298 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Afer_R0012 on replicon NC_013124
Organism: Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013124  Afer_R0012  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.178155  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_R0014  tRNA-Met  92.06 
 
 		 74 bp  85.7  0.000000000000001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0467162  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_t1573  tRNA-Met  92.86 
 
 		 74 bp  79.8  0.00000000000008  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_t1608  tRNA-Met  92.86 
 
 		 74 bp  79.8  0.00000000000008  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  normal  0.838152 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_R0037  tRNA-Met  91.38 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.45674  normal  0.44338 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_17540  tRNA-Met  87.84 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.164886  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0031  tRNA-Met  91.38 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  hitchhiker  0.000893845  normal  0.390946 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_4303  tRNA-Met  91.23 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_R0061  tRNA-Met  91.23 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.714727 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_R0047  tRNA-Met  91.23 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.501158  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_R0044  tRNA-Met  92.31 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_R0119  tRNA-Met  91.07 
 
 		 74 bp  71.9  0.00000000002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0115  tRNA-Met  91.07 
 
 		 74 bp  71.9  0.00000000002  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.791558  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_07660  tRNA-Met  90 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.041948 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_t0031  tRNA-Met  91.07 
 
 		 74 bp  71.9  0.00000000002  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_t0175  tRNA-Met  91.07 
 
 		 74 bp  71.9  0.00000000002  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.183905  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_t0744  tRNA-Met  91.07 
 
 		 74 bp  71.9  0.00000000002  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.92393  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0049  tRNA-Met  86.67 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.162753  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_R0055  tRNA-Met  92 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.0104012 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0041  tRNA-Met  97.37 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000202293  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_R0057  tRNA-Met  92 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0200182  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Ile-1  tRNA-Ile  89.47 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Ile-2  tRNA-Ile  89.47 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.226079  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t023  tRNA-Met  89.47 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0051  tRNA-Met  87.01 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0012  tRNA-Ile  89.47 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0130258  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0045  tRNA-Ile  89.47 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.339043  hitchhiker  0.000000161581 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0024  tRNA-Met  89.47 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00918004  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0022  tRNA-Ile  89.47 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0036  tRNA-Met  89.47 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0559117  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0043  tRNA-Met  89.47 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.165772  normal  0.314708 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0120  tRNA-Met  89.47 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0737074  normal  0.192949 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0120  tRNA-Met  89.47 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.000419542  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t099  tRNA-Met  89.47 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0187022  normal  0.469652 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0006  tRNA-Ile  89.47 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0117  tRNA-Met  89.47 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000129359  hitchhiker  0.0041219 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0025  tRNA-Met  89.47 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000863723  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0032  tRNA-Met  89.47 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0772174  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4993  tRNA-Met  89.29 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0129  tRNA-Met  89.29 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.0000915038  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5809  tRNA-Met  89.29 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00220616  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5708  tRNA-Met  89.29 
 
 		 74 bp  63.9  0.000000005  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.115547  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5722  tRNA-Met  89.29 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00777466  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4409  tRNA-Met  89.29 
 
 		 79 bp  63.9  0.000000005  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00224529  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_R0037  tRNA-Met  97.22 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  unclonable  0.000000000950191  hitchhiker  0.00000030744 
 
 
-
 
NC_005945  tRNA-Met-1  tRNA-Met  89.29 
 
 		 80 bp  63.9  0.000000005  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.000949861  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  tRNA-Met-8  tRNA-Met  89.29 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00195943  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  tRNA-Met-7  tRNA-Met  89.29 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  tRNA-Met-8  tRNA-Met  89.29 
 
 		 80 bp  63.9  0.000000005  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.657815  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  tRNA-Met-1  tRNA-Met  89.29 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0139099  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  tRNA-Met-4  tRNA-Met  89.29 
 
 		 80 bp  63.9  0.000000005  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.000000411015  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_R0133  tRNA-Met  89.29 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0204958  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_R0084  tRNA-Met  89.29 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007530  tRNA-Met-5  tRNA-Met  89.29 
 
 		 74 bp  63.9  0.000000005  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  tRNA-Met-7  tRNA-Met  89.29 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.000084992  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4296  tRNA-Met  89.29 
 
 		 79 bp  63.9  0.000000005  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000610451 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5024  tRNA-Met  89.29 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.0000167007  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5791  tRNA-Met  89.29 
 
 		 79 bp  63.9  0.000000005  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.815457  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0222  tRNA-Met  89.29 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.0000871168  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0844  tRNA-Met  89.29 
 
 		 79 bp  63.9  0.000000005  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.639074  normal  0.0213952 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_R0004  tRNA-Met  100 
 
 		 74 bp  61.9  0.00000002  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000177492  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_R0047  tRNA-Met  85.33 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  decreased coverage  0.00104453  n/a   
 
 
-
 
NC_011025  MARTH_R23  tRNA-Ile  88.14 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Mycoplasma arthritidis 158L3-1  Bacteria  normal  0.105438  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_R0015  tRNA-Met  90 
 
 		 74 bp  60  0.00000008  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.099209  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_R0045  tRNA-Met  94.74 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.000000395206  normal  1 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_09720  tRNA-Met  94.74 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  hitchhiker  0.000000962233  hitchhiker  0.0000117108 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_R0008  tRNA-Met  90 
 
 		 74 bp  60  0.00000008  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.143037  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_14007  tRNA-Met  87.93 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.0236309 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_R0008  tRNA-Met  90 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_R0053  tRNA-Met  90 
 
 		 74 bp  60  0.00000008  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_R0007  tRNA-Met  90 
 
 		 74 bp  60  0.00000008  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_R0041  tRNA-Met  87.93 
 
 		 74 bp  60  0.00000008  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000154494  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_R0007  tRNA-Met  90 
 
 		 74 bp  60  0.00000008  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_R0011  tRNA-Met  90 
 
 		 74 bp  60  0.00000008  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.519438 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0052  tRNA-Met  87.93 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.526652  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6554  tRNA-Ile  91.11 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0073  tRNA-Ile  87.72 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.596138  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0019  tRNA-Ile  87.72 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.191649  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0065  tRNA-Ile  87.72 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  hitchhiker  0.00143134  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0014  tRNA-Ile  87.72 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.207182  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4551  tRNA-Ile  91.11 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.349279  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0028  tRNA-Ile  87.72 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0013  tRNA-Ile  87.72 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.059772  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0029  tRNA-Ile  87.72 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6551  tRNA-Ile  91.11 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4579  tRNA-Ile  91.11 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0034  tRNA-Ile  87.72 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.209453  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0034  tRNA-Ile  87.72 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0019  tRNA-Ile  87.72 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0011  tRNA-Ile  87.72 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0050  tRNA-Ile  91.11 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0041  tRNA-Met  87.72 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00042704  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0035  tRNA-Ile  87.72 
 
 		 74 bp  58  0.0000003  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.849815  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0047  tRNA-Ile  87.72 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.930435  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0022  tRNA-Ile  87.72 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00808191  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0053  tRNA-Ile  87.72 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00143998  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0063  tRNA-Ile  87.72 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0802008  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0041  tRNA-Ile  91.11 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.130016  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1793  tRNA-Ile  87.72 
 
 		 79 bp  58  0.0000003  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  hitchhiker  0.00299619  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1585  tRNA-Ile  87.72 
 
 		 79 bp  58  0.0000003  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>