More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tbd_R0040 on replicon NC_007404
Organism: Thiobacillus denitrificans ATCC 25259



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007404  Tbd_R0010  tRNA-Ile  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0369476  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0040  tRNA-Ile  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  hitchhiker  0.00000178667  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0011  tRNA-Ile  93.51 
 
 		 77 bp  113  6e-24  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRAt14  tRNA-Ile  93.51 
 
 		 77 bp  113  6e-24  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.033496  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1585  tRNA-Ile  93.51 
 
 		 79 bp  113  6e-24  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0019  tRNA-Ile  93.51 
 
 		 77 bp  113  6e-24  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1793  tRNA-Ile  93.51 
 
 		 79 bp  113  6e-24  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  hitchhiker  0.00299619  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A1021  tRNA-Ile  93.51 
 
 		 79 bp  113  6e-24  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_R0055  tRNA-Ile  93.51 
 
 		 77 bp  113  6e-24  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.744049  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_R0071  tRNA-Ile  93.51 
 
 		 77 bp  113  6e-24  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.741425  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0013  tRNA-Ile  94.44 
 
 		 77 bp  111  2.0000000000000002e-23  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.059772  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR_t33  tRNA-Ile  93.24 
 
 		 74 bp  107  4e-22  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.332244  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR_t38  tRNA-Ile  93.24 
 
 		 74 bp  107  4e-22  Brucella suis 1330  Bacteria  hitchhiker  0.00741229  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Ile-1  tRNA-Ile  90.91 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Ile-2  tRNA-Ile  90.91 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.226079  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0034  tRNA-Ile  90.91 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0065  tRNA-Ile  90.91 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  hitchhiker  0.00143134  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0028  tRNA-Ile  90.91 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0014  tRNA-Ile  90.91 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.207182  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0012  tRNA-Ile  90.91 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0130258  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0045  tRNA-Ile  90.91 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.339043  hitchhiker  0.000000161581 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0022  tRNA-Ile  90.91 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0006  tRNA-Ile  90.91 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_00070  tRNA-Ile  91.55 
 
 		 77 bp  93.7  6e-18  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  hitchhiker  0.00000758823  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4579  tRNA-Ile  91.55 
 
 		 77 bp  93.7  6e-18  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6554  tRNA-Ile  91.55 
 
 		 77 bp  93.7  6e-18  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_R0001  tRNA-Ile  91.55 
 
 		 77 bp  93.7  6e-18  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000567837 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6551  tRNA-Ile  91.55 
 
 		 77 bp  93.7  6e-18  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4551  tRNA-Ile  91.55 
 
 		 77 bp  93.7  6e-18  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.349279  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_28350  tRNA-Ile  91.55 
 
 		 77 bp  93.7  6e-18  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  0.145936 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0047  tRNA-Ile  94.92 
 
 		 74 bp  93.7  6e-18  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0035  tRNA-Ile  94.92 
 
 		 74 bp  93.7  6e-18  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.849815  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_R0009  tRNA-Ile  91.43 
 
 		 77 bp  91.7  2e-17  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.389462  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0033  tRNA-Ile  91.43 
 
 		 77 bp  91.7  2e-17  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.000392062  normal  0.115132 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_R0017  tRNA-Ile  89.61 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.0599655  normal  1 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_R0028  tRNA-Ile  89.61 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.897252  normal  1 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_R0038  tRNA-Ile  89.61 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  hitchhiker  0.00492352  normal  0.805671 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0022  tRNA-Ile  89.61 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00808191  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0033  tRNA-Ile  89.61 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0776982  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0053  tRNA-Ile  89.61 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00143998  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0063  tRNA-Ile  89.61 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0802008  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0259  tRNA-Ile  89.61 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1085  tRNA-Ile  89.61 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0039  tRNA-Ile  100 
 
 		 77 bp  87.7  3e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0041  tRNA-Ile  100 
 
 		 77 bp  87.7  3e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.130016  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_R0014  tRNA-Ile  100 
 
 		 77 bp  87.7  3e-16  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0048  tRNA-Ile  100 
 
 		 77 bp  87.7  3e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0055  tRNA-Ile  100 
 
 		 77 bp  87.7  3e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.168616  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0057  tRNA-Ile  100 
 
 		 77 bp  87.7  3e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.085942  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0050  tRNA-Ile  100 
 
 		 77 bp  87.7  3e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_R0004  tRNA-Ile  89.33 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_R0009  tRNA-Ile  89.33 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.0767985  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_R0004  tRNA-Ile  89.33 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.0000939428  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_R0047  tRNA-Ile  89.33 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.026073  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_R0052  tRNA-Ile  89.33 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.0029428  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_R0002  tRNA-Ile  89.74 
 
 		 78 bp  83.8  0.000000000000005  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_R0008  tRNA-Ile  90 
 
 		 77 bp  83.8  0.000000000000005  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.135162  normal  0.696922 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_R0035  tRNA-Ile  90 
 
 		 77 bp  83.8  0.000000000000005  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.215089 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_R0015  tRNA-Ile  89.74 
 
 		 78 bp  83.8  0.000000000000005  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.173828  normal  0.314939 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0018  tRNA-Ile  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0042  tRNA-Ile  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0011  tRNA-Ile  88.89 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.00277001  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_R0037  tRNA-Ile  88.89 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000489104  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_R0044  tRNA-Ile  88.89 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.0477159  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_R0052  tRNA-Ile  88.89 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000626175  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0042  tRNA-Ile  88.89 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0171814  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0008  tRNA-Ile  88.89 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  hitchhiker  0.0000696824  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_R0004  tRNA-Ile  88 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00301418 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_R0031  tRNA-Ile  90.14 
 
 		 78 bp  77.8  0.0000000000003  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0830552 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_R0009  tRNA-Ile  88 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.425741  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_R0002  tRNA-Ile  88 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.000539151  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_R0004  tRNA-Ile  88 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.0000076362  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_t03  tRNA-Ile  88 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_R0042  tRNA-Ile  90.14 
 
 		 78 bp  77.8  0.0000000000003  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_R0004  tRNA-Ile  88 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.147077  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_R0024  tRNA-Ile  88 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_R0009  tRNA-Ile  88 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00618734  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0052  tRNA-Ile  94 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.461525 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0006  tRNA-Ile  94 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0014    94 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.686239  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0048  tRNA-Ile  94 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.622626  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0055  tRNA-Ile  94 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0054  tRNA-Ile  94 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.0666927 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA9  tRNA-Ile  94 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0019  tRNA-Ile  94 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.848767  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0064  tRNA-Ile  94 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.17499  normal  0.116646 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0011  tRNA-Ile  94 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.0219307 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0069  tRNA-Ile  94 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0014  tRNA-Ile  94 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA17  tRNA-Ile  94 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0032  tRNA-Ile  94 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0042  tRNA-Ile  94 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0062  tRNA-Ile  94 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.648574  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_R0013  tRNA-Ile  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0131677  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0007  tRNA-Ile  88.41 
 
 		 74 bp  73.8  0.000000000005  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  hitchhiker  0.00629205  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_R0040  tRNA-Ile  91.23 
 
 		 74 bp  73.8  0.000000000005  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0062  tRNA-Ile  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0007  tRNA-Ile  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000177312  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_R0045  tRNA-Met  90 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.000000395206  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0037  tRNA-Ile  95.35 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>