203 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swoo_R0125 on replicon NC_010506
Organism: Shewanella woodyi ATCC 51908



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010506  Swoo_R0125  tRNA-Met  100 
 
 
77 bp  153  7e-36  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000032683  normal  0.193684 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0128  tRNA-Met  100 
 
 
77 bp  153  7e-36  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.00000000459259  normal  0.192833 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0026  tRNA-Met  98.7 
 
 
77 bp  145  2e-33  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  0.0000000000000983992  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0034  tRNA-Met  98.7 
 
 
77 bp  145  2e-33  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000193112  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0134  tRNA-Met  97.4 
 
 
77 bp  137  4e-31  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.00000000283847  normal  0.273117 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0131  tRNA-Met  97.4 
 
 
77 bp  137  4e-31  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.0000000542069  normal  0.386091 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0116  tRNA-Met  96.1 
 
 
77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000000126363  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t014  tRNA-Met  96.1 
 
 
77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t018  tRNA-Met  96.1 
 
 
77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0129  tRNA-Met  96.1 
 
 
77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.00000000830942  hitchhiker  0.000497336 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0153  tRNA-Met  96.1 
 
 
77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.0000000000229594  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0030  tRNA-Met  96.1 
 
 
77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000378723  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0159  tRNA-Met  96.1 
 
 
77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.0000000000201379  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0156  tRNA-Met  96.1 
 
 
77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.0000000000253856  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0120  tRNA-Met  96.1 
 
 
77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000849976  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0032  tRNA-Met  96.1 
 
 
77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.00000000017089  normal  0.142093 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0036  tRNA-Met  96.1 
 
 
77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000524362  normal  0.145466 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0033  tRNA-Met  96.1 
 
 
77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.000000181749  normal  0.113479 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0037  tRNA-Met  96.1 
 
 
77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.000667787  normal  0.114256 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0038  tRNA-Met  96.1 
 
 
77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000161182  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0031  tRNA-Met  96.1 
 
 
77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.000000000967357  normal  0.0254093 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0035  tRNA-Met  96.1 
 
 
77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00000026454  normal  0.0264572 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0125  tRNA-Met  96.1 
 
 
77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000214753  hitchhiker  0.00047099 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0108  tRNA-Met  96.1 
 
 
77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000000000925479  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0112  tRNA-Met  96.1 
 
 
77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.0000000000385548  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0101  tRNA-Met  96.1 
 
 
77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00000000109758  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0105  tRNA-Met  96.1 
 
 
77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.0000000000402123  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t013  tRNA-Met  96.05 
 
 
77 bp  127  4.0000000000000003e-28  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.0000000114065  hitchhiker  0.000000000483497 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t108  tRNA-Met  96.05 
 
 
77 bp  127  4.0000000000000003e-28  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.00000000118343  hitchhiker  0.00000000052642 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0106  tRNA-Met  95.71 
 
 
77 bp  115  2.0000000000000002e-24  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.000000000245591  normal  0.103844 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0096  tRNA-Met  95.71 
 
 
77 bp  115  2.0000000000000002e-24  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000000771704  normal  0.141608 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0100  tRNA-Met  95.71 
 
 
77 bp  115  2.0000000000000002e-24  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.00000000240677  normal  0.14602 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0102  tRNA-Met  98.31 
 
 
77 bp  109  9.000000000000001e-23  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000000510016  normal  0.102262 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0066  tRNA-Met  96 
 
 
77 bp  83.8  0.000000000000005  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.00279413  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0332  tRNA-Met  96 
 
 
79 bp  83.8  0.000000000000005  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00000136063  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4259  tRNA-Met  96 
 
 
79 bp  83.8  0.000000000000005  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  1.0089e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0035  tRNA-Met  96 
 
 
77 bp  83.8  0.000000000000005  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.0000293929  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0032  tRNA-Met  96 
 
 
77 bp  83.8  0.000000000000005  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000831848  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0329  tRNA-Met  96 
 
 
79 bp  83.8  0.000000000000005  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00000153412  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4255  tRNA-Met  96 
 
 
79 bp  83.8  0.000000000000005  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  1.1357e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0061  tRNA-Met  96 
 
 
77 bp  83.8  0.000000000000005  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0156851  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0028  tRNA-Met  96 
 
 
77 bp  83.8  0.000000000000005  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  unclonable  0.000000000000167131  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0027  tRNA-Met  96 
 
 
77 bp  83.8  0.000000000000005  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.155792  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0062  tRNA-Met  96 
 
 
77 bp  83.8  0.000000000000005  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  decreased coverage  0.000650555  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0031  tRNA-Met  96 
 
 
77 bp  83.8  0.000000000000005  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.240758  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0031  tRNA-Met  96 
 
 
77 bp  83.8  0.000000000000005  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.0000375201  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0065  tRNA-Met  96 
 
 
77 bp  83.8  0.000000000000005  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0370622  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0023  tRNA-Met  92.98 
 
 
77 bp  81.8  0.00000000000002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_R0051  tRNA-Met  91.67 
 
 
77 bp  79.8  0.00000000000008  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.105728  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_R0046  tRNA-Met  91.67 
 
 
77 bp  79.8  0.00000000000008  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.503333  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_R0006  tRNA-Met  91.53 
 
 
77 bp  77.8  0.0000000000003  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.0111825  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_R0035  tRNA-Met  91.53 
 
