130 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Phep_R0043 on replicon NC_013061
Organism: Pedobacter heparinus DSM 2366



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013061  Phep_R0043  tRNA-Met  100 
 
 
74 bp  147  4.0000000000000006e-34  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.16192 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_R0006  tRNA-Met  97.3 
 
 
74 bp  131  2.0000000000000002e-29  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.556154 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_R0011  tRNA-Met  97.3 
 
 
77 bp  131  2.0000000000000002e-29  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  unclonable  0.0000000000297005  normal  0.027771 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_R0010  tRNA-Met  95.92 
 
 
77 bp  81.8  0.00000000000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_R0015  tRNA-Met  94.12 
 
 
74 bp  77.8  0.0000000000003  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_R0036  tRNA-Met  94.12 
 
 
74 bp  77.8  0.0000000000003  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.756842  normal  0.078862 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0013  tRNA-Met  91.38 
 
 
77 bp  75.8  0.000000000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_R0017  tRNA-Met  95.56 
 
 
77 bp  73.8  0.000000000005  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_tMet02  tRNA-Met  93.88 
 
 
80 bp  73.8  0.000000000005  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  hitchhiker  0.00802735  normal  0.195828 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_R0034  tRNA-Met  95.56 
 
 
74 bp  73.8  0.000000000005  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.62589  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_R0045  tRNA-Met  93.88 
 
 
77 bp  73.8  0.000000000005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_R0033  tRNA-Met  95.56 
 
 
77 bp  73.8  0.000000000005  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.0263488  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_R0042  tRNA-Met  95.56 
 
 
74 bp  73.8  0.000000000005  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.309663  normal 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_R0039  tRNA-Met  95.56 
 
 
74 bp  73.8  0.000000000005  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_R0029  tRNA-Met  95.56 
 
 
77 bp  73.8  0.000000000005  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0076  tRNA-Met  89.83 
 
 
77 bp  69.9  0.00000000008  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0875686  normal  0.0411055 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_t22  tRNA-Met  95.35 
 
 
77 bp  69.9  0.00000000008  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0018  tRNA-Met  89.47 
 
 
77 bp  65.9  0.000000001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.000031299  normal  0.0565346 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_t13660  tRNA-Met  90.38 
 
 
74 bp  63.9  0.000000005  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.0986692  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_R0001  tRNA-Met  88.33 
 
 
74 bp  63.9  0.000000005  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_R0018  tRNA-Met  89.09 
 
 
74 bp  61.9  0.00000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.144719  normal  0.0381447 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0003  tRNA-Met  90.2 
 
 
77 bp  61.9  0.00000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.128696  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0009  tRNA-Met  88.89 
 
 
77 bp  60  0.00000007  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.101954  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_R0049  tRNA-Met  90 
 
 
77 bp  60  0.00000007  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.0228111 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4573  tRNA-Met  87.72 
 
 
77 bp  58  0.0000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_21210  tRNA-Met  89.8 
 
 
74 bp  58  0.0000003  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0050  tRNA-Met  88.46 
 
 
77 bp  56  0.000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00180994 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0023  tRNA-Met  90.91 
 
 
77 bp  56  0.000001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_tRNAMetVIMSS1309261  tRNA-Met  88.46 
 
 
74 bp  56  0.000001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.0992753 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_R0008  tRNA-Met  88.24 
 
 
77 bp  54  0.000005  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0050  tRNA-Met  88.24 
 
 
77 bp  54  0.000005  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0015  tRNA-Met  88.24 
 
 
77 bp  54  0.000005  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.329575  decreased coverage  0.00000481165 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0065  tRNA-Met  88.24 
 
 
77 bp  54  0.000005  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_R0008  tRNA-Met  88.24 
 
 
74 bp  54  0.000005  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.143037  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_17540  tRNA-Met  88.24 
 
 
74 bp  54  0.000005  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.164886  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_R0055  tRNA-Met  88.24 
 
 
74 bp  54  0.000005  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.0104012 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_R0057  tRNA-Met  88.24 
 
 
77 bp  54  0.000005  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0200182  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_R0007  tRNA-Met  88.24 
 
 
74 bp  54  0.000005  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_R0011  tRNA-Met  88.24 
 
 
74 bp  54  0.000005  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.519438 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_R0007  tRNA-Met  88.24 
 
 
74 bp  54  0.000005  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_R0053  tRNA-Met  88.24 
 
 
74 bp  54  0.000005  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA14  tRNA-Met  88.24 
 
 
77 bp  54  0.000005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.839312 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0016  tRNA-Met  88.24 
 
 
77 bp  54  0.000005  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PGt47  tRNA-Met  90.48 
 
 
77 bp  52  0.00002  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Met-1  tRNA-Met  87.04 
 
 
77 bp  52  0.00002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.526696  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_R0015  tRNA-Met  88 
 
 
74 bp  52  0.00002  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.099209  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_R0056  tRNA-Met  90.48 
 
 
77 bp  52  0.00002  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.764712  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0010  tRNA-Met  88 
 
 
77 bp  52  0.00002  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.678705 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6046  tRNA-Met  88 
 
 
77 bp  52  0.00002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.474372  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0045  tRNA-Met  88 
 
