241 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_R0028 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009831  Ssed_R0028  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0104  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.013625  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0018  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0278993  normal  0.0571882 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0114  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  0.00121971  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0019  tRNA-Met  97.4 
 
 		 77 bp  137  4e-31  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.682883  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0041  tRNA-Met  93.51 
 
 		 77 bp  113  6e-24  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00042704  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0005  tRNA-Met  92.96 
 
 		 77 bp  101  2e-20  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00829837  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_t023  tRNA-Met  90.91 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0043  tRNA-Met  90.91 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.165772  normal  0.314708 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_R0051  tRNA-Met  90.91 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.430637  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0120  tRNA-Met  90.91 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0737074  normal  0.192949 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0120  tRNA-Met  90.91 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.000419542  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0036  tRNA-Met  90.91 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0559117  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0117  tRNA-Met  90.91 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000129359  hitchhiker  0.0041219 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0032  tRNA-Met  90.91 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0772174  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0025  tRNA-Met  90.91 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000863723  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0024  tRNA-Met  90.91 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00918004  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t099  tRNA-Met  90.79 
 
 		 77 bp  95.6  1e-18  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0187022  normal  0.469652 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0003  tRNA-Met  94.92 
 
 		 77 bp  93.7  6e-18  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.879602  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4332  tRNA-Met  90.14 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3195t  tRNA-Met  90.54 
 
 		 73 bp  83.8  0.000000000000005  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.215562  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0043  tRNA-Met  89.61 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0603767  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna017  tRNA-Met  88.31 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.274857  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00847  tRNA-Met  87.84 
 
 		 73 bp  67.9  0.0000000003  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0304  tRNA-Met  95.24 
 
 		 79 bp  67.9  0.0000000003  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.150543  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0084  tRNA-Met  95.24 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.438711  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0022  tRNA-Met  87.14 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.164411  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0092  tRNA-Met  95.24 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4209  tRNA-Met  95.24 
 
 		 79 bp  67.9  0.0000000003  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00407294  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_R0046  tRNA-Met  94.87 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  hitchhiker  0.00480541  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_R0024  tRNA-Met  94.87 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  unclonable  0.00000000000329716  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_14007  tRNA-Met  89.09 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.0236309 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0115  tRNA-Met  91.3 
 
 		 74 bp  60  0.00000008  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.791558  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_R0048  tRNA-Phe  86.49 
 
 		 73 bp  60  0.00000008  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_R0119  tRNA-Met  91.3 
 
 		 74 bp  60  0.00000008  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_R0046  tRNA-Met  94.74 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.00275873  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_R0055  tRNA-Met  92.86 
 
 		 74 bp  60  0.00000008  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.0104012 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_R0057  tRNA-Met  92.86 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0200182  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_R0045  tRNA-Asn  85.51 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.000000133581  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0017  tRNA-Ile  86.89 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  hitchhiker  0.000664856  normal  0.0132434 
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0217  tRNA-Met  90.91 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  hitchhiker  0.00000283281  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0390  tRNA-Met  90.91 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_4303  tRNA-Met  94.44 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1362  tRNA-Met  87.5 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1788  tRNA-Met  90.91 
 
 		 79 bp  56  0.000001  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_R0037  tRNA-Met  94.44 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.45674  normal  0.44338 
 
 
-
 
NC_008309  HS_tMet02  tRNA-Met  94.44 
 
 		 80 bp  56  0.000001  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.0193377  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_R0012  tRNA-Met  94.44 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.178155  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0031  tRNA-Met  94.44 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  hitchhiker  0.000893845  normal  0.390946 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_R0047  tRNA-Met  94.44 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.501158  normal  1 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_R0061  tRNA-Met  94.44 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.714727 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_R0011  tRNA-Met  94.29 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Ile-1  tRNA-Ile  87.27 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Ile-2  tRNA-Ile  87.27 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.226079  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_t04  tRNA-Met  87.27 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.624139  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0022  tRNA-Ile  87.27 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0008  tRNA-Met  87.27 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_R0022  tRNA-Met  92.31 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t02  tRNA-Met  87.27 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA75  tRNA-Met  87.27 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_R0028  tRNA-Met  92.31 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000152188  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_R0039  tRNA-Met  92.31 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.000000000067349  normal  0.10104 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_t30  tRNA-Met  92.31 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  hitchhiker  0.00107522  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0012  tRNA-Ile  87.27 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0130258  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0045  tRNA-Ile  87.27 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.339043  hitchhiker  0.000000161581 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_R0011  tRNA-Met  94.29 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.652931 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_R0046  tRNA-Met  90.7 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.216228  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_R0026  tRNA-Met  94.29 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0211929  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0006  tRNA-Ile  87.27 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_R0006  tRNA-Met  94.29 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.371714  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_t1573  tRNA-Met  90.7 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_t1608  tRNA-Met  90.7 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  normal  0.838152 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_t0031  tRNA-Met  90.7 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_t0175  tRNA-Met  90.7 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.183905  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_R0016  tRNA-Met  92.31 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.00509711  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_t0057  tRNA-Met  94.29 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.0302316  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_R0007  tRNA-Met  90.7 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0075  tRNA-Met  87.27 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_R0014  tRNA-Met  94.29 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.170576  normal  0.370354 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_AR0063  tRNA-Met  94.29 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0090  tRNA-Met  87.27 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0013  tRNA-Met  92.86 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.046309  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Met-3  tRNA-Met  89.13 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.617808  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5708  tRNA-Met  89.13 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.115547  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0015  tRNA-Met  92.86 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.74849  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3403  tRNA-Met  92.86 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  tRNA-Met-1  tRNA-Met  89.13 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0139099  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_R0040  tRNA-Met  94.12 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.138957  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4699  tRNA-Met  92.86 
 
 		 78 bp  52  0.00002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.744605  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0033  tRNA-Met  94.12 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.000000189228  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0017  tRNA-Met  94.12 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3467  tRNA-Met  92.86 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000154969 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5070  tRNA-Met  92.86 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0389718  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0032  tRNA-Met  94.12 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.136069  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3658  tRNA-Met  92.86 
 
 		 78 bp  52  0.00002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.458694  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_R0008  tRNA-Met  90.48 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.143037  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3363  tRNA-Met  92.86 
 
 		 78 bp  52  0.00002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.130991  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_R0007  tRNA-Met  90.48 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_R0053  tRNA-Met  90.48 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0080  tRNA-Met  92.86 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0819155  normal  0.0971338 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>