More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_R0025 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011138  MADE_R0016  tRNA-Ile  100 
 
 
77 bp  153  7e-36  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.165023  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_R0054  tRNA-Ile  100 
 
 
77 bp  153  7e-36  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.00000202607  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0003  tRNA-Ile  100 
 
 
77 bp  153  7e-36  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00141383  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0010  tRNA-Ile  100 
 
 
77 bp  153  7e-36  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0680971  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0018  tRNA-Ile  100 
 
 
77 bp  153  7e-36  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0178227  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0025  tRNA-Ile  100 
 
 
77 bp  153  7e-36  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0236183  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0081  tRNA-Ile  100 
 
 
77 bp  153  7e-36  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.0000149599  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0045  tRNA-Ile  97.4 
 
 
77 bp  137  4e-31  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.0000457584  normal  0.0314224 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0035  tRNA-Ile  97.22 
 
 
77 bp  127  4.0000000000000003e-28  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1610  tRNA-Ile  97.22 
 
 
77 bp  127  4.0000000000000003e-28  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0002  tRNA-Ile  98.41 
 
 
77 bp  117  3.9999999999999997e-25  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.000811561  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0012  tRNA-Ile  98.41 
 
 
77 bp  117  3.9999999999999997e-25  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.00000226616  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0056  tRNA-Ile  98.41 
 
 
77 bp  117  3.9999999999999997e-25  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.00138336  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0078  tRNA-Ile  98.41 
 
 
77 bp  117  3.9999999999999997e-25  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.000000836991  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0086  tRNA-Ile  98.41 
 
 
77 bp  117  3.9999999999999997e-25  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.00068353  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0032  tRNA-Ile  94.44 
 
 
77 bp  111  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.0000276963  normal  0.450139 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0063  tRNA-Ile  94.44 
 
 
77 bp  111  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.000331537  normal  0.777832 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0059  tRNA-Ile  94.44 
 
 
77 bp  111  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000552358  normal  0.693628 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0010  tRNA-Ile  94.44 
 
 
77 bp  111  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.000315774  hitchhiker  0.000925503 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0022  tRNA-Ile  94.44 
 
 
77 bp  111  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000998833  hitchhiker  0.000594977 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0005  tRNA-Ile  94.44 
 
 
77 bp  111  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000179229  normal  0.648072 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0035  tRNA-Ile  94.44 
 
 
77 bp  111  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.000956793  normal  0.185983 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0073  tRNA-Ile  94.44 
 
 
77 bp  111  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.0000465984  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0081  tRNA-Ile  94.44 
 
 
77 bp  111  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.00202745  normal  0.185006 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0092  tRNA-Ile  94.44 
 
 
77 bp  111  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.0000368423  hitchhiker  0.00436649 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0055  tRNA-Ile  94.44 
 
 
77 bp  111  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.00629084  normal  0.290237 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0014  tRNA-Ile  94.44 
 
 
77 bp  111  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.00192391  hitchhiker  0.00313386 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0079  tRNA-Ile  94.44 
 
 
77 bp  111  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.000309524  normal  0.0982951 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0098  tRNA-Ile  94.44 
 
 
77 bp  111  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.000369381  normal  0.163162 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0009  tRNA-Ile  94.44 
 
 
77 bp  111  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0460221  hitchhiker  0.00205125 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0007  tRNA-Ile  94.44 
 
 
77 bp  111  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.00099613  hitchhiker  0.000158126 
 
 
-
 
NC_002947  PP_t09  tRNA-Ile  96.83 
 
 
74 bp  109  9.000000000000001e-23  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.630661  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_t48  tRNA-Ile  96.83 
 
 
74 bp  109  9.000000000000001e-23  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_t70  tRNA-Ile  96.83 
 
 
74 bp  109  9.000000000000001e-23  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.619158  hitchhiker  0.00932375 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_R0036  tRNA-Ile  96.72 
 
 
77 bp  105  1e-21  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.912426  normal  0.0318611 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60160  tRNA-Ile  95.24 
 
 
74 bp  101  2e-20  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  hitchhiker  0.000736838  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60000  tRNA-Ile  95.24 
 
 
74 bp  101  2e-20  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0181661  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60550  tRNA-Ile  95.24 
 
 
74 bp  101  2e-20  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  hitchhiker  0.000429447  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t03  tRNA-Ile  95.24 
 
 
77 bp  101  2e-20  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t09  tRNA-Ile  95.24 
 
 
77 bp  101  2e-20  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0116209  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t15  tRNA-Ile  95.24 
 
 
77 bp  101  2e-20  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.160114  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t42  tRNA-Ile  95.24 
 
 
77 bp  101  2e-20  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.158841  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t63  tRNA-Ile  95.24 
 
 
77 bp  101  2e-20  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.07883  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA14  tRNA-Ile  95.24 
 
 
77 bp  101  2e-20  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0900551  normal  0.0100999 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA5  tRNA-Ile  95.24 
 
 
77 bp  101  2e-20  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0174877  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA51  tRNA-Ile  95.24 
 
 
77 bp  101  2e-20  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.000929539  normal  0.303665 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA73  tRNA-Ile  95.24 
 
 
77 bp  101  2e-20  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.00020083  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA82  tRNA-Ile  95.24 
 
 
77 bp  101  2e-20  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.000191187  normal  0.0192687 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R13  tRNA-Ile  95.24 
 
 
77 bp  101  2e-20  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000158888  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R2  tRNA-Ile  95.24 
 
