More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Afer_R0001 on replicon NC_013124
Organism: Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013124  Afer_R0001  tRNA-Ile  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.560835  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_R0001  tRNA-Ile  93.42 
 
 		 77 bp  111  2.0000000000000002e-23  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.783183  hitchhiker  0.00194035 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_R0001  tRNA-Ile  93.42 
 
 		 77 bp  111  2.0000000000000002e-23  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.334662  normal  0.586783 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_R0001  tRNA-Ile  89.19 
 
 		 77 bp  83.8  0.000000000000005  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.227787 
 
 
-
 
NC_006368  lppt17  tRNA-Met  92.98 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplt17  tRNA-Met  92.98 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0077  tRNA-Met  91.23 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.171478  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna1  tRNA-Met  91.23 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0050  tRNA-Met  95.35 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00180994 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_R0018  tRNA-Met  95.35 
 
 		 74 bp  69.9  0.00000000008  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.144719  normal  0.0381447 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_R0001  tRNA-Ile  87.14 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0002  tRNA-Met  92 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0006  tRNA-Met  89.47 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4255  tRNA-Met  89.29 
 
 		 79 bp  63.9  0.000000005  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  1.1357e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0002  tRNA-Ile  86.11 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0062  tRNA-Met  89.29 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  decreased coverage  0.000650555  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0066  tRNA-Met  89.29 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.00279413  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0332  tRNA-Met  89.29 
 
 		 79 bp  63.9  0.000000005  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00000136063  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0028  tRNA-Met  89.29 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  unclonable  0.000000000000167131  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0065  tRNA-Met  89.29 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0370622  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0329  tRNA-Met  89.29 
 
 		 79 bp  63.9  0.000000005  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00000153412  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0031  tRNA-Met  89.29 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.240758  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0027  tRNA-Met  89.29 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.155792  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0035  tRNA-Met  89.29 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.0000293929  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0032  tRNA-Met  89.29 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000831848  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0026  tRNA-Met  90.38 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  0.0000000000000983992  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0061  tRNA-Met  89.29 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0156851  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4259  tRNA-Met  89.29 
 
 		 79 bp  63.9  0.000000005  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  1.0089e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0034  tRNA-Met  90.38 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000193112  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0031  tRNA-Met  89.29 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.0000375201  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0015  tRNA-Ile  86.11 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00038109  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_t13660  tRNA-Met  93.02 
 
 		 74 bp  61.9  0.00000002  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.0986692  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0001  tRNA-Ile  85.71 
 
 		 74 bp  60  0.00000008  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_00170  tRNA-Ile  85.71 
 
 		 74 bp  60  0.00000008  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_R0001  tRNA-Ile  85.14 
 
 		 74 bp  60  0.00000008  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0022  tRNA-Ile  85.51 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00808191  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0033  tRNA-Ile  85.51 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0776982  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0053  tRNA-Ile  85.51 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00143998  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0063  tRNA-Ile  85.51 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0802008  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_R0057  tRNA-Ile  87.72 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_R0081  tRNA-Ile  84.72 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0125  tRNA-Met  88.46 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000032683  normal  0.193684 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0128  tRNA-Met  88.46 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.00000000459259  normal  0.192833 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_R0008  tRNA-Met  88.46 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_R0052  tRNA-Met  88.46 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.106885  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_R0001  tRNA-Met  88.46 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5361  tRNA-Met  92.31 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.338891  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0062  tRNA-Ile  84.51 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0007  tRNA-Ile  84.51 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000177312  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60310  tRNA-Met  92.31 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_R0006  tRNA-Met  90.7 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.412994  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_61830  tRNA-Met  92.31 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.00000100063  hitchhiker  0.00456196 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0013  tRNA-Met  92.31 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0245889  normal  0.232589 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_tRNAMetVIMSS1309206  tRNA-Met  90.7 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.218177  hitchhiker  0.000283446 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_R0004  tRNA-Ile  83.78 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0654807  normal  0.562233 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_R0026  tRNA-Ile  86.21 
 
 		 74 bp  52  0.00002  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.0180152  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0011  tRNA-Ile  88 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0129022  hitchhiker  0.000473278 
 
 
-
 
NC_004347  SO_t003  tRNA-Ile  88 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t064  tRNA-Ile  88 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t096  tRNA-Ile  88 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0149  tRNA-Ile  88 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00584205  unclonable  0.0000000149917 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0098  tRNA-Ile  88 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.331727  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t009  tRNA-Ile  88 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.111936  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_R0007  tRNA-Ile  86.21 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  hitchhiker  0.00808178  normal  0.792486 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_R0042  tRNA-Ile  86.21 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  hitchhiker  0.00111432  normal  0.385328 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0025  tRNA-Ile  88 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0513291  unclonable  0.00000384252 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0093  tRNA-Ile  88 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.879368  normal  0.134634 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_R0007  tRNA-Ile  86.21 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0924996  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_R0036  tRNA-Ile  86.21 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.432918  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_R0052  tRNA-Ile  86.21 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0001  tRNA-Ile  89.13 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.522467  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_R0031  tRNA-Ile  86.21 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0007  tRNA-Ile  88 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000911687  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t042  tRNA-Ile  88 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0159624  hitchhiker  0.000000229903 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0117  tRNA-Ile  88 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000183962  hitchhiker  0.000210385 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t050  tRNA-Ile  88 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0331004  hitchhiker  0.0000227439 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0008  tRNA-Ile  88 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0770657  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0008  tRNA-Ile  88 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0289136  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0118  tRNA-Ile  88 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000845195  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0091  tRNA-Met  90.48 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.62007  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_R0054  tRNA-Ile  86.21 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.467793  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0175  tRNA-Ile  88 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0770081  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0036  tRNA-Ile  88 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0271306  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0067  tRNA-Ile  88 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000189357  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0008  tRNA-Ile  88 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000331872  normal  0.303515 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0072  tRNA-Ile  88 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0376486  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0008  tRNA-Ile  88 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.160787  hitchhiker  0.00984378 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0021  tRNA-Ile  88 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.0000203116  normal  0.0522769 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0072  tRNA-Ile  88 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00892637  normal  0.130437 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0005  tRNA-Ile  88 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000734395  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0062  tRNA-Ile  88 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00713608  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0127  tRNA-Ile  88 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000330359  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0008  tRNA-Ile  88 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00154963  normal  0.549393 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0070  tRNA-Ile  88 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000447214  normal  0.107395 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0135  tRNA-Ile  88 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000000335927  normal  0.0144188 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0157  tRNA-Ile  88 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.131945  hitchhiker  0.00000102805 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_R0001  tRNA-Ile  83.78 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.531061 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0081  tRNA-Ile  88 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000962065  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0160  tRNA-Ile  88 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0152441  normal  0.0451567 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0020  tRNA-Ile  88 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0504823  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>