299 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gura_R0016 on replicon NC_009483
Organism: Geobacter uraniireducens Rf4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009483  Gura_R0047  tRNA-Ile  100 
 
 
77 bp  153  7e-36  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.930435  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0016  tRNA-Ile  100 
 
 
77 bp  153  7e-36  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0679005  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0073  tRNA-Ile  96.1 
 
 
77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.596138  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0019  tRNA-Ile  96.1 
 
 
77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.191649  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0019  tRNA-Ile  96.1 
 
 
77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0029  tRNA-Ile  96.1 
 
 
77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0072  tRNA-Ile  96.1 
 
 
77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0034  tRNA-Ile  96.1 
 
 
77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.209453  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0062  tRNA-Ile  96.1 
 
 
77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0057  tRNA-Ile  96.1 
 
 
77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0022  tRNA-Ile  96.1 
 
 
77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00808191  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0033  tRNA-Ile  96.1 
 
 
77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0776982  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0053  tRNA-Ile  96.1 
 
 
77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00143998  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0063  tRNA-Ile  96.1 
 
 
77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0802008  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Ile-1  tRNA-Ile  94.81 
 
 
77 bp  121  1.9999999999999998e-26  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Ile-2  tRNA-Ile  94.81 
 
 
77 bp  121  1.9999999999999998e-26  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.226079  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0006  tRNA-Ile  94.81 
 
 
77 bp  121  1.9999999999999998e-26  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0012  tRNA-Ile  94.81 
 
 
77 bp  121  1.9999999999999998e-26  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0130258  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0045  tRNA-Ile  94.81 
 
 
77 bp  121  1.9999999999999998e-26  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.339043  hitchhiker  0.000000161581 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0022  tRNA-Ile  94.81 
 
 
77 bp  121  1.9999999999999998e-26  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0051  tRNA-Ile  95.31 
 
 
77 bp  103  6e-21  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.094292  normal  0.53316 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3083  tRNA-Ile  95.31 
 
 
79 bp  103  6e-21  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0385  tRNA-Ile  95.31 
 
 
79 bp  103  6e-21  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.900506  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0010  tRNA-Ile  95.31 
 
 
77 bp  103  6e-21  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.448229  hitchhiker  0.009241 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0051  tRNA-Ile  92.96 
 
 
77 bp  101  2e-20  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0056  tRNA-Ile  92.96 
 
 
77 bp  101  2e-20  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.239639  n/a   
 
 
-
 
NC_011025  MARTH_R23  tRNA-Ile  96.61 
 
 
77 bp  101  2e-20  Mycoplasma arthritidis 158L3-1  Bacteria  normal  0.105438  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5640  tRNA-Ala  90.91 
 
 
77 bp  97.6  4e-19  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5643  tRNA-Ile  90.91 
 
 
77 bp  97.6  4e-19  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5704  tRNA-Ile  90.91 
 
 
77 bp  97.6  4e-19  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00205374  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5714  tRNA-Ile  90.91 
 
 
77 bp  97.6  4e-19  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.287498  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4561  tRNA-Ile  90.91 
 
 
79 bp  97.6  4e-19  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000000271401  normal  0.0816805 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5742  tRNA-Ile  90.91 
 
 
79 bp  97.6  4e-19  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.000134738  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0007  tRNA-Ile  90.91 
 
 
79 bp  97.6  4e-19  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0028  tRNA-Ile  90.91 
 
 
79 bp  97.6  4e-19  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5312  tRNA-Ile  90.91 
 
 
79 bp  97.6  4e-19  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.122008  normal 
 
 
-
 
NC_005945  tRNA-Ile-1  tRNA-Ile  90.91 
 
 
80 bp  97.6  4e-19  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00325098  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  tRNA-Ile-2  tRNA-Ile  90.91 
 
 
80 bp  97.6  4e-19  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  tRNA-Ile-4  tRNA-Ile  90.91 
 
 
80 bp  97.6  4e-19  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.667521  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  tRNA-Ile-1  tRNA-Ile  90.91 
 
 
80 bp  97.6  4e-19  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  tRNA-Ile-2  tRNA-Ile  90.91 
 
 
80 bp  97.6  4e-19  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  tRNA-Ile-3  tRNA-Ile  90.91 
 
 
80 bp  97.6  4e-19  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000227383  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  tRNA-Ile-4  tRNA-Ile  90.91 
 
 
80 bp  97.6  4e-19  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  tRNA-Ile-1  tRNA-Ile  90.91 
 
 
80 bp  97.6  4e-19  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  tRNA-Ile-2  tRNA-Ile  90.91 
 
 
80 bp  97.6  4e-19  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.426749  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  tRNA-Ile-3  tRNA-Ile  90.91 
 
 
80 bp  97.6  4e-19  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.0000656223  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  tRNA-Ile-4  tRNA-Ile  90.91 
 
 
80 bp  97.6  4e-19  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.438933  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0008  tRNA-Ile  90.91 
 
 
79 bp  97.6  4e-19  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.0344807  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0032  tRNA-Ile  90.91 
 
 
79 bp  97.6  4e-19  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.243312  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_R0114  tRNA-Ile  90.91 
 
 
77 bp  97.6  4e-19  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00549183  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_R0125  tRNA-Ile  90.91 
 
