More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_R0011 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011666  Msil_R0032  tRNA-Ile  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0052  tRNA-Ile  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.461525 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0014    100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.686239  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0006  tRNA-Ile  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0062  tRNA-Ile  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.648574  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA9  tRNA-Ile  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA17  tRNA-Ile  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0055  tRNA-Ile  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0054  tRNA-Ile  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.0666927 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0019  tRNA-Ile  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.848767  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0064  tRNA-Ile  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.17499  normal  0.116646 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0011  tRNA-Ile  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.0219307 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0069  tRNA-Ile  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0014  tRNA-Ile  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0048  tRNA-Ile  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.622626  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0042  tRNA-Ile  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1085  tRNA-Ile  97.4 
 
 		 77 bp  137  4e-31  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0259  tRNA-Ile  97.4 
 
 		 77 bp  137  4e-31  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_R0012  tRNA-Ile  96.1 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0026  tRNA-Ile  94.81 
 
 		 77 bp  121  1.9999999999999998e-26  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0532408 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0033  tRNA-Ile  94.81 
 
 		 77 bp  121  1.9999999999999998e-26  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0063  tRNA-Ile  94.81 
 
 		 77 bp  121  1.9999999999999998e-26  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.809971 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0057  tRNA-Ile  94.81 
 
 		 77 bp  121  1.9999999999999998e-26  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.926394 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A1021  tRNA-Ile  93.51 
 
 		 79 bp  113  6e-24  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRAt14  tRNA-Ile  93.51 
 
 		 77 bp  113  6e-24  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.033496  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1793  tRNA-Ile  93.51 
 
 		 79 bp  113  6e-24  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  hitchhiker  0.00299619  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1585  tRNA-Ile  93.51 
 
 		 79 bp  113  6e-24  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_R0055  tRNA-Ile  93.51 
 
 		 77 bp  113  6e-24  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.744049  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0019  tRNA-Ile  93.51 
 
 		 77 bp  113  6e-24  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0011  tRNA-Ile  93.51 
 
 		 77 bp  113  6e-24  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_R0071  tRNA-Ile  93.51 
 
 		 77 bp  113  6e-24  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.741425  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0006  tRNA-Ile  93.51 
 
 		 77 bp  113  6e-24  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00293878 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0022  tRNA-Ile  93.51 
 
 		 77 bp  113  6e-24  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0029  tRNA-Ile  93.51 
 
 		 77 bp  113  6e-24  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.125391  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0077  tRNA-Ile  93.51 
 
 		 77 bp  113  6e-24  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.982522 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0084  tRNA-Ile  93.51 
 
 		 77 bp  113  6e-24  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0547  tRNA-Ile  94.44 
 
 		 77 bp  111  2.0000000000000002e-23  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0055  tRNA-Ile  94.37 
 
 		 77 bp  109  9.000000000000001e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.168616  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0050  tRNA-Ile  94.37 
 
 		 77 bp  109  9.000000000000001e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0039  tRNA-Ile  94.37 
 
 		 77 bp  109  9.000000000000001e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0048  tRNA-Ile  94.37 
 
 		 77 bp  109  9.000000000000001e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0057  tRNA-Ile  94.37 
 
 		 77 bp  109  9.000000000000001e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.085942  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0041  tRNA-Ile  94.37 
 
 		 77 bp  109  9.000000000000001e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.130016  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR_t33  tRNA-Ile  93.24 
 
 		 74 bp  107  4e-22  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.332244  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR_t38  tRNA-Ile  93.24 
 
 		 74 bp  107  4e-22  Brucella suis 1330  Bacteria  hitchhiker  0.00741229  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0002  tRNA-Ile  94.29 
 
 		 77 bp  107  4e-22  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0021  tRNA-Ile  94.29 
 
 		 77 bp  107  4e-22  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0055  tRNA-Ile  94.29 
 
 		 77 bp  107  4e-22  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0078  tRNA-Ile  94.29 
 
 		 77 bp  107  4e-22  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_R0030  tRNA-Ile  93.15 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_R0040  tRNA-Ile  92.21 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.443427  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_R0058  tRNA-Ile  92.21 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.102192  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_R0008  tRNA-Ile  92.21 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0034  tRNA-Ile  90.91 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0005  tRNA-Ile  90.91 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0019  tRNA-Ile  90.91 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0045  tRNA-Ile  90.91 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.165882  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0063  tRNA-Ile  90.91 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0014  tRNA-Ile  90.91 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.207182  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0065  tRNA-Ile  90.91 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  hitchhiker  0.00143134  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0028  tRNA-Ile  90.91 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002978  tRNA-Ile-1  tRNA-Ile  91.67 
 
 		 77 bp  95.6  1e-18  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0223  tRNA-Ile  90.79 
 
 		 77 bp  95.6  1e-18  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  hitchhiker  0.0090777  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4579  tRNA-Ile  91.55 
 
 		 77 bp  93.7  6e-18  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6554  tRNA-Ile  91.55 
 
 		 77 bp  93.7  6e-18  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4551  tRNA-Ile  91.55 
 
 		 77 bp  93.7  6e-18  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.349279  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6551  tRNA-Ile  91.55 
 
 		 77 bp  93.7  6e-18  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0047  tRNA-Ile  90.54 
 
 		 74 bp  91.7  2e-17  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0035  tRNA-Ile  90.54 
 
 		 74 bp  91.7  2e-17  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.849815  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1916  tRNA-Ile  90.28 
 
 		 77 bp  87.7  3e-16  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  unclonable  0.00000000828574  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0276  tRNA-Ile  90.28 
 
 		 77 bp  87.7  3e-16  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  unclonable  2.66107e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0002  tRNA-Ile  90.28 
 
 		 77 bp  87.7  3e-16  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.000811561  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0012  tRNA-Ile  90.28 
 
 		 77 bp  87.7  3e-16  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.00000226616  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0056  tRNA-Ile  90.28 
 
 		 77 bp  87.7  3e-16  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.00138336  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0078  tRNA-Ile  90.28 
 
 		 77 bp  87.7  3e-16  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.000000836991  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0086  tRNA-Ile  90.28 
 
 		 77 bp  87.7  3e-16  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.00068353  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0014  tRNA-Ile  93.33 
 
 		 79 bp  87.7  3e-16  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0184552  normal  0.6315 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0050  tRNA-Ile  93.33 
 
 		 79 bp  87.7  3e-16  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.000598059  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0055  tRNA-Ile  90.14 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0040  tRNA-Ile  90.14 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.111959 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0049  tRNA-Ile  90.14 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.495986 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0037  tRNA-Ile  93.1 
 
 		 77 bp  83.8  0.000000000000005  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0040  tRNA-Ile  93.1 
 
 		 77 bp  83.8  0.000000000000005  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.241965  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_R0008  tRNA-Ile  90 
 
 		 77 bp  83.8  0.000000000000005  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.135162  normal  0.696922 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_R0014  tRNA-Ile  93.1 
 
 		 77 bp  83.8  0.000000000000005  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0028  tRNA-Ile  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0043  tRNA-Ile  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0027  tRNA-Ile  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0007  tRNA-Ile  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.367995  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0022  tRNA-Ile  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.368494 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0019  tRNA-Ile  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.522587  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0052  tRNA-Ile  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.307306  normal  0.320522 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0020  tRNA-Ile  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0012  tRNA-Ile  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.430923 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0020  tRNA-Ile  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0035  tRNA-Ile  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0050  tRNA-Ile  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.356265 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0060  tRNA-Ile  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0548087 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0043  tRNA-Ile  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.333285 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0022  tRNA-Ile  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.879931  normal  0.983676 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>