299 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PsycPRwf_R0011 on replicon NC_009524
Organism: Psychrobacter sp. PRwf-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009524  PsycPRwf_R0011  tRNA-Met  100 
 
 
77 bp  153  7e-36  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.00653203  hitchhiker  0.000515394 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0011  tRNA-Met  98.7 
 
 
77 bp  145  2e-33  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0012  tRNA-Met  98.7 
 
 
77 bp  145  2e-33  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal  0.0594499 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0010  tRNA-Met  94.81 
 
 
77 bp  121  1.9999999999999998e-26  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.678705 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6046  tRNA-Met  98.31 
 
 
77 bp  109  9.000000000000001e-23  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.474372  normal 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1362  tRNA-Met  92.42 
 
 
77 bp  91.7  2e-17  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_R0053  tRNA-Met  97.96 
 
 
74 bp  89.7  9e-17  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_R0015  tRNA-Met  97.96 
 
 
74 bp  89.7  9e-17  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.099209  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_R0008  tRNA-Met  97.96 
 
 
77 bp  89.7  9e-17  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_R0007  tRNA-Met  97.96 
 
 
74 bp  89.7  9e-17  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_R0008  tRNA-Met  97.96 
 
 
74 bp  89.7  9e-17  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.143037  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_R0011  tRNA-Met  97.96 
 
 
74 bp  89.7  9e-17  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.519438 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_R0007  tRNA-Met  97.96 
 
 
74 bp  89.7  9e-17  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_21210  tRNA-Met  100 
 
 
74 bp  87.7  3e-16  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_17540  tRNA-Met  100 
 
 
74 bp  85.7  0.000000000000001  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.164886  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_t0048  tRNA-Met  90.91 
 
 
77 bp  83.8  0.000000000000005  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_R0055  tRNA-Met  95.92 
 
 
74 bp  81.8  0.00000000000002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.0104012 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_R0046  tRNA-Met  95.92 
 
 
77 bp  81.8  0.00000000000002  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.216228  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_R0057  tRNA-Met  95.92 
 
 
77 bp  81.8  0.00000000000002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0200182  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_R0016  tRNA-Met  97.67 
 
 
77 bp  77.8  0.0000000000003  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.657071  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_R0047  tRNA-Met  90.32 
 
 
77 bp  75.8  0.000000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.501158  normal 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_R0061  tRNA-Met  90.32 
 
 
77 bp  75.8  0.000000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.714727 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_4303  tRNA-Met  90.32 
 
 
77 bp  75.8  0.000000000001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0031  tRNA-Met  97.5 
 
 
77 bp  71.9  0.00000000002  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  hitchhiker  0.000893845  normal  0.390946 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_R0037  tRNA-Met  97.5 
 
 
77 bp  71.9  0.00000000002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.45674  normal  0.44338 
 
 
-
 
NC_011025  MARTH_R23  tRNA-Ile  91.07 
 
 
77 bp  71.9  0.00000000002  Mycoplasma arthritidis 158L3-1  Bacteria  normal  0.105438  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_R0049  tRNA-Met  95.35 
 
 
77 bp  69.9  0.00000000008  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.0228111 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_R0008  tRNA-Ile  89.66 
 
 
77 bp  67.9  0.0000000003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_R0040  tRNA-Ile  89.66 
 
 
77 bp  67.9  0.0000000003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.443427  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_R0058  tRNA-Ile  89.66 
 
 
77 bp  67.9  0.0000000003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.102192  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0016  tRNA-Met  95.24 
 
 
77 bp  67.9  0.0000000003  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.120577  normal  0.0590826 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0050  tRNA-Met  89.66 
 
 
77 bp  67.9  0.0000000003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00180994 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_R0036  tRNA-Ile  89.47 
 
 
77 bp  65.9  0.000000001  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.912426  normal  0.0318611 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_14007  tRNA-Met  91.84 
 
 
77 bp  65.9  0.000000001  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal  0.0236309 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0019  tRNA-Ile  93.18 
 
 
77 bp  63.9  0.000000005  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0062  tRNA-Ile  93.18 
 
 
77 bp  63.9  0.000000005  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0016  tRNA-Ile  93.18 
 
 
77 bp  63.9  0.000000005  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0679005  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0073  tRNA-Ile  93.18 
 
 
77 bp  63.9  0.000000005  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.596138  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0072  tRNA-Ile  93.18 
 
 
77 bp  63.9  0.000000005  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0002  tRNA-Ile  89.29 
 
 
77 bp  63.9  0.000000005  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0021  tRNA-Ile  89.29 
 
 
77 bp  63.9  0.000000005  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0055  tRNA-Ile  89.29 
 
 
77 bp  63.9  0.000000005  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0078  tRNA-Ile  89.29 
 
 
77 bp  63.9  0.000000005  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0022  tRNA-Ile  93.18 
 
 
77 bp  63.9  0.000000005  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00808191  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0019  tRNA-Ile  93.18 
 
 
77 bp  63.9  0.000000005  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.191649  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0034  tRNA-Ile  93.18 
 
 
77 bp  63.9  0.000000005  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.209453  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0047  tRNA-Ile  93.18 
 
 
77 bp  63.9  0.000000005  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.930435  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0057  tRNA-Ile  93.18 
 
 
77 bp  63.9  0.000000005  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0063  tRNA-Ile  93.18 
 
 
77 bp  63.9  0.000000005  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0802008  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0053  tRNA-Ile  93.18 
 
 
77 bp  63.9  0.000000005  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00143998  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0033  tRNA-Ile  93.18 
 
