More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene tRNA-Ile-2 on replicon NC_002939
Organism: Geobacter sulfurreducens PCA



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002939  tRNA-Ile-1  tRNA-Ile  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Ile-2  tRNA-Ile  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.226079  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0012  tRNA-Ile  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0130258  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0045  tRNA-Ile  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.339043  hitchhiker  0.000000161581 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0022  tRNA-Ile  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0006  tRNA-Ile  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0022  tRNA-Ile  98.7 
 
 		 77 bp  145  2e-33  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00808191  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0033  tRNA-Ile  98.7 
 
 		 77 bp  145  2e-33  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0776982  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0053  tRNA-Ile  98.7 
 
 		 77 bp  145  2e-33  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00143998  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0063  tRNA-Ile  98.7 
 
 		 77 bp  145  2e-33  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0802008  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0047  tRNA-Ile  94.81 
 
 		 77 bp  121  1.9999999999999998e-26  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.930435  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0016  tRNA-Ile  94.81 
 
 		 77 bp  121  1.9999999999999998e-26  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0679005  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0034  tRNA-Ile  93.51 
 
 		 77 bp  113  6e-24  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.209453  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0062  tRNA-Ile  93.51 
 
 		 77 bp  113  6e-24  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0029  tRNA-Ile  93.51 
 
 		 77 bp  113  6e-24  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0019  tRNA-Ile  93.51 
 
 		 77 bp  113  6e-24  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0073  tRNA-Ile  93.51 
 
 		 77 bp  113  6e-24  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.596138  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0019  tRNA-Ile  93.51 
 
 		 77 bp  113  6e-24  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.191649  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0057  tRNA-Ile  93.51 
 
 		 77 bp  113  6e-24  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0072  tRNA-Ile  93.51 
 
 		 77 bp  113  6e-24  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0010  tRNA-Ile  90.91 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0369476  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0040  tRNA-Ile  90.91 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  hitchhiker  0.00000178667  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0051  tRNA-Ile  90.91 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0056  tRNA-Ile  90.91 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.239639  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_R0043  tRNA-Ile  91.43 
 
 		 77 bp  91.7  2e-17  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.213128  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0385  tRNA-Ile  94.74 
 
 		 79 bp  89.7  9e-17  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.900506  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3083  tRNA-Ile  94.74 
 
 		 79 bp  89.7  9e-17  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0018  tRNA-Ile  89.61 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0042  tRNA-Ile  89.61 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0010  tRNA-Ile  94.74 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.448229  hitchhiker  0.009241 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0051  tRNA-Ile  94.74 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.094292  normal  0.53316 
 
 
-
 
NC_011025  MARTH_R23  tRNA-Ile  93.1 
 
 		 77 bp  83.8  0.000000000000005  Mycoplasma arthritidis 158L3-1  Bacteria  normal  0.105438  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_R0012  tRNA-Ile  92.98 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.0000191941  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_R0013  tRNA-Ile  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0131677  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0062  tRNA-Ile  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0007  tRNA-Ile  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000177312  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_R0008  tRNA-Ile  88.57 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.135162  normal  0.696922 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_R0081  tRNA-Ile  88.57 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1585  tRNA-Ile  87.01 
 
 		 79 bp  73.8  0.000000000005  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_R0071  tRNA-Ile  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.741425  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A1021  tRNA-Ile  87.01 
 
 		 79 bp  73.8  0.000000000005  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRAt14  tRNA-Ile  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.033496  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_R0055  tRNA-Ile  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.744049  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0019  tRNA-Ile  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0022  tRNA-Ile  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.368494 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1166  tRNA-Ile  92.98 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0011  tRNA-Ile  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1793  tRNA-Ile  87.01 
 
 		 79 bp  73.8  0.000000000005  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  hitchhiker  0.00299619  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0013  tRNA-Ile  87.5 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.059772  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_R0069  tRNA-Ile  89.06 
 
 		 74 bp  71.9  0.00000000002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_R0015  tRNA-Ile  89.06 
 