 
77 bp  77.8  0.0000000000003  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_t17  tRNA-Met  91.38 
 
 
74 bp  75.8  0.000000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.16035  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t17  tRNA-Met  91.38 
 
 
77 bp  75.8  0.000000000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.138148  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA18  tRNA-Met  91.38 
 
 
77 bp  75.8  0.000000000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.422049  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0048  tRNA-Met  91.38 
 
 
77 bp  75.8  0.000000000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.0000017739  normal  0.0157813 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R76  tRNA-Met  91.38 
 
 
77 bp  75.8  0.000000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.121192  normal  0.202196 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3154t  tRNA-Met  91.38 
 
 
74 bp  75.8  0.000000000001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  unclonable  0.00000967763  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0044  tRNA-Met  91.38 
 
 
77 bp  75.8  0.000000000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.0000282394  normal  0.033686 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0091  tRNA-Met  91.38 
 
 
77 bp  75.8  0.000000000001  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.62007  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0028  tRNA-Met  91.38 
 
 
77 bp  75.8  0.000000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.93116  normal  0.348854 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0032  tRNA-Met  91.38 
 
 
77 bp  75.8  0.000000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.759333 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0071  tRNA-Met  91.38 
 
 
77 bp  75.8  0.000000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0049  tRNA-Met  90.16 
 
 
77 bp  73.8  0.000000000005  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  decreased coverage  0.00205425  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0044  tRNA-Met  91.07 
 
 
77 bp  71.9  0.00000000002  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0044  tRNA-Met  91.07 
 
 
77 bp  71.9  0.00000000002  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna1  tRNA-Met  91.07 
 
 
77 bp  71.9  0.00000000002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0077  tRNA-Met  91.07 
 
 
77 bp  71.9  0.00000000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.171478  normal 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_t13660  tRNA-Met  95.35 
 
 
74 bp  69.9  0.00000000008  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.0986692  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60310  tRNA-Met  89.83 
 
 
74 bp  69.9  0.00000000008  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3562  tRNA-Met  89.83 
 
 
77 bp  69.9  0.00000000008  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.820141  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3567  tRNA-Met  89.83 
 
 
77 bp  69.9  0.00000000008  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_tRNAMetVIMSS1309376  tRNA-Met  95.35 
 
 
74 bp  69.9  0.00000000008  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.515104  hitchhiker  0.0000016198 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5361  tRNA-Met  89.83 
 
 
77 bp  69.9  0.00000000008  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.338891  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_R0008  tRNA-Met  89.83 
 
 
77 bp  69.9  0.00000000008  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_61830  tRNA-Met  89.83 
 
 
74 bp  69.9  0.00000000008  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.00000100063  hitchhiker  0.00456196 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0018  tRNA-Met  95.35 
 
 
77 bp  69.9  0.00000000008  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.000031299  normal  0.0565346 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0052  tRNA-Met  95.35 
 
 
77 bp  69.9  0.00000000008  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.526652  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0013  tRNA-Met  89.83 
 
 
77 bp  69.9  0.00000000008  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0245889  normal  0.232589 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna135  tRNA-Met  92 
 
 
77 bp  67.9  0.0000000003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.00000000774984  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01240  tRNA-Met  92 
 
 
74 bp  67.9  0.0000000003  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01243  tRNA-Met  92 
 
 
74 bp  67.9  0.0000000003  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna143  tRNA-Met  92 
 
 
77 bp  67.9  0.0000000003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.00000000903927  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01238  tRNA-Met  92 
 
 
74 bp  67.9  0.0000000003  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3149t  tRNA-Met  89.66 
 
 
74 bp  67.9  0.0000000003  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  unclonable  0.00000767874  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna132  tRNA-Met  92 
 
 
77 bp  67.9  0.0000000003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.00000000790983  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna147  tRNA-Met  92 
 
 
77 bp  67.9  0.0000000003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.00000000833162  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_R0001  tRNA-Met  89.66 
 
 
77 bp  67.9  0.0000000003  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1767  tRNA-Met  89.66 
 
 
77 bp  67.9  0.0000000003  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000143929  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0016  tRNA-Met  89.47 
 
 
77 bp  65.9  0.000000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0069  tRNA-Met  90.57 
 
 
77 bp  65.9  0.000000001  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.439816  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0074  tRNA-Met  90.57 
 
 
77 bp  65.9  0.000000001  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.135637  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0002  tRNA-Met  89.29 
 
 
77 bp  63.9  0.000000005  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A2045  tRNA-Met  89.29 
 
 
79 bp  63.9  0.000000005  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_R0052  tRNA-Met  95 
 
 
77 bp  63.9  0.000000005  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.106885  normal 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0074  tRNA-Met  89.29 
 
 
74 bp  63.9  0.000000005  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_R0006  tRNA-Met  93.02 
 
 
74 bp  61.9  0.00000002  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.412994  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0050  tRNA-Met  93.02 
 
 
77 bp  61.9  0.00000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00180994 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_R0018  tRNA-Met  93.02 
 
 
74 bp  61.9  0.00000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.144719  normal  0.0381447 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_tRNAMetVIMSS1309206  tRNA-Met  93.02 
 
 
74 bp  61.9  0.00000002  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.218177  hitchhiker  0.000283446 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>