48 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dfer_R0006 on replicon NC_013037
Organism: Dyadobacter fermentans DSM 18053



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013730  Slin_R0011  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  147  4.0000000000000006e-34  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  unclonable  0.0000000000297005  normal  0.027771 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_R0006  tRNA-Met  100 
 
 		 74 bp  147  4.0000000000000006e-34  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.556154 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_R0043  tRNA-Met  97.3 
 
 		 74 bp  131  2.0000000000000002e-29  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.16192 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_R0001  tRNA-Met  91.67 
 
 		 74 bp  79.8  0.00000000000008  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0013  tRNA-Met  91.38 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4573  tRNA-Met  91.23 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_tRNAMetVIMSS1309261  tRNA-Met  92.31 
 
 		 74 bp  71.9  0.00000000002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.0992753 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0076  tRNA-Met  89.83 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0875686  normal  0.0411055 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_R0010  tRNA-Met  91.84 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_R0056  tRNA-Met  91.84 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.764712  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_R0015  tRNA-Met  90.2 
 
 		 74 bp  61.9  0.00000002  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_R0036  tRNA-Met  90.2 
 
 		 74 bp  61.9  0.00000002  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.756842  normal  0.078862 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0009  tRNA-Met  88.89 
 
 		 77 bp  60  0.00000007  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.101954  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_R0039  tRNA-Met  91.11 
 
 		 74 bp  58  0.0000003  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_R0045  tRNA-Met  89.8 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_R0029  tRNA-Met  91.11 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_R0033  tRNA-Met  91.11 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.0263488  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_R0042  tRNA-Met  91.11 
 
 		 74 bp  58  0.0000003  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.309663  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_R0034  tRNA-Met  91.11 
 
 		 74 bp  58  0.0000003  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.62589  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_tMet02  tRNA-Met  89.8 
 
 		 80 bp  58  0.0000003  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  hitchhiker  0.00802735  normal  0.195828 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_R0017  tRNA-Met  91.11 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_t22  tRNA-Met  90.7 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0045  tRNA-Met  90.48 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  hitchhiker  0.00121636  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Met-1  tRNA-Met  87.04 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.526696  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0018  tRNA-Met  85.96 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.000031299  normal  0.0565346 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_t0048  tRNA-Met  87.76 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1362  tRNA-Met  87.76 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_t13660  tRNA-Met  86.54 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.0986692  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_R0018  tRNA-Met  86.54 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  hitchhiker  0.000793329  hitchhiker  0.000000622773 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_R0019  tRNA-Met  86.54 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006055  Mflt022  tRNA-Met  96.43 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Mesoplasma florum L1  Bacteria  decreased coverage  0.000116471  n/a   
 
 
-
 
NC_007633  MCAP_0743  tRNA-Met  96.43 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0002  tRNA-Met  89.74 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.325318  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_R0018  tRNA-Met  85.45 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.144719  normal  0.0381447 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_21210  tRNA-Met  96.3 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0003  tRNA-Met  86.27 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.128696  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_R0049  tRNA-Met  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.0228111 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0002  tRNA-Met  89.74 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0004  tRNA-Met  89.74 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0003  tRNA-Met  89.74 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0503535  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA14  tRNA-Met  96.15 
 
 		 77 bp  44.1  0.004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.839312 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_R0014  tRNA-Met  96.15 
 
 		 74 bp  44.1  0.004  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0467162  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_R0028  tRNA-Met  88.1 
 
 		 74 bp  44.1  0.004  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.822352  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0065  tRNA-Met  96.15 
 
 		 77 bp  44.1  0.004  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_R0026  tRNA-Met  88.1 
 
 		 74 bp  44.1  0.004  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000286775 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0015  tRNA-Met  96.15 
 
 		 77 bp  44.1  0.004  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.329575  decreased coverage  0.00000481165 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0050  tRNA-Met  96.15 
 
 		 77 bp  44.1  0.004  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0016  tRNA-Met  96.15 
 
 		 77 bp  44.1  0.004  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>