  normal  0.0816799 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>