More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_4551 on replicon NC_011989
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011988  Avi_6551  tRNA-Ile  100 
 
 
77 bp  153  7e-36  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4551  tRNA-Ile  100 
 
 
77 bp  153  7e-36  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.349279  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6554  tRNA-Ile  100 
 
 
77 bp  153  7e-36  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4579  tRNA-Ile  100 
 
 
77 bp  153  7e-36  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0041  tRNA-Ile  97.4 
 
 
77 bp  137  4e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.130016  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0050  tRNA-Ile  97.4 
 
 
77 bp  137  4e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0039  tRNA-Ile  97.4 
 
 
77 bp  137  4e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0057  tRNA-Ile  97.4 
 
 
77 bp  137  4e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.085942  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0048  tRNA-Ile  97.4 
 
 
77 bp  137  4e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0055  tRNA-Ile  97.4 
 
 
77 bp  137  4e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.168616  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0013  tRNA-Ile  94.37 
 
 
77 bp  109  9.000000000000001e-23  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.059772  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1793  tRNA-Ile  92.96 
 
 
79 bp  101  2e-20  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  hitchhiker  0.00299619  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_R0071  tRNA-Ile  92.96 
 
 
77 bp  101  2e-20  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.741425  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0034  tRNA-Ile  92.96 
 
 
77 bp  101  2e-20  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0065  tRNA-Ile  92.96 
 
 
77 bp  101  2e-20  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  hitchhiker  0.00143134  normal 
 
 
-
 
NC_004311  BRAt14  tRNA-Ile  92.96 
 
 
77 bp  101  2e-20  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.033496  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1585  tRNA-Ile  92.96 
 
 
79 bp  101  2e-20  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_R0055  tRNA-Ile  92.96 
 
 
77 bp  101  2e-20  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.744049  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0028  tRNA-Ile  92.96 
 
 
77 bp  101  2e-20  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_R0014  tRNA-Ile  95.24 
 
 
77 bp  101  2e-20  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A1021  tRNA-Ile  92.96 
 
 
79 bp  101  2e-20  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0011  tRNA-Ile  92.96 
 
 
77 bp  101  2e-20  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0019  tRNA-Ile  92.96 
 
 
77 bp  101  2e-20  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0014  tRNA-Ile  92.96 
 
 
77 bp  101  2e-20  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.207182  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0040  tRNA-Ile  90.91 
 
 
77 bp  97.6  4e-19  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.111959 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0049  tRNA-Ile  90.91 
 
 
77 bp  97.6  4e-19  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.495986 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0055  tRNA-Ile  90.91 
 
 
77 bp  97.6  4e-19  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR_t33  tRNA-Ile  96.43 
 
 
74 bp  95.6  1e-18  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.332244  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR_t38  tRNA-Ile  96.43 
 
 
74 bp  95.6  1e-18  Brucella suis 1330  Bacteria  hitchhiker  0.00741229  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0035  tRNA-Ile  96.43 
 
 
74 bp  95.6  1e-18  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.849815  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0047  tRNA-Ile  96.43 
 
 
74 bp  95.6  1e-18  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA9  tRNA-Ile  91.55 
 
 
77 bp  93.7  6e-18  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0006  tRNA-Ile  91.55 
 
 
77 bp  93.7  6e-18  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA17  tRNA-Ile  91.55 
 
 
77 bp  93.7  6e-18  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0032  tRNA-Ile  91.55 
 
 
77 bp  93.7  6e-18  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0010  tRNA-Ile  91.55 
 
 
77 bp  93.7  6e-18  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0369476  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0040  tRNA-Ile  91.55 
 
 
77 bp  93.7  6e-18  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  hitchhiker  0.00000178667  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0014    91.55 
 
 
77 bp  93.7  6e-18  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.686239  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0054  tRNA-Ile  91.55 
 
 
77 bp  93.7  6e-18  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.0666927 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0055  tRNA-Ile  91.55 
 
 
77 bp  93.7  6e-18  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0019  tRNA-Ile  91.55 
 
 
77 bp  93.7  6e-18  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.848767  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0064  tRNA-Ile  91.55 
 
 
77 bp  93.7  6e-18  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.17499  normal  0.116646 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0011  tRNA-Ile  91.55 
 
 
77 bp  93.7  6e-18  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.0219307 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0069  tRNA-Ile  91.55 
 
 
77 bp  93.7  6e-18  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0014  tRNA-Ile  91.55 
 
 
77 bp  93.7  6e-18  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0062  tRNA-Ile  91.55 
 
 
77 bp  93.7  6e-18  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.648574  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0052  tRNA-Ile  91.55 
 
 
77 bp  93.7  6e-18  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.461525 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0042  tRNA-Ile  91.55 
 
 
77 bp  93.7  6e-18  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0048  tRNA-Ile  91.55 
 
 
77 bp  93.7  6e-18  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.622626  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0057  tRNA-Ile  89.61 
 
 
77 bp  89.7  9e-17  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.926394 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0033  tRNA-Ile  89.61 
 
 
77 bp  89.7  9e-17  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0063  tRNA-Ile  89.61 
 
 
77 bp  89.7  9e-17  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.809971 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0026  tRNA-Ile  89.61 
 