 		 74 bp  71.9  0.00000000002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_28350  tRNA-Ile  92.16 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  0.145936 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_R0001  tRNA-Ile  92.16 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000567837 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_00070  tRNA-Ile  92.16 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  hitchhiker  0.00000758823  normal  1 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_R0066  tRNA-Ile  87.14 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_R0018  tRNA-Ile  87.14 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.891633  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP_tRNA-Ile-1  tRNA-Ile  87.14 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.428746  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP_tRNA-Ile-2  tRNA-Ile  87.14 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5640  tRNA-Ala  87.14 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5643  tRNA-Ile  87.14 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5704  tRNA-Ile  87.14 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00205374  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5714  tRNA-Ile  87.14 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.287498  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  tRNA-Ile-1  tRNA-Ile  89.66 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  tRNA-Ile-2  tRNA-Ile  89.66 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.575772  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  tRNA-Ile-4  tRNA-Ile  89.66 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR_t33  tRNA-Ile  86.49 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.332244  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR_t38  tRNA-Ile  86.49 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Brucella suis 1330  Bacteria  hitchhiker  0.00741229  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  tRNA-Ile-1  tRNA-Ile  87.14 
 
 		 80 bp  67.9  0.0000000003  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00325098  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  tRNA-Ile-2  tRNA-Ile  87.14 
 
 		 80 bp  67.9  0.0000000003  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  tRNA-Ile-4  tRNA-Ile  87.14 
 
 		 80 bp  67.9  0.0000000003  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.667521  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  tRNA-Ile-1  tRNA-Ile  87.14 
 
 		 80 bp  67.9  0.0000000003  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  tRNA-Ile-2  tRNA-Ile  87.14 
 
 		 80 bp  67.9  0.0000000003  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  tRNA-Ile-3  tRNA-Ile  87.14 
 
 		 80 bp  67.9  0.0000000003  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000227383  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  tRNA-Ile-4  tRNA-Ile  87.14 
 
 		 80 bp  67.9  0.0000000003  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  tRNA-Ile-1  tRNA-Ile  87.14 
 
 		 80 bp  67.9  0.0000000003  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  tRNA-Ile-3  tRNA-Ile  87.14 
 
 		 80 bp  67.9  0.0000000003  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.0000656223  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_R0066  tRNA-Ile  87.14 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_R0012  tRNA-Ile  87.18 
 
 		 78 bp  67.9  0.0000000003  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5742  tRNA-Ile  87.14 
 
 		 79 bp  67.9  0.0000000003  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.000134738  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5624  tRNA-Ile  87.14 
 
 		 79 bp  67.9  0.0000000003  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.037102  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5617  tRNA-Ile  87.14 
 
 		 79 bp  67.9  0.0000000003  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0278362  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5288  tRNA-Ile  87.14 
 
 		 79 bp  67.9  0.0000000003  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.330851  normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  tRNA-Ile-1  tRNA-Ile  87.14 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  decreased coverage  0.0014391  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  tRNA-Ile-2  tRNA-Ile  87.14 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.182943  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  tRNA-Ile-4  tRNA-Ile  87.14 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.0663179  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0032  tRNA-Ile  87.14 
 
 		 79 bp  67.9  0.0000000003  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.243312  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0007  tRNA-Ile  87.14 
 
 		 79 bp  67.9  0.0000000003  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5016  tRNA-Ile  87.14 
 
 		 79 bp  67.9  0.0000000003  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.0220679  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0008  tRNA-Ile  87.14 
 
 		 79 bp  67.9  0.0000000003  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.0344807  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4561  tRNA-Ile  87.14 
 
 		 79 bp  67.9  0.0000000003  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000000271401  normal  0.0816805 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5312  tRNA-Ile  87.14 
 
 		 79 bp  67.9  0.0000000003  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.122008  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4985  tRNA-Ile  87.14 
 
 		 79 bp  67.9  0.0000000003  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0870  tRNA-Ile  87.14 
 
 		 79 bp  67.9  0.0000000003  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00000000703823  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_R0009  tRNA-Ile  87.14 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.389462  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0033  tRNA-Ile  87.14 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.000392062  normal  0.115132 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0230  tRNA-Ile  87.14 
 
 		 79 bp  67.9  0.0000000003  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00182201  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5801  tRNA-Ile  87.14 
 
 		 79 bp  67.9  0.0000000003  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00827668  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_R0009  tRNA-Ile  87.14 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_R0002  tRNA-Ile  87.14 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_R0125  tRNA-Ile  87.14 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.865634  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>