More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dgeo_R0006 on replicon NC_008025
Organism: Deinococcus geothermalis DSM 11300



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008025  Dgeo_R0006  tRNA-Trp  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.576658  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0564  tRNA-Trp  96.43 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000198705  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0018  tRNA-Trp  93.1 
 
 		 76 bp  83.8  0.000000000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.392779 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0019  tRNA-Trp  93.1 
 
 		 76 bp  83.8  0.000000000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0805643  normal  0.168241 
 
 
-
 
NC_004310  BR_t21  tRNA-Trp  95.92 
 
 		 73 bp  81.8  0.00000000000002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.542798  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0036  tRNA-Trp  95.92 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.868247  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_R0043  tRNA-Trp  95.92 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0476411  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1212  tRNA-Trp  95.92 
 
 		 78 bp  81.8  0.00000000000002  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0031  tRNA-Trp  95.92 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.214568  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0018  tRNA-Trp  95.92 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00848824 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_R0040  tRNA-Trp  92.73 
 
 		 73 bp  77.8  0.0000000000003  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0487601  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4567  tRNA-Trp  97.67 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.926524  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_R0024  tRNA-Arg  92.86 
 
 		 74 bp  71.9  0.00000000002  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.826949  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_tRNAArgVIMSS1309364  tRNA-Arg  92.86 
 
 		 74 bp  71.9  0.00000000002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_tRNAArgVIMSS1309188  tRNA-Arg  92.86 
 
 		 74 bp  71.9  0.00000000002  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.451708  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0013  tRNA-Trp  91.07 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.635468  normal  0.0154478 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_t0002  tRNA-Trp  95.35 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.616662  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_4298  tRNA-Trp  90.91 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.566506  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_R0012  tRNA-Trp  90.91 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.714029  normal  0.66542 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_R0011  tRNA-Trp  90.91 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0431964  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_R0007  tRNA-Trp  91.84 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  hitchhiker  0.0000241707  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_R0001  tRNA-Arg  89.47 
 
 		 79 bp  65.9  0.000000001  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  0.651067  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_08670  tRNA-Trp  91.84 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  hitchhiker  0.0000627266  hitchhiker  0.0000000142101 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0058  tRNA-Trp  89.47 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0031  tRNA-Trp  89.29 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011879  Achl_R0067  tRNA-Trp  94.87 
 
 		 73 bp  61.9  0.00000002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0034  tRNA-Trp  89.09 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0035  tRNA-Trp  89.09 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.349144  normal  0.230187 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0032  tRNA-Trp  89.09 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_R0001  tRNA-Thr  87.93 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.486305  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_R0094  tRNA-Trp  94.74 
 
 		 73 bp  60  0.00000008  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.000000000691551  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_t08  tRNA-Trp  89.8 
 
 		 73 bp  58  0.0000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  hitchhiker  0.00447017  unclonable  0.000000239322 
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Trp-1  tRNA-Trp  89.8 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.149464  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_R0053  tRNA-Trp  91.11 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0372642  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t08  tRNA-Trp  89.8 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.220633  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0312  tRNA-Trp  89.8 
 
 		 78 bp  58  0.0000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.21039  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA66  tRNA-Trp  89.8 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  unclonable  0.000000000464617  normal  0.636582 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0013  tRNA-Trp  89.8 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00000000156686  normal  0.0425769 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0008  tRNA-Trp  89.8 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00647008 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60050  tRNA-Trp  89.8 
 
 		 73 bp  58  0.0000003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_R0028  tRNA-Trp  86.15 
 
 		 73 bp  58  0.0000003  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.00000000261486  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_R0022  tRNA-Arg  89.47 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  hitchhiker  0.00187223  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R86  tRNA-Trp  89.8 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000013875  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0083  tRNA-Trp  89.8 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  decreased coverage  0.0000000761194  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0066  tRNA-Trp  89.8 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.154633  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_R0012  tRNA-Trp  86.15 
 
 		 73 bp  58  0.0000003  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_R0019  tRNA-Trp  86.15 
 
 		 73 bp  58  0.0000003  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  hitchhiker  0.00399304  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_R0010  tRNA-Trp  86.15 
 