 
77 bp  89.7  9e-17  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0532408 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_R0033  tRNA-Ile  89.61 
 
 
77 bp  89.7  9e-17  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_R0012  tRNA-Ile  90.14 
 
 
77 bp  85.7  0.000000000000001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_R0015  tRNA-Ile  89.74 
 
 
78 bp  83.8  0.000000000000005  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.173828  normal  0.314939 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_R0008  tRNA-Ile  90 
 
 
77 bp  83.8  0.000000000000005  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.135162  normal  0.696922 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_R0002  tRNA-Ile  89.74 
 
 
78 bp  83.8  0.000000000000005  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_R0035  tRNA-Ile  90 
 
 
77 bp  83.8  0.000000000000005  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.215089 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0040  tRNA-Ile  95.92 
 
 
77 bp  81.8  0.00000000000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.241965  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0022  tRNA-Ile  88.31 
 
 
77 bp  81.8  0.00000000000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.368494 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_28350  tRNA-Ile  88.31 
 
 
77 bp  81.8  0.00000000000002  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal  0.145936 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0005  tRNA-Ile  88.31 
 
 
77 bp  81.8  0.00000000000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0019  tRNA-Ile  88.31 
 
 
77 bp  81.8  0.00000000000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0045  tRNA-Ile  88.31 
 
 
77 bp  81.8  0.00000000000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.165882  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0063  tRNA-Ile  88.31 
 
 
77 bp  81.8  0.00000000000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_R0001  tRNA-Ile  88.31 
 
 
77 bp  81.8  0.00000000000002  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000567837 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_00070  tRNA-Ile  88.31 
 
 
77 bp  81.8  0.00000000000002  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  hitchhiker  0.00000758823  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0018  tRNA-Ile  88.31 
 
 
77 bp  81.8  0.00000000000002  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0042  tRNA-Ile  88.31 
 
 
77 bp  81.8  0.00000000000002  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0084  tRNA-Ile  88.31 
 
 
77 bp  81.8  0.00000000000002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0037  tRNA-Ile  95.92 
 
 
77 bp  81.8  0.00000000000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0006  tRNA-Ile  88.31 
 
 
77 bp  81.8  0.00000000000002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00293878 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0022  tRNA-Ile  88.31 
 
 
77 bp  81.8  0.00000000000002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0029  tRNA-Ile  88.31 
 
 
77 bp  81.8  0.00000000000002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.125391  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0077  tRNA-Ile  88.31 
 
 
77 bp  81.8  0.00000000000002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.982522 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_R0026  tRNA-Ile  91.53 
 
 
77 bp  77.8  0.0000000000003  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_R0032  tRNA-Ile  91.53 
 
 
77 bp  77.8  0.0000000000003  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1085  tRNA-Ile  88.73 
 
 
77 bp  77.8  0.0000000000003  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0259  tRNA-Ile  88.73 
 
 
77 bp  77.8  0.0000000000003  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0002  tRNA-Ile  88.57 
 
 
77 bp  75.8  0.000000000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0021  tRNA-Ile  88.57 
 
 
77 bp  75.8  0.000000000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0055  tRNA-Ile  88.57 
 
 
77 bp  75.8  0.000000000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0078  tRNA-Ile  88.57 
 
 
77 bp  75.8  0.000000000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0547  tRNA-Ile  88.57 
 
 
77 bp  75.8  0.000000000001  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_R0040  tRNA-Ile  87.84 
 
 
74 bp  75.8  0.000000000001  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0033  tRNA-Ile  88.57 
 
 
77 bp  75.8  0.000000000001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.000392062  normal  0.115132 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_R0029  tRNA-Ile  87.01 
 
 
77 bp  73.8  0.000000000005  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.303638  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_R0017  tRNA-Ile  93.88 
 
 
77 bp  73.8  0.000000000005  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.0599655  normal 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_R0029  tRNA-Ile  87.01 
 
 
77 bp  73.8  0.000000000005  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.138289  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0223  tRNA-Ile  91.23 
 
 
77 bp  73.8  0.000000000005  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  hitchhiker  0.0090777  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_R0036  tRNA-Ile  91.23 
 
 
77 bp  73.8  0.000000000005  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.912426  normal  0.0318611 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_R0028  tRNA-Ile  93.88 
 
 
77 bp  73.8  0.000000000005  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.897252  normal 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_R0038  tRNA-Ile  93.88 
 
 
77 bp  73.8  0.000000000005  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  hitchhiker  0.00492352  normal  0.805671 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_R0008  tRNA-Ile  87.01 
 
 
77 bp  73.8  0.000000000005  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_R0040  tRNA-Ile  87.01 
 
 
77 bp  73.8  0.000000000005  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.443427  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_R0058  tRNA-Ile  87.01 
 
 
77 bp  73.8  0.000000000005  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.102192  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_R0024  tRNA-Ile  89.83 
 
 
77 bp  69.9  0.00000000008  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_R0009  tRNA-Ile  89.83 
 
 
77 bp  69.9  0.00000000008  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00618734  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0086  tRNA-Ile  87.32 
 
 
77 bp  69.9  0.00000000008  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.00068353  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>