 
77 bp  97.6  4e-19  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.865634  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0022  tRNA-Ile  90.91 
 
 
77 bp  97.6  4e-19  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.368494 
 
 
-
 
NC_007530  tRNA-Ile-1  tRNA-Ile  90.91 
 
 
77 bp  97.6  4e-19  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  decreased coverage  0.0014391  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  tRNA-Ile-2  tRNA-Ile  90.91 
 
 
77 bp  97.6  4e-19  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.182943  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  tRNA-Ile-4  tRNA-Ile  90.91 
 
 
77 bp  97.6  4e-19  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.0663179  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5801  tRNA-Ile  90.91 
 
 
79 bp  97.6  4e-19  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00827668  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0230  tRNA-Ile  90.91 
 
 
79 bp  97.6  4e-19  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00182201  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_R0002  tRNA-Ile  90.91 
 
 
77 bp  97.6  4e-19  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_R0009  tRNA-Ile  90.91 
 
 
77 bp  97.6  4e-19  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0795  tRNA-Ile  90.91 
 
 
79 bp  97.6  4e-19  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  4.48355e-33 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5016  tRNA-Ile  90.91 
 
 
79 bp  97.6  4e-19  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.0220679  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5288  tRNA-Ile  90.91 
 
 
79 bp  97.6  4e-19  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.330851  normal 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4985  tRNA-Ile  90.91 
 
 
79 bp  97.6  4e-19  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5624  tRNA-Ile  90.91 
 
 
79 bp  97.6  4e-19  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.037102  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0870  tRNA-Ile  90.91 
 
 
79 bp  97.6  4e-19  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00000000703823  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5617  tRNA-Ile  90.91 
 
 
79 bp  97.6  4e-19  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0278362  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0018  tRNA-Ile  90.91 
 
 
77 bp  97.6  4e-19  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0042  tRNA-Ile  90.91 
 
 
77 bp  97.6  4e-19  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_R0012  tRNA-Ile  91.03 
 
 
78 bp  91.7  2e-17  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_R0081  tRNA-Ile  89.61 
 
 
77 bp  89.7  9e-17  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0121  tRNA-Ile  89.61 
 
 
77 bp  89.7  9e-17  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0370837  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  tRNA-Ile-3  tRNA-Ile  92.31 
 
 
80 bp  89.7  9e-17  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0703604  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  tRNA-Ile-3  tRNA-Ile  92.31 
 
 
77 bp  89.7  9e-17  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00000945265  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0002  tRNA-Ile  89.61 
 
 
77 bp  89.7  9e-17  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0009  tRNA-Ile  89.61 
 
 
77 bp  89.7  9e-17  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0062  tRNA-Ile  90 
 
 
77 bp  83.8  0.000000000000005  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_R0015  tRNA-Ile  93.1 
 
 
74 bp  83.8  0.000000000000005  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_R0069  tRNA-Ile  93.1 
 
 
74 bp  83.8  0.000000000000005  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0110  tRNA-Ile  89.19 
 
 
77 bp  83.8  0.000000000000005  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00436648  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_R0043  tRNA-Ile  90 
 
 
77 bp  83.8  0.000000000000005  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.213128  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_t1568  tRNA-Ile  89.19 
 
 
74 bp  83.8  0.000000000000005  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_t1603  tRNA-Ile  89.19 
 
 
74 bp  83.8  0.000000000000005  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  normal  0.840001 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_t1800  tRNA-Ile  89.19 
 
 
74 bp  83.8  0.000000000000005  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  hitchhiker  3.21567e-16 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_t1806  tRNA-Ile  89.19 
 
 
74 bp  83.8  0.000000000000005  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000000000532501 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0007  tRNA-Ile  90 
 
 
77 bp  83.8  0.000000000000005  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000177312  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP_tRNA-Ile-1  tRNA-Ile  88.31 
 
 
77 bp  81.8  0.00000000000002  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.428746  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP_tRNA-Ile-2  tRNA-Ile  88.31 
 
 
77 bp  81.8  0.00000000000002  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_R0066  tRNA-Ile  88.31 
 
 
77 bp  81.8  0.00000000000002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_R0013  tRNA-Ile  88.31 
 
 
77 bp  81.8  0.00000000000002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0131677  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0043  tRNA-Ile  88.31 
 
 
77 bp  81.8  0.00000000000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0053  tRNA-Ile  88.31 
 
 
77 bp  81.8  0.00000000000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_R0009  tRNA-Ile  88.31 
 
 
77 bp  81.8  0.00000000000002  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.389462  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_R0018  tRNA-Ile  88.31 
 
 
77 bp  81.8  0.00000000000002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.891633  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_R0066  tRNA-Ile  88.31 
 
 
77 bp  81.8  0.00000000000002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1166  tRNA-Ile  93.22 
 
 
76 bp  77.8  0.0000000000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2506  tRNA-Ile  91.38 
 
 
77 bp  75.8  0.000000000001  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2772  tRNA-Ile  91.38 
 
 
77 bp  75.8  0.000000000001  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2212  tRNA-Ile  91.38 
 
 
77 bp  75.8  0.000000000001  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2459  tRNA-Ile  91.38 
 
 
77 bp  75.8  0.000000000001  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_R0008  tRNA-Ile  87.01 
 
 
77 bp  73.8  0.000000000005  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>