299 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pcar_R0051 on replicon NC_007498
Organism: Pelobacter carbinolicus DSM 2380



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007498  Pcar_R0051  tRNA-Ile  100 
 
 
77 bp  153  7e-36  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0056  tRNA-Ile  100 
 
 
77 bp  153  7e-36  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.239639  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0034  tRNA-Ile  94.37 
 
 
77 bp  109  9.000000000000001e-23  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.209453  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0019  tRNA-Ile  94.37 
 
 
77 bp  109  9.000000000000001e-23  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0062  tRNA-Ile  94.37 
 
 
77 bp  109  9.000000000000001e-23  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0057  tRNA-Ile  94.37 
 
 
77 bp  109  9.000000000000001e-23  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0073  tRNA-Ile  94.37 
 
 
77 bp  109  9.000000000000001e-23  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.596138  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0029  tRNA-Ile  94.37 
 
 
77 bp  109  9.000000000000001e-23  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0019  tRNA-Ile  94.37 
 
 
77 bp  109  9.000000000000001e-23  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.191649  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0072  tRNA-Ile  94.37 
 
 
77 bp  109  9.000000000000001e-23  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0022  tRNA-Ile  92.21 
 
 
77 bp  105  1e-21  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00808191  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0033  tRNA-Ile  92.21 
 
 
77 bp  105  1e-21  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0776982  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0053  tRNA-Ile  92.21 
 
 
77 bp  105  1e-21  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00143998  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0063  tRNA-Ile  92.21 
 
 
77 bp  105  1e-21  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0802008  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0047  tRNA-Ile  92.96 
 
 
77 bp  101  2e-20  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.930435  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0016  tRNA-Ile  92.96 
 
 
77 bp  101  2e-20  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0679005  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Ile-1  tRNA-Ile  90.91 
 
 
77 bp  97.6  4e-19  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Ile-2  tRNA-Ile  90.91 
 
 
77 bp  97.6  4e-19  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.226079  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0014  tRNA-Ile  90.91 
 
 
77 bp  97.6  4e-19  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.207182  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0065  tRNA-Ile  90.91 
 
 
77 bp  97.6  4e-19  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  hitchhiker  0.00143134  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0034  tRNA-Ile  90.91 
 
 
77 bp  97.6  4e-19  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0028  tRNA-Ile  90.91 
 
 
77 bp  97.6  4e-19  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0012  tRNA-Ile  90.91 
 
 
77 bp  97.6  4e-19  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0130258  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0045  tRNA-Ile  90.91 
 
 
77 bp  97.6  4e-19  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.339043  hitchhiker  0.000000161581 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0022  tRNA-Ile  90.91 
 
 
77 bp  97.6  4e-19  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0006  tRNA-Ile  90.91 
 
 
77 bp  97.6  4e-19  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0051  tRNA-Ile  96.43 
 
 
77 bp  95.6  1e-18  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.094292  normal  0.53316 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0385  tRNA-Ile  96.43 
 
 
79 bp  95.6  1e-18  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.900506  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3083  tRNA-Ile  96.43 
 
 
79 bp  95.6  1e-18  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0010  tRNA-Ile  96.43 
 
 
77 bp  95.6  1e-18  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.448229  hitchhiker  0.009241 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0047  tRNA-Ile  90.54 
 
 
74 bp  91.7  2e-17  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0035  tRNA-Ile  90.54 
 
 
74 bp  91.7  2e-17  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.849815  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_R0053  tRNA-Ile  89.74 
 
 
78 bp  83.8  0.000000000000005  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.154517  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_R0043  tRNA-Ile  90 
 
 
77 bp  83.8  0.000000000000005  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.213128  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0011  tRNA-Ile  88.31 
 
 
77 bp  81.8  0.00000000000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011025  MARTH_R23  tRNA-Ile  92.98 
 
 
77 bp  81.8  0.00000000000002  Mycoplasma arthritidis 158L3-1  Bacteria  normal  0.105438  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRAt14  tRNA-Ile  88.31 
 
 
77 bp  81.8  0.00000000000002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.033496  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_R0071  tRNA-Ile  88.31 
 
 
77 bp  81.8  0.00000000000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.741425  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_R0055  tRNA-Ile  88.31 
 
 
77 bp  81.8  0.00000000000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.744049  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0019  tRNA-Ile  88.31 
 
 
77 bp  81.8  0.00000000000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1585  tRNA-Ile  88.31 
 
 
79 bp  81.8  0.00000000000002  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1793  tRNA-Ile  88.31 
 
 
79 bp  81.8  0.00000000000002  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  hitchhiker  0.00299619  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A1021  tRNA-Ile  88.31 
 
 
79 bp  81.8  0.00000000000002  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0018  tRNA-Ile  88.73 
 
 
77 bp  77.8  0.0000000000003  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0042  tRNA-Ile  88.73 
 
 
77 bp  77.8  0.0000000000003  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0006  tRNA-Ile  88.73 
 
 
77 bp  77.8  0.0000000000003  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00293878 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0022  tRNA-Ile  88.73 
 
 
77 bp  77.8  0.0000000000003  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0029  tRNA-Ile  88.73 
 
 
77 bp  77.8  0.0000000000003  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.125391  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0077  tRNA-Ile  88.73 
 
 
77 bp  77.8  0.0000000000003  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.982522 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0084  tRNA-Ile  88.73 
 
