274 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ajs_R0046 on replicon NC_008782
Organism: Acidovorax sp. JS42



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011992  Dtpsy_R0051  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.105728  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_R0046  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.503333  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5361  tRNA-Met  98.36 
 
 		 77 bp  113  6e-24  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.338891  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0013  tRNA-Met  98.36 
 
 		 77 bp  113  6e-24  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0245889  normal  0.232589 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60310  tRNA-Met  98.36 
 
 		 74 bp  113  6e-24  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_61830  tRNA-Met  98.36 
 
 		 74 bp  113  6e-24  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.00000100063  hitchhiker  0.00456196 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_R0001  tRNA-Met  92.21 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_R0008  tRNA-Met  93.65 
 
 		 77 bp  93.7  6e-18  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_R0052  tRNA-Met  97.96 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.106885  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0128  tRNA-Met  91.67 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.00000000459259  normal  0.192833 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0125  tRNA-Met  91.67 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000032683  normal  0.193684 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0134  tRNA-Met  91.38 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.00000000283847  normal  0.273117 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0091  tRNA-Met  91.38 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.62007  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0131  tRNA-Met  91.38 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.0000000542069  normal  0.386091 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0026  tRNA-Met  90 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  0.0000000000000983992  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0034  tRNA-Met  90 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000193112  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0028  tRNA-Met  89.66 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.93116  normal  0.348854 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0100  tRNA-Met  89.66 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.00000000240677  normal  0.14602 
 
 
-
 
NC_002947  PP_t17  tRNA-Met  89.66 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.16035  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0153  tRNA-Met  89.66 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.0000000000229594  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t014  tRNA-Met  89.66 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t018  tRNA-Met  89.66 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0032  tRNA-Met  89.66 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.759333 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t17  tRNA-Met  89.66 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.138148  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t108  tRNA-Met  89.66 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.00000000118343  hitchhiker  0.00000000052642 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0071  tRNA-Met  89.66 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA18  tRNA-Met  89.66 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.422049  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0112  tRNA-Met  89.66 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.0000000000385548  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0101  tRNA-Met  89.66 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00000000109758  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0120  tRNA-Met  89.66 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000849976  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0156  tRNA-Met  89.66 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.0000000000253856  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0159  tRNA-Met  89.66 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.0000000000201379  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0096  tRNA-Met  89.66 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000000771704  normal  0.141608 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R76  tRNA-Met  89.66 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.121192  normal  0.202196 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t013  tRNA-Met  89.66 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.0000000114065  hitchhiker  0.000000000483497 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0030  tRNA-Met  89.66 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000378723  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0108  tRNA-Met  89.66 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000000000925479  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0105  tRNA-Met  89.66 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.0000000000402123  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_t13660  tRNA-Met  97.37 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.0986692  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0116  tRNA-Met  89.66 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000000126363  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0032  tRNA-Met  89.66 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.00000000017089  normal  0.142093 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0036  tRNA-Met  89.66 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000524362  normal  0.145466 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0033  tRNA-Met  89.66 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.000000181749  normal  0.113479 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0037  tRNA-Met  89.66 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.000667787  normal  0.114256 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0038  tRNA-Met  89.66 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000161182  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0031  tRNA-Met  89.66 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.000000000967357  normal  0.0254093 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0035  tRNA-Met  89.66 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00000026454  normal  0.0264572 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0129  tRNA-Met  89.66 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.00000000830942  hitchhiker  0.000497336 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0102  tRNA-Met  89.66 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000000510016  normal  0.102262 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0106  tRNA-Met  89.66 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.000000000245591  normal  0.103844 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0125  tRNA-Met  89.66 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000214753  hitchhiker  0.00047099 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3562  tRNA-Met  88.52 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.820141  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3567  tRNA-Met  88.52 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_R0035  tRNA-Met  94.87 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_R0010  tRNA-Met  87.93 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0006  tRNA-Met  94.74 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0050  tRNA-Met  94.74 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00180994 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_R0018  tRNA-Met  94.74 
 
 		 74 bp  60  0.00000008  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.144719  normal  0.0381447 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_R0006  tRNA-Met  86.89 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.0111825  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0052  tRNA-Met  94.59 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.526652  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0002  tRNA-Met  87.5 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0074  tRNA-Met  87.5 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A2045  tRNA-Met  87.5 
 
 		 79 bp  56  0.000001  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0061  tRNA-Met  88 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0156851  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_tRNAMetVIMSS1309376  tRNA-Met  92.11 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.515104  hitchhiker  0.0000016198 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0031  tRNA-Met  88 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.0000375201  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0065  tRNA-Met  88 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0370622  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4255  tRNA-Met  88 
 
 		 79 bp  52  0.00002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  1.1357e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0031  tRNA-Met  88 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.240758  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4259  tRNA-Met  88 
 
 		 79 bp  52  0.00002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  1.0089e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0332  tRNA-Met  88 
 
 		 79 bp  52  0.00002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00000136063  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0329  tRNA-Met  88 
 
 		 79 bp  52  0.00002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00000153412  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0032  tRNA-Met  88 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000831848  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1767  tRNA-Met  86.21 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000143929  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0027  tRNA-Met  88 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.155792  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0035  tRNA-Met  88 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.0000293929  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0066  tRNA-Met  88 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.00279413  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0062  tRNA-Met  88 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  decreased coverage  0.000650555  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0028  tRNA-Met  88 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  unclonable  0.000000000000167131  n/a   
 
 
-
 
NC_002620  tRNA-Ile-1  tRNA-Ile  85.96 
 
 		 74 bp  50.1  0.00008  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PGt47  tRNA-Met  86.79 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0033  tRNA-His  100 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.184442  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_R0001  tRNA-Ile  84.62 
 
 		 74 bp  50.1  0.00008  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.0441602 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_R0040  tRNA-Met  85.96 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.138957  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_t22  tRNA-Met  93.94 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_R0008  tRNA-Ile  100 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.135162  normal  0.696922 
 
 
-
 
NC_002936  DET_tRNA-Val-2  tRNA-Val  100 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  hitchhiker  0.0000334583  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_R0001  tRNA-Ile  90 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.560835  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_R0043  tRNA-Met  93.75 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.16192 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_R0033  tRNA-Met  93.75 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.0263488  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_R0042  tRNA-Met  93.75 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.309663  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0019  tRNA-Val  100 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.941577  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_R0012  tRNA-Val  100 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.0000513005  hitchhiker  0.00749206 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_R0017  tRNA-Met  93.75 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_R0029  tRNA-Met  93.75 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_R0039  tRNA-Met  93.75 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_R0009  tRNA-Ile  100 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.389462  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_t0037  tRNA-Ile  85.71 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_t0181  tRNA-Ile  85.71 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  hitchhiker  0.00212444  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0033  tRNA-Ile  100 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.000392062  normal  0.115132 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>