 		 73 bp  58  0.0000003  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00799791 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_R0012  tRNA-Arg  87.72 
 
 		 78 bp  58  0.0000003  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0020  tRNA-Trp  89.8 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  decreased coverage  0.00786701  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0823  tRNA-Trp  89.8 
 
 		 78 bp  58  0.0000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0144883  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_R0019  tRNA-Trp  86.15 
 
 		 73 bp  58  0.0000003  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  hitchhiker  0.0000281472  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0017  tRNA-Trp  89.8 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.0000225393  normal  0.0224677 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0007  tRNA-Trp  89.8 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  hitchhiker  0.00017287  hitchhiker  0.00000137659 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_08690  tRNA-Trp  89.8 
 
 		 73 bp  58  0.0000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000000355239  hitchhiker  0.00161168 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6002  tRNA-Trp  89.8 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_R0011  tRNA-Trp  86.15 
 
 		 73 bp  58  0.0000003  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  hitchhiker  0.00579096  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0022  tRNA-Trp  87.5 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.362458  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_R0033  tRNA-Arg  89.29 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.335539  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_R0004  tRNA-Arg  89.29 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  0.0638149 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0017  tRNA-Arg  89.29 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_R0064  tRNA-Trp  92.5 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.829454  normal  0.0150036 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_R0027  tRNA-Lys  86.67 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  1  normal  0.968088 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_R0009  tRNA-Trp  87.5 
 
 		 73 bp  56  0.000001  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_R0034  tRNA-Arg  87.5 
 
 		 78 bp  56  0.000001  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_R0033  tRNA-Arg  89.29 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2419  tRNA-Trp  87.5 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2129  tRNA-Trp  87.5 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0024  tRNA-Trp  87.27 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.648617  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0018  tRNA-Trp  87.27 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000000348317  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna7  tRNA-Trp  87.27 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.387032  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0034  tRNA-Trp  87.27 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0532216  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_R0044  tRNA-Trp  100 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.00376159  normal  0.558412 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0051  tRNA-Trp  87.27 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  decreased coverage  0.00000000128882  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_tRNAArgVIMSS1309273  tRNA-Arg  90.7 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0098  tRNA-Trp  94.29 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0104922 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0090  tRNA-Trp  94.29 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_R0018  tRNA-Trp  89.36 
 
 		 73 bp  54  0.000005  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  hitchhiker  0.00000669798  decreased coverage  0.0000968931 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_t11  tRNA-Trp  89.36 
 
 		 73 bp  54  0.000005  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  hitchhiker  0.000011334  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0034  tRNA-Trp  94.29 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0220727 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_R0036  tRNA-Trp  100 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  unclonable  0.000000000784105  unclonable  0.0000000173687 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_09690  tRNA-Trp  100 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  hitchhiker  0.000497928  hitchhiker  0.00000737021 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0011  tRNA-Trp  94.29 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_R0003  tRNA-Trp  87.27 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.629076  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0051  tRNA-Trp  87.27 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  hitchhiker  0.00000000551326  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0047  tRNA-Trp  87.27 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.512574  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0018  tRNA-Trp  87.27 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.341765  normal  1 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1404  tRNA-Trp  94.29 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000898104 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0099  tRNA-Trp  94.29 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0501832  normal  0.522797 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_t0044  tRNA-Trp  94.29 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.0169442  n/a   
 
 
-
 
NC_009073  PCAL_3  tRNA-Arg  92.11 
 
 		 94 bp  52  0.00002  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_R0048  tRNA-Thr  86.21 
 
 		 73 bp  52  0.00002  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.106065 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_R0046  tRNA-Met  96.67 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  hitchhiker  0.00480541  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_t45  tRNA-Thr  86.21 
 
 		 73 bp  52  0.00002  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_R0060  tRNA-Trp  86.21 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_R0005  tRNA-Trp  86.21 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0051  tRNA-Trp  86.21 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.585976  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_R0054  tRNA-Trp  86.21 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_R0057  tRNA-Trp  86.21 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  hitchhiker  0.00401705  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_R0028  tRNA-Trp  86.21 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.467787  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>