299 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dgeo_R0046 on replicon NC_008025
Organism: Deinococcus geothermalis DSM 11300



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008025  Dgeo_R0046  tRNA-Met  100 
 
 
77 bp  153  7e-36  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.216228  normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_14007  tRNA-Met  92.19 
 
 
77 bp  87.7  3e-16  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal  0.0236309 
 
 
-
 
NC_004347  SO_t023  tRNA-Met  93.22 
 
 
77 bp  85.7  0.000000000000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0036  tRNA-Met  93.22 
 
 
77 bp  85.7  0.000000000000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0559117  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0120  tRNA-Met  93.22 
 
 
77 bp  85.7  0.000000000000001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0737074  normal  0.192949 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0043  tRNA-Met  93.22 
 
 
77 bp  85.7  0.000000000000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.165772  normal  0.314708 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0025  tRNA-Met  93.22 
 
 
77 bp  85.7  0.000000000000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000863723  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0120  tRNA-Met  93.22 
 
 
77 bp  85.7  0.000000000000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.000419542  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0024  tRNA-Met  93.22 
 
 
77 bp  85.7  0.000000000000001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00918004  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0117  tRNA-Met  93.22 
 
 
77 bp  85.7  0.000000000000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000129359  hitchhiker  0.0041219 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t099  tRNA-Met  93.22 
 
 
77 bp  85.7  0.000000000000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0187022  normal  0.469652 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0032  tRNA-Met  93.22 
 
 
77 bp  85.7  0.000000000000001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0772174  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0011  tRNA-Met  95.92 
 
 
77 bp  81.8  0.00000000000002  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.00653203  hitchhiker  0.000515394 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0041  tRNA-Met  91.53 
 
 
77 bp  77.8  0.0000000000003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00042704  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0011  tRNA-Met  93.88 
 
 
77 bp  73.8  0.000000000005  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_R0024  tRNA-Met  87.01 
 
 
77 bp  73.8  0.000000000005  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_R0053  tRNA-Met  93.88 
 
 
74 bp  73.8  0.000000000005  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0012  tRNA-Met  93.88 
 
 
77 bp  73.8  0.000000000005  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal  0.0594499 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_R0008  tRNA-Met  93.88 
 
 
77 bp  73.8  0.000000000005  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_R0008  tRNA-Met  93.88 
 
 
74 bp  73.8  0.000000000005  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.143037  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_R0007  tRNA-Met  93.88 
 
 
74 bp  73.8  0.000000000005  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_R0011  tRNA-Met  93.88 
 
 
74 bp  73.8  0.000000000005  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.519438 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0010  tRNA-Met  93.88 
 
 
77 bp  73.8  0.000000000005  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.678705 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_R0037  tRNA-Met  87.67 
 
 
77 bp  73.8  0.000000000005  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.45674  normal  0.44338 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0031  tRNA-Met  87.67 
 
 
77 bp  73.8  0.000000000005  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  hitchhiker  0.000893845  normal  0.390946 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_R0015  tRNA-Met  93.88 
 
 
74 bp  73.8  0.000000000005  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.099209  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0049  tRNA-Met  87.01 
 
 
77 bp  73.8  0.000000000005  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0021032  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_R0007  tRNA-Met  93.88 
 
 
74 bp  73.8  0.000000000005  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_R0007  tRNA-Met  97.73 
 
 
76 bp  71.9  0.00000000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_R0012  tRNA-Met  97.73 
 
 
76 bp  71.9  0.00000000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  unclonable  0.00000000097362  normal  0.0784713 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0017  tRNA-Met  88.89 
 
 
77 bp  69.9  0.00000000008  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_4303  tRNA-Met  88.89 
 
 
77 bp  69.9  0.00000000008  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_17540  tRNA-Met  95.35 
 
 
74 bp  69.9  0.00000000008  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.164886  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_R0042  tRNA-Met  95.74 
 
 
76 bp  69.9  0.00000000008  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6046  tRNA-Met  95.35 
 
 
77 bp  69.9  0.00000000008  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.474372  normal 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_R0047  tRNA-Met  88.89 
 
 
77 bp  69.9  0.00000000008  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.501158  normal 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_21210  tRNA-Met  95.35 
 
 
74 bp  69.9  0.00000000008  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_R0061  tRNA-Met  88.89 
 
 
77 bp  69.9  0.00000000008  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.714727 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_R0026  tRNA-Met  89.47 
 
 
74 bp  65.9  0.000000001  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000286775 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_R0028  tRNA-Met  89.47 
 
 
74 bp  65.9  0.000000001  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.822352  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_R0057  tRNA-Met  91.84 
 
 
77 bp  65.9  0.000000001  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0200182  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_R0055  tRNA-Met  91.84 
 
 
74 bp  65.9  0.000000001  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.0104012 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1788  tRNA-Met  89.29 
 
 
79 bp  63.9  0.000000005  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0390  tRNA-Met  89.29 
 
 
77 bp  63.9  0.000000005  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0050  tRNA-Met  87.3 
 
 
77 bp  61.9  0.00000002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.325417  normal  0.466889 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R95  tRNA-Met  88.14 
 
 
77 bp  61.9  0.00000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1362  tRNA-Met  93.02 
 
 
77 bp  61.9  0.00000002  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_R0016  tRNA-Met  93.02 
 