 
77 bp  52  0.00002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  hitchhiker  0.00121636  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_R0016  tRNA-Met  88 
 
 
77 bp  52  0.00002  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.657071  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE_tRNA-Met-3  tRNA-Met  86.79 
 
 
77 bp  50.1  0.00007  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.36527  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0005  tRNA-Ile  86.79 
 
 
77 bp  50.1  0.00007  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0019  tRNA-Ile  86.79 
 
 
77 bp  50.1  0.00007  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0045  tRNA-Ile  86.79 
 
 
77 bp  50.1  0.00007  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.165882  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0063  tRNA-Ile  86.79 
 
 
77 bp  50.1  0.00007  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1764  tRNA-Met  86.79 
 
 
77 bp  50.1  0.00007  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.366542  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0040  tRNA-Ile  86.79 
 
 
77 bp  50.1  0.00007  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.111959 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0049  tRNA-Ile  86.79 
 
 
77 bp  50.1  0.00007  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.495986 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0055  tRNA-Ile  86.79 
 
 
77 bp  50.1  0.00007  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_2088  tRNA-Met  86.79 
 
 
77 bp  50.1  0.00007  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.475154  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR_t29  tRNA-His  96.43 
 
 
74 bp  48.1  0.0003  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.158046  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_R0008  tRNA-Met  93.75 
 
 
77 bp  48.1  0.0003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0004  tRNA-His  96.43 
 
 
77 bp  48.1  0.0003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0477942  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_R0052  tRNA-Met  93.75 
 
 
77 bp  48.1  0.0003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.106885  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_R0046  tRNA-Met  93.75 
 
 
77 bp  48.1  0.0003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.503333  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_R0001  tRNA-Met  93.75 
 
 
77 bp  48.1  0.0003  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0429  tRNA-Ile  88.64 
 
 
77 bp  48.1  0.0003  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  normal  0.080269  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1548  tRNA-His  96.43 
 
 
77 bp  48.1  0.0003  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_R0065  tRNA-His  96.43 
 
 
77 bp  48.1  0.0003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.22158  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1560  tRNA-Met  86.54 
 
 
79 bp  48.1  0.0003  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  0.443408  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_2248  tRNA-Met  86.54 
 
 
77 bp  48.1  0.0003  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_2225  tRNA-Met  86.54 
 
 
79 bp  48.1  0.0003  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.357259  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_21420  tRNA-Met  87.5 
 
 
77 bp  48.1  0.0003  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  hitchhiker  0.0000610932  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_R0051  tRNA-Met  93.75 
 
 
77 bp  48.1  0.0003  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.105728  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_R0040  tRNA-Ile  85.71 
 
 
74 bp  48.1  0.0003  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006055  Mflt022  tRNA-Met  96.3 
 
 
77 bp  46.1  0.001  Mesoplasma florum L1  Bacteria  decreased coverage  0.000116471  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0011  tRNA-Met  88.37 
 
 
77 bp  46.1  0.001  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007633  MCAP_0743  tRNA-Met  96.3 
 
 
77 bp  46.1  0.001  Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0004  tRNA-Met  89.74 
 
 
77 bp  46.1  0.001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0012  tRNA-Met  88.37 
 
 
77 bp  46.1  0.001  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal  0.0594499 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_R0036  tRNA-Ile  86.27 
 
 
77 bp  46.1  0.001  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.912426  normal  0.0318611 
 
 
-
 
NC_008532  STER_t0038  tRNA-Ile  100 
 
 
74 bp  46.1  0.001  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_t0085  tRNA-Ile  100 
 
 
74 bp  46.1  0.001  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0011  tRNA-Met  88.37 
 
 
77 bp  46.1  0.001  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.00653203  hitchhiker  0.000515394 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0007  tRNA-Ile  100 
 
 
77 bp  46.1  0.001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.367995  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0019  tRNA-Ile  100 
 
 
77 bp  46.1  0.001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.522587  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0002  tRNA-Met  89.74 
 
 
77 bp  46.1  0.001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0003  tRNA-Met  89.74 
 
 
77 bp  46.1  0.001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0503535  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0002  tRNA-Met  89.74 
 
 
77 bp  46.1  0.001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.325318  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RS05587  tRNA-Thr  100 
 
 
75 bp  44.1  0.004  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.000149657  normal  0.0701364 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0056  tRNA-Thr  100 
 
 
75 bp  44.1  0.004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0111608  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_BR0069  tRNA-Thr  100 
 
 
75 bp  44.1  0.004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  decreased coverage  0.00993164  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0022  tRNA-Thr  100 
 
 
72 bp  44.1  0.004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.000000000327134  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3085  tRNA-Thr  100 
 
 
75 bp  44.1  0.004  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.0000338041  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0013  tRNA-Thr  100 
 
 
75 bp  44.1  0.004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  decreased coverage  0.000000441208  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_R0014  tRNA-Met  96.15 
 
 
74 bp  44.1  0.004  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0467162  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0018  tRNA-Ala  100 
 
 
76 bp  44.1  0.004  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  hitchhiker  0.0000122806  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0057  tRNA-Ala  100 
 
 
76 bp  44.1  0.004  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0125445  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3187  tRNA-Thr  100 
 
 
75 bp  44.1  0.004  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  hitchhiker  0.0000488058  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>