 
77 bp  77.8  0.0000000000003  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR_t33  tRNA-Ile  87.84 
 
 
74 bp  75.8  0.000000000001  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.332244  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR_t38  tRNA-Ile  87.84 
 
 
74 bp  75.8  0.000000000001  Brucella suis 1330  Bacteria  hitchhiker  0.00741229  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_R0081  tRNA-Ile  88.57 
 
 
77 bp  75.8  0.000000000001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0007  tRNA-Ile  88.57 
 
 
77 bp  75.8  0.000000000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000177312  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0062  tRNA-Ile  88.57 
 
 
77 bp  75.8  0.000000000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_17540  tRNA-Met  91.23 
 
 
74 bp  73.8  0.000000000005  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.164886  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_4303  tRNA-Met  91.23 
 
 
77 bp  73.8  0.000000000005  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_R0013  tRNA-Ile  87.01 
 
 
77 bp  73.8  0.000000000005  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0131677  normal 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_R0035  tRNA-Ile  87.01 
 
 
77 bp  73.8  0.000000000005  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.15056  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_R0030  tRNA-Ile  87.01 
 
 
77 bp  73.8  0.000000000005  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_R0012  tRNA-Ile  87.01 
 
 
77 bp  73.8  0.000000000005  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_R0061  tRNA-Met  91.23 
 
 
77 bp  73.8  0.000000000005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.714727 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0259  tRNA-Ile  87.01 
 
 
77 bp  73.8  0.000000000005  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1085  tRNA-Ile  87.01 
 
 
77 bp  73.8  0.000000000005  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_R0047  tRNA-Met  91.23 
 
 
77 bp  73.8  0.000000000005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.501158  normal 
 
 
-
 
NC_002976  SERP_tRNA-Ile-1  tRNA-Ile  91.07 
 
 
77 bp  71.9  0.00000000002  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.428746  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP_tRNA-Ile-2  tRNA-Ile  91.07 
 
 
77 bp  71.9  0.00000000002  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6007  tRNA-Ile  90 
 
 
77 bp  71.9  0.00000000002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.358731 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_R0066  tRNA-Ile  91.07 
 
 
77 bp  71.9  0.00000000002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_4324  tRNA-Ile  90 
 
 
77 bp  71.9  0.00000000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0101134  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_4348  tRNA-Ile  90 
 
 
77 bp  71.9  0.00000000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.265257  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_4353  tRNA-Ile  90 
 
 
77 bp  71.9  0.00000000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.116887  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_R0012  tRNA-Ile  92.31 
 
 
77 bp  71.9  0.00000000002  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.0000191941  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_R0066  tRNA-Ile  91.07 
 
 
77 bp  71.9  0.00000000002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_R0018  tRNA-Ile  91.07 
 
 
77 bp  71.9  0.00000000002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.891633  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_R0050  tRNA-Ile  90 
 
 
77 bp  71.9  0.00000000002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.303318 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_R0056  tRNA-Ile  90 
 
 
77 bp  71.9  0.00000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008042  TM1040_R0085  tRNA-Ile  90 
 
 
77 bp  71.9  0.00000000002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_R0058  tRNA-Ile  90 
 
 
77 bp  71.9  0.00000000002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.646695 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_R0064  tRNA-Ile  90 
 
 
77 bp  71.9  0.00000000002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_R0072  tRNA-Ile  90 
 
 
77 bp  71.9  0.00000000002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.152177 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_R0003  tRNA-Ile  90 
 
 
77 bp  71.9  0.00000000002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  hitchhiker  0.00132267  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6014  tRNA-Ile  90 
 
 
77 bp  71.9  0.00000000002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_R0064  tRNA-Ile  90 
 
 
77 bp  71.9  0.00000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_R0049  tRNA-Ile  90 
 
 
77 bp  71.9  0.00000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.319822 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0037  tRNA-Ile  90 
 
 
77 bp  71.9  0.00000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.327005 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_R0058  tRNA-Ile  90 
 
 
77 bp  71.9  0.00000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_R0064  tRNA-Ile  90 
 
 
77 bp  71.9  0.00000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.375989  normal 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_R0051  tRNA-Ile  90 
 
 
77 bp  71.9  0.00000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0003  tRNA-Ile  90 
 
 
77 bp  71.9  0.00000000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0042  tRNA-Ile  90 
 
 
77 bp  71.9  0.00000000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.319601 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_R0003  tRNA-Ile  90 
 
 
77 bp  71.9  0.00000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.784686  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Ile-1  tRNA-Ile  87.32 
 
 
77 bp  69.9  0.00000000008  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0697106  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Ile-2  tRNA-Ile  87.32 
 
 
77 bp  69.9  0.00000000008  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0142737  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0063  tRNA-Ile  87.32 
 
 
77 bp  69.9  0.00000000008  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.809971 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0033  tRNA-Ile  87.32 
 
 
77 bp  69.9  0.00000000008  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0026  tRNA-Ile  87.32 
 
 
77 bp  69.9  0.00000000008  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0532408 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0057  tRNA-Ile  87.32 
 
 
77 bp  69.9  0.00000000008  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.926394 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0223  tRNA-Ile  88.71 
 
 
77 bp  67.9  0.0000000003  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  hitchhiker  0.0090777  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_R0007  tRNA-Met  90.74 
 
 
74 bp  67.9  0.0000000003  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>