 
77 bp  61.9  0.00000002  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.657071  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_R0014  tRNA-Met  88.14 
 
 
77 bp  61.9  0.00000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.170576  normal  0.370354 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_t0048  tRNA-Met  93.02 
 
 
77 bp  61.9  0.00000002  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0041  tRNA-Met  85.92 
 
 
77 bp  61.9  0.00000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000202293  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Met-1  tRNA-Met  84.42 
 
 
77 bp  58  0.0000003  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0953883  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0036  tRNA-Met  84.42 
 
 
77 bp  58  0.0000003  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000218585  hitchhiker  0.0000000000151476 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_R0041  tRNA-Met  87.72 
 
 
77 bp  58  0.0000003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011025  MARTH_R23  tRNA-Ile  87.72 
 
 
77 bp  58  0.0000003  Mycoplasma arthritidis 158L3-1  Bacteria  normal  0.105438  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PGt47  tRNA-Met  88.46 
 
 
77 bp  56  0.000001  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0217  tRNA-Met  87.5 
 
 
77 bp  56  0.000001  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  hitchhiker  0.00000283281  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_R0046  tRNA-Met  87.5 
 
 
77 bp  56  0.000001  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  hitchhiker  0.00480541  normal 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_R0036  tRNA-Ile  87.5 
 
 
77 bp  56  0.000001  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.912426  normal  0.0318611 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0082  tRNA-Ile  87.5 
 
 
77 bp  56  0.000001  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0466145  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0009  tRNA-Ile  87.5 
 
 
74 bp  56  0.000001  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.11936  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0002  tRNA-Ile  87.5 
 
 
74 bp  56  0.000001  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0699442  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3195t  tRNA-Met  90.38 
 
 
73 bp  56  0.000001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.215562  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_t04  tRNA-Met  86.44 
 
 
74 bp  54  0.000005  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.624139  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4332  tRNA-Met  87.27 
 
 
77 bp  54  0.000005  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t02  tRNA-Met  86.44 
 
 
77 bp  54  0.000005  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA75  tRNA-Met  86.44 
 
 
77 bp  54  0.000005  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0252  tRNA-Met  100 
 
 
74 bp  54  0.000005  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0028  tRNA-Met  90.7 
 
 
77 bp  54  0.000005  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0104  tRNA-Met  90.7 
 
 
77 bp  54  0.000005  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.013625  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_R0053  tRNA-Met  90.7 
 
 
73 bp  54  0.000005  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_R0049  tRNA-Met  90.7 
 
 
77 bp  54  0.000005  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.0228111 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0022  tRNA-Met  87.27 
 
 
77 bp  54  0.000005  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.164411  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0090  tRNA-Met  86.44 
 
 
77 bp  54  0.000005  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0008  tRNA-Met  86.44 
 
 
77 bp  54  0.000005  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0018  tRNA-Met  90.7 
 
 
77 bp  54  0.000005  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0278993  normal  0.0571882 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0114  tRNA-Met  90.7 
 
 
77 bp  54  0.000005  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  0.00121971  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0075  tRNA-Met  86.44 
 
 
77 bp  54  0.000005  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0019  tRNA-Met  90.7 
 
 
77 bp  54  0.000005  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.682883  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0034  tRNA-Ile  86.21 
 
 
77 bp  52  0.00002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.209453  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0016  tRNA-Met  90.48 
 
 
77 bp  52  0.00002  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.120577  normal  0.0590826 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0072  tRNA-Ile  86.21 
 
 
77 bp  52  0.00002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0057  tRNA-Ile  86.21 
 
 
77 bp  52  0.00002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0019  tRNA-Ile  86.21 
 
 
77 bp  52  0.00002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_R0004  tRNA-Phe  87.93 
 
 
76 bp  52  0.00002  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.250766  normal  0.359385 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0062  tRNA-Ile  86.21 
 
 
77 bp  52  0.00002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_R0041  tRNA-Met  84.29 
 
 
77 bp  52  0.00002  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.750372  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_R0041  tRNA-Met  84.29 
 
 
77 bp  52  0.00002  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000138858  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0019  tRNA-Ile  86.21 
 
 
77 bp  52  0.00002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.191649  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0029  tRNA-Ile  86.21 
 
 
77 bp  52  0.00002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0073  tRNA-Ile  86.21 
 
 
77 bp  52  0.00002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.596138  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_4324  tRNA-Ile  85.96 
 
 
77 bp  50.1  0.00008  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0101134  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0056  tRNA-Ile  85.96 
 
 
77 bp  50.1  0.00008  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.239639  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_R0050  tRNA-Ile  85.96 
 
 
77 bp  50.1  0.00008  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.303318 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6007  tRNA-Ile  85.96 
 
 
77 bp  50.1  0.00008  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.358731 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_R0072  tRNA-Ile  85.96 
 
 
77 bp  50.1  0.00008  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.152177 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0003  tRNA-Met  85.96 
 
 
77 bp  50.1  0.00008  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.879602  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6014  tRNA-Ile  85.96 
 
 
77 bp  50.1  0.00008  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0003  tRNA-Ile  85.96 
 
 
77 bp  50.1  0.00008  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0042  tRNA-Ile  85.96 
 
 
77 bp  50.1  0.00008  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.319601 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>