 
77 bp  101  2e-20  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00567165  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R42  tRNA-Ile  95.24 
 
 
77 bp  101  2e-20  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000533032  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R59  tRNA-Ile  95.24 
 
 
77 bp  101  2e-20  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000380652  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R80  tRNA-Ile  95.24 
 
 
77 bp  101  2e-20  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000887019  hitchhiker  0.00768268 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R93  tRNA-Ile  95.24 
 
 
77 bp  101  2e-20  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000022565  normal  0.756494 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4845  tRNA-Ile  95.24 
 
 
79 bp  101  2e-20  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0555625  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0812  tRNA-Ile  95.24 
 
 
79 bp  101  2e-20  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.460941  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60090  tRNA-Ile  95.24 
 
 
74 bp  101  2e-20  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.270982  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5402  tRNA-Ile  95.24 
 
 
79 bp  101  2e-20  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0831781  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6152  tRNA-Ile  95.24 
 
 
79 bp  101  2e-20  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0718757  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_08580  tRNA-Ile  95.24 
 
 
74 bp  101  2e-20  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000150356 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_55635  tRNA-Ile  95.24 
 
 
74 bp  101  2e-20  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.269622 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_62080  tRNA-Ile  95.24 
 
 
74 bp  101  2e-20  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.0500428 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_70900  tRNA-Ile  95.24 
 
 
74 bp  101  2e-20  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.335626 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60380  tRNA-Ile  95.24 
 
 
74 bp  101  2e-20  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0553441  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60340  tRNA-Ile  95.24 
 
 
74 bp  101  2e-20  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0530046  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00061  tRNA-Ile  95.16 
 
 
77 bp  99.6  9e-20  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0509967  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00071  tRNA-Ile  95.16 
 
 
77 bp  99.6  9e-20  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0100739  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0004  tRNA-Ile  95.16 
 
 
77 bp  99.6  9e-20  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00111877  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0077  tRNA-Ile  95.16 
 
 
77 bp  99.6  9e-20  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000248576  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0102  tRNA-Ile  95.16 
 
 
77 bp  99.6  9e-20  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00845186  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4462  tRNA-Ile  95.16 
 
 
77 bp  99.6  9e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0397855  hitchhiker  0.000732879 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4539  tRNA-Ile  95.16 
 
 
77 bp  99.6  9e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.00250858  hitchhiker  0.00000000000409662 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5077  tRNA-Ile  95.16 
 
 
77 bp  99.6  9e-20  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000584569  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0016  tRNA-Ile  95.16 
 
 
77 bp  99.6  9e-20  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00171399  hitchhiker  0.0041284 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5004  tRNA-Ile  95.16 
 
 
77 bp  99.6  9e-20  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000000283414  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0196  tRNA-Ile  95.16 
 
 
77 bp  99.6  9e-20  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.0000185404  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4315  tRNA-Ile  95.16 
 
 
77 bp  99.6  9e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0699439  normal  0.201928 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0085  tRNA-Ile  95.16 
 
 
77 bp  99.6  9e-20  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0425046  normal  0.137972 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0103  tRNA-Ile  95.16 
 
 
77 bp  99.6  9e-20  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.00507683  decreased coverage  0.00339417 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4600  tRNA-Ile  95.16 
 
 
77 bp  99.6  9e-20  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0000666504  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4375  tRNA-Ile  95.16 
 
 
77 bp  99.6  9e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.120949  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0213  tRNA-Ile  95.16 
 
 
77 bp  99.6  9e-20  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000151155  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0273  tRNA-Ile  95.16 
 
 
77 bp  99.6  9e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.0036281  normal  0.436112 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4219  tRNA-Ile  95.16 
 
 
77 bp  99.6  9e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00450756  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4344  tRNA-Ile  95.16 
 
 
77 bp  99.6  9e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0232585  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0214  tRNA-Ile  95.16 
 
 
77 bp  99.6  9e-20  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00923178  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4458  tRNA-Ile  95.16 
 
 
77 bp  99.6  9e-20  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000985365  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4123  tRNA-Ile  95.16 
 
 
77 bp  99.6  9e-20  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000000989752  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4268  tRNA-Ile  95.16 
 
 
77 bp  99.6  9e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.00604993  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0289  tRNA-Ile  95.16 
 
 
77 bp  99.6  9e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0256101  normal  0.468385 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0278  tRNA-Ile  95.16 
 
 
77 bp  99.6  9e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.00714159  normal  0.415657 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0092  tRNA-Ile  95.16 
 
 
77 bp  99.6  9e-20  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.00539323  decreased coverage  0.00141538 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5092  tRNA-Ile  95.16 
 
 
77 bp  99.6  9e-20  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000000866499  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4704  tRNA-Ile  95.16 
 
 
77 bp  99.6  9e-20  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000000142472  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4641  tRNA-Ile  95.16 
 
 
77 bp  99.6  9e-20  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000032657  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4714  tRNA-Ile  95.16 
 
 
77 bp  99.6  9e-20  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000000504108  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0020  tRNA-Ile  95.16 
 
 
77 bp  99.6  9e-20  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.00394718  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4375  tRNA-Ile  95.16 
 
 
77 bp  99.6  9e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000000507491  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0273  tRNA-Ile  95.16 
 
 
77 bp  99.6  9e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.124539  normal  0.840677 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0292  tRNA-Ile  95.16 
 
 
77 bp  99.6  9e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0000120643  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>