299 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sde_R0050 on replicon NC_007912
Organism: Saccharophagus degradans 2-40



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007912  Sde_R0050  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00180994 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_R0018  tRNA-Met  98.41 
 
 		 74 bp  117  3.9999999999999997e-25  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.144719  normal  0.0381447 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0002  tRNA-Met  93.55 
 
 		 77 bp  91.7  2e-17  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0018  tRNA-Met  90.41 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.000031299  normal  0.0565346 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_t13660  tRNA-Met  97.83 
 
 		 74 bp  83.8  0.000000000000005  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.0986692  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_tRNAMetVIMSS1309376  tRNA-Met  93.1 
 
 		 74 bp  83.8  0.000000000000005  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.515104  hitchhiker  0.0000016198 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0096  tRNA-Met  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000000771704  normal  0.141608 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_R0015  tRNA-Met  91.8 
 
 		 74 bp  81.8  0.00000000000002  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_R0036  tRNA-Met  91.8 
 
 		 74 bp  81.8  0.00000000000002  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.756842  normal  0.078862 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0010  tRNA-Met  90.77 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.678705 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0102  tRNA-Met  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000000510016  normal  0.102262 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0106  tRNA-Met  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.000000000245591  normal  0.103844 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0100  tRNA-Met  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.00000000240677  normal  0.14602 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1764  tRNA-Met  90.62 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.366542  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE_tRNA-Met-3  tRNA-Met  90.62 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.36527  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_2088  tRNA-Met  90.62 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.475154  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_2225  tRNA-Met  90.48 
 
 		 79 bp  77.8  0.0000000000003  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.357259  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lppt17  tRNA-Met  94.12 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplt17  tRNA-Met  94.12 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0006  tRNA-Met  94.12 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1560  tRNA-Met  90.48 
 
 		 79 bp  77.8  0.0000000000003  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  0.443408  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_2248  tRNA-Met  90.48 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6046  tRNA-Met  91.53 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.474372  normal  1 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_tRNAMetVIMSS1309206  tRNA-Met  91.38 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.218177  hitchhiker  0.000283446 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_R0006  tRNA-Met  91.38 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.412994  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0035  tRNA-Met  93.88 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.0000293929  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4255  tRNA-Met  93.88 
 
 		 79 bp  73.8  0.000000000005  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  1.1357e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0329  tRNA-Met  93.88 
 
 		 79 bp  73.8  0.000000000005  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00000153412  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0061  tRNA-Met  93.88 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0156851  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0032  tRNA-Met  93.88 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000831848  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0027  tRNA-Met  93.88 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.155792  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0031  tRNA-Met  93.88 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.240758  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0062  tRNA-Met  93.88 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  decreased coverage  0.000650555  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0066  tRNA-Met  93.88 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.00279413  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0031  tRNA-Met  93.88 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.0000375201  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0091  tRNA-Met  93.88 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.62007  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4259  tRNA-Met  93.88 
 
 		 79 bp  73.8  0.000000000005  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  1.0089e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0028  tRNA-Met  93.88 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  unclonable  0.000000000000167131  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0332  tRNA-Met  93.88 
 
 		 79 bp  73.8  0.000000000005  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00000136063  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0065  tRNA-Met  93.88 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0370622  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0105  tRNA-Met  95.45 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.0000000000402123  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0112  tRNA-Met  95.45 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.0000000000385548  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0120  tRNA-Met  95.45 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000849976  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0101  tRNA-Met  95.45 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00000000109758  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t014  tRNA-Met  95.45 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t018  tRNA-Met  95.45 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0129  tRNA-Met  95.45 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.00000000830942  hitchhiker  0.000497336 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0116  tRNA-Met  95.45 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000000126363  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0108  tRNA-Met  95.45 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000000000925479  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0125  tRNA-Met  95.45 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000214753  hitchhiker  0.00047099 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0030  tRNA-Met  95.45 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000378723  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0032  tRNA-Met  95.45 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.00000000017089  normal  0.142093 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0036  tRNA-Met  95.45 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000524362  normal  0.145466 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t013  tRNA-Met  95.45 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.0000000114065  hitchhiker  0.000000000483497 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t108  tRNA-Met  95.45 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.00000000118343  hitchhiker  0.00000000052642 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0033  tRNA-Met  95.45 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.000000181749  normal  0.113479 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0037  tRNA-Met  95.45 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.000667787  normal  0.114256 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0038  tRNA-Met  95.45 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000161182  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0156  tRNA-Met  95.45 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.0000000000253856  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0153  tRNA-Met  95.45 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.0000000000229594  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0136  tRNA-Met  89.06 
 
 		 74 bp  71.9  0.00000000002  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0031  tRNA-Met  95.45 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.000000000967357  normal  0.0254093 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0035  tRNA-Met  95.45 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00000026454  normal  0.0264572 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0159  tRNA-Met  95.45 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.0000000000201379  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna1  tRNA-Met  92.16 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_R0001  tRNA-Met  90.91 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_R0001  tRNA-Ile  95.35 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.560835  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_R0008  tRNA-Met  90.91 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0026  tRNA-Met  95.35 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  0.0000000000000983992  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0044  tRNA-Met  92.16 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0077  tRNA-Met  92.16 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.171478  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0034  tRNA-Met  95.35 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000193112  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0044  tRNA-Met  92.16 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0052  tRNA-Met  93.62 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.526652  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0011  tRNA-Met  89.66 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0012  tRNA-Met  89.66 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.0594499 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0011  tRNA-Met  89.66 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.00653203  hitchhiker  0.000515394 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1767  tRNA-Met  87.88 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_R0061  tRNA-Met  87.69 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.714727 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0035  tRNA-Ile  89.47 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1610  tRNA-Ile  89.47 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_4303  tRNA-Met  87.69 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0045  tRNA-Ile  89.47 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.0000457584  normal  0.0314224 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_R0053  tRNA-Met  88.52 
 
 		 74 bp  65.9  0.000000001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0003  tRNA-Ile  89.47 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00141383  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0010  tRNA-Ile  89.47 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0680971  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0018  tRNA-Ile  89.47 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0178227  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0025  tRNA-Ile  89.47 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0236183  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0081  tRNA-Ile  89.47 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.0000149599  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_R0016  tRNA-Ile  89.47 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.165023  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_R0047  tRNA-Met  87.69 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.501158  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_R0054  tRNA-Ile  89.47 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.00000202607  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_R0011  tRNA-Met  88.52 
 
 		 74 bp  65.9  0.000000001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.519438 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_tRNAMetVIMSS1309261  tRNA-Met  86.76 
 
 		 74 bp  63.9  0.000000005  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.0992753 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0131  tRNA-Met  93.18 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.0000000542069  normal  0.386091 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0134  tRNA-Met  93.18 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.00000000283847  normal  0.273117 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_R0035  tRNA-Met  93.18 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_R0052  tRNA-Met  93.18 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.106885  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0125  tRNA-Met  93.02 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000032683  normal  0.193684 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0128  tRNA-Met  93.02 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.00000000459259  normal  0.192833 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>