 
77 bp  63.9  0.000000005  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0776982  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0018  tRNA-Met  87.5 
 
 
77 bp  63.9  0.000000005  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.000031299  normal  0.0565346 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0029  tRNA-Ile  93.18 
 
 
77 bp  63.9  0.000000005  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0009  tRNA-Ile  89.09 
 
 
77 bp  61.9  0.00000002  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0025  tRNA-Met  89.09 
 
 
77 bp  61.9  0.00000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000863723  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0043  tRNA-Met  89.09 
 
 
77 bp  61.9  0.00000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.165772  normal  0.314708 
 
 
-
 
NC_004347  SO_t023  tRNA-Met  89.09 
 
 
77 bp  61.9  0.00000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_21420  tRNA-Met  93.02 
 
 
77 bp  61.9  0.00000002  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  hitchhiker  0.0000610932  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_07660  tRNA-Met  93.02 
 
 
77 bp  61.9  0.00000002  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.041948 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0024  tRNA-Met  89.09 
 
 
77 bp  61.9  0.00000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00918004  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0051  tRNA-Ile  93.02 
 
 
77 bp  61.9  0.00000002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0056  tRNA-Ile  93.02 
 
 
77 bp  61.9  0.00000002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.239639  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0051  tRNA-Ile  93.02 
 
 
77 bp  61.9  0.00000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.094292  normal  0.53316 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t099  tRNA-Met  89.09 
 
 
77 bp  61.9  0.00000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0187022  normal  0.469652 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0385  tRNA-Ile  93.02 
 
 
79 bp  61.9  0.00000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.900506  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0117  tRNA-Met  89.09 
 
 
77 bp  61.9  0.00000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000129359  hitchhiker  0.0041219 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0023  tRNA-Met  88.14 
 
 
77 bp  61.9  0.00000002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3083  tRNA-Ile  93.02 
 
 
79 bp  61.9  0.00000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0002  tRNA-Ile  89.09 
 
 
77 bp  61.9  0.00000002  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0032  tRNA-Met  89.09 
 
 
77 bp  61.9  0.00000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0772174  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0036  tRNA-Met  89.09 
 
 
77 bp  61.9  0.00000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0559117  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0010  tRNA-Ile  93.02 
 
 
77 bp  61.9  0.00000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.448229  hitchhiker  0.009241 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0120  tRNA-Met  89.09 
 
 
77 bp  61.9  0.00000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0737074  normal  0.192949 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0120  tRNA-Met  89.09 
 
 
77 bp  61.9  0.00000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.000419542  normal 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0110  tRNA-Ile  89.09 
 
 
77 bp  61.9  0.00000002  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00436648  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_t1568  tRNA-Ile  89.09 
 
 
74 bp  61.9  0.00000002  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_t1603  tRNA-Ile  89.09 
 
 
74 bp  61.9  0.00000002  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  normal  0.840001 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_t1800  tRNA-Ile  89.09 
 
 
74 bp  61.9  0.00000002  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  hitchhiker  3.21567e-16 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_t1806  tRNA-Ile  89.09 
 
 
74 bp  61.9  0.00000002  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000000000532501 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0121  tRNA-Ile  89.09 
 
 
77 bp  61.9  0.00000002  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0370837  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5617  tRNA-Ile  92.86 
 
 
79 bp  60  0.00000008  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0278362  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PGt47  tRNA-Met  92.86 
 
 
77 bp  60  0.00000008  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_R0002  tRNA-Ile  92.86 
 
 
77 bp  60  0.00000008  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5640  tRNA-Ala  92.86 
 
 
77 bp  60  0.00000008  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  tRNA-Ile-2  tRNA-Ile  92.86 
 
 
80 bp  60  0.00000008  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  tRNA-Ile-3  tRNA-Ile  92.86 
 
 
80 bp  60  0.00000008  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000227383  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  tRNA-Ile-4  tRNA-Ile  92.86 
 
 
80 bp  60  0.00000008  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  tRNA-Ile-1  tRNA-Ile  92.86 
 
 
80 bp  60  0.00000008  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  tRNA-Ile-2  tRNA-Ile  92.86 
 
 
80 bp  60  0.00000008  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.426749  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  tRNA-Ile-3  tRNA-Ile  92.86 
 
 
80 bp  60  0.00000008  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.0000656223  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  tRNA-Ile-4  tRNA-Ile  92.86 
 
 
80 bp  60  0.00000008  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.438933  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0032  tRNA-Ile  92.86 
 
 
79 bp  60  0.00000008  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.243312  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  tRNA-Ile-1  tRNA-Ile  92.86 
 
 
77 bp  60  0.00000008  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  decreased coverage  0.0014391  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  tRNA-Ile-2  tRNA-Ile  92.86 
 
 
77 bp  60  0.00000008  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.182943  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  tRNA-Ile-3  tRNA-Ile  92.86 
 
 
77 bp  60  0.00000008  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00000945265  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  tRNA-Ile-4  tRNA-Ile  92.86 
 
 
77 bp  60  0.00000008  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.0663179  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5624  tRNA-Ile  92.86 
 
 
79 bp  60  0.00000008  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.037102  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5742  tRNA-Ile  92.86 
 
 
79 bp  60  0.00000008  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.000134738  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0870  tRNA-Ile  92.86 
 
 
79 bp  60  0.00000008  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00000000703823  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5016  tRNA-Ile  92.86 
 
 
79 bp  60  0.00000008  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.0220679  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>