268 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SYO3AOP1_R0004 on replicon NC_010730
Organism: Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010730  SYO3AOP1_R0004  tRNA-Met  100 
 
 		 74 bp  147  4.0000000000000006e-34  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000177492  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0053  tRNA-Met  91.89 
 
 		 77 bp  99.6  9e-20  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.0000890426  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0038  tRNA-Met  91.89 
 
 		 77 bp  99.6  9e-20  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000704091 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0041  tRNA-Met  92.54 
 
 		 77 bp  93.7  5e-18  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000202293  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Met-1  tRNA-Met  90.54 
 
 		 77 bp  91.7  2e-17  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0953883  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0036  tRNA-Met  90.54 
 
 		 77 bp  91.7  2e-17  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000218585  hitchhiker  0.0000000000151476 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0001  tRNA-Met  90.54 
 
 		 77 bp  91.7  2e-17  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.617485 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_R0007  tRNA-Met  90.54 
 
 		 76 bp  83.8  0.000000000000005  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0023  tRNA-Met  89.19 
 
 		 77 bp  83.8  0.000000000000005  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000976194  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_R0044  tRNA-Met  90.62 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_R0024  tRNA-Met  91.53 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_R0047  tRNA-Met  91.38 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  decreased coverage  0.00104453  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_09720  tRNA-Met  88.89 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  hitchhiker  0.000000962233  hitchhiker  0.0000117108 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_R0045  tRNA-Met  93.33 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.000000395206  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_R0014  tRNA-Met  89.47 
 
 		 74 bp  65.9  0.000000001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0467162  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_R0012  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.178155  n/a   
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0639  tRNA-Met  97.14 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  decreased coverage  0.000292173  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0039  tRNA-Met  90 
 
 		 77 bp  60  0.00000007  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.10538  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0040  tRNA-Met  90 
 
 		 77 bp  60  0.00000007  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0666979  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_R0020  tRNA-Met  87.93 
 
 		 74 bp  60  0.00000007  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.070977  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_R0037  tRNA-Met  94.59 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  unclonable  0.000000000950191  hitchhiker  0.00000030744 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0026  tRNA-Met  89.8 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000244798  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_R0119  tRNA-Met  94.44 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0115  tRNA-Met  94.44 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.791558  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_R0041  tRNA-Met  96.88 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_08640  tRNA-Met  90.91 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  unclonable  0.000000480255  hitchhiker  0.000000163212 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_R0041  tRNA-Met  94.44 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000154494  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_t1573  tRNA-Met  94.44 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_t1608  tRNA-Met  94.44 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  normal  0.838152 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_t0031  tRNA-Met  94.44 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_t0175  tRNA-Met  94.44 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.183905  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_t0744  tRNA-Met  94.44 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.92393  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE_tRNA-Met-1  tRNA-Met  93.02 
 
 		 73 bp  54  0.000005  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t023  tRNA-Met  96.77 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0043  tRNA-Met  96.77 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.165772  normal  0.314708 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0008  tRNA-Met  86.44 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0008  tRNA-Met  86.44 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0077  tRNA-Met  86.44 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0042  tRNA-Met  86.44 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.447058  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0120  tRNA-Met  96.77 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0737074  normal  0.192949 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0120  tRNA-Met  96.77 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.000419542  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0017  tRNA-Met  86.44 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.0000161525  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0117  tRNA-Met  96.77 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000129359  hitchhiker  0.0041219 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0036  tRNA-Met  96.77 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0559117  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0032  tRNA-Met  96.77 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0772174  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0016  tRNA-Met  86.44 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000000174645  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0019  tRNA-Met  86.44 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  unclonable  0.000000000000626399  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0025  tRNA-Met  96.77 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000863723  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t099  tRNA-Met  96.77 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0187022  normal  0.469652 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0024  tRNA-Met  96.77 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00918004  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0031  tRNA-Met  90.48 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  hitchhiker  0.000893845  normal  0.390946 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_R0045  tRNA-Met  86.21 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_4303  tRNA-Met  88 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011374  UUR10_0160  tRNA-Ile  100 
 
 		 79 bp  52  0.00002  Ureaplasma urealyticum serovar 10 str. ATCC 33699  Bacteria  normal  0.31857  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0018  tRNA-Met  86.21 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0583906 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_R0057  tRNA-Met  92.11 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0200182  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_R0034  tRNA-Ile  92.11 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0048  tRNA-Met  88 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.565374  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_R0055  tRNA-Met  92.11 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.0104012 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_R0037  tRNA-Met  90.48 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.45674  normal  0.44338 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_R0047  tRNA-Met  88 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.501158  normal  1 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_R0061  tRNA-Met  88 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.714727 
 
 
-
 
NC_003912  CJE_tRNA-Met-2  tRNA-Met  93.94 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.593397  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0607  tRNA-Met  93.94 
 
 		 74 bp  50.1  0.00007  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1749  tRNA-Met  93.94 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0443  tRNA-Met  93.94 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0034  tRNA-Ile  100 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5809  tRNA-Met  91.67 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00220616  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0019  tRNA-Ile  100 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0844  tRNA-Met  91.67 
 
 		 79 bp  48.1  0.0003  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.639074  normal  0.0213952 
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0217  tRNA-Met  93.75 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  hitchhiker  0.00000283281  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP_tRNA-Met-3  tRNA-Met  91.67 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5708  tRNA-Met  91.67 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.115547  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0014  tRNA-Ile  100 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.207182  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR_t33  tRNA-Ile  100 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.332244  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR_t38  tRNA-Ile  100 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Brucella suis 1330  Bacteria  hitchhiker  0.00741229  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRAt14  tRNA-Ile  100 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.033496  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  tRNA-Met-1  tRNA-Met  91.67 
 
 		 80 bp  48.1  0.0003  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.000949861  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  tRNA-Met-8  tRNA-Met  91.67 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00195943  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  tRNA-Met-7  tRNA-Met  91.67 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  tRNA-Met-8  tRNA-Met  91.67 
 
 		 80 bp  48.1  0.0003  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.657815  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  tRNA-Met-1  tRNA-Met  91.67 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0139099  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  tRNA-Met-4  tRNA-Met  91.67 
 
 		 80 bp  48.1  0.0003  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.000000411015  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0041  tRNA-Ile  100 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.130016  normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  tRNA-Met-5  tRNA-Met  91.67 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  tRNA-Met-7  tRNA-Met  91.67 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.000084992  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0013  tRNA-Ile  100 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.059772  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5024  tRNA-Met  91.67 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.0000167007  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5791  tRNA-Met  91.67 
 
 		 79 bp  48.1  0.0003  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.815457  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_2266  tRNA-Met  93.75 
 
 		 79 bp  48.1  0.0003  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.507582  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4409  tRNA-Met  91.67 
 
 		 79 bp  48.1  0.0003  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00224529  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_2151  tRNA-Met  93.75 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.0974821  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4296  tRNA-Met  91.67 
 
 		 79 bp  48.1  0.0003  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000610451 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0022  tRNA-Met  93.75 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.164411  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0222  tRNA-Met  91.67 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.0000871168  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4993  tRNA-Met  91.67 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_R0055  tRNA-Ile  100 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.744049  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_R0052  tRNA-Met  91.67 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.52519  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0065  tRNA-Ile  100 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  hitchhiker  0.00143134  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0129  tRNA-Met  91.67 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.0000915038  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>