249 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BR_t29 on replicon NC_004310
Organism: Brucella suis 1330



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004310  BR_t29  tRNA-His  100 
 
 		 74 bp  147  4.0000000000000006e-34  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.158046  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1548  tRNA-His  100 
 
 		 77 bp  147  4.0000000000000006e-34  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_R0065  tRNA-His  100 
 
 		 77 bp  147  4.0000000000000006e-34  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.22158  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0004  tRNA-His  91.89 
 
 		 77 bp  99.6  9e-20  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0477942  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_R0057  tRNA-His  94.44 
 
 		 78 bp  75.8  0.000000000001  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0006  tRNA-His  94 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.104917  hitchhiker  0.000204838 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4558  tRNA-His  94 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0006  tRNA-His  94 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00645821 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0006  tRNA-His  94 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.828778  normal  0.262269 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0294  tRNA-His  86.49 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0038  tRNA-His  92.59 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.650606  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_R0041  tRNA-His  93.18 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t44  tRNA-His  90.38 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0633005  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA32  tRNA-His  90.38 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.922886  normal  0.953507 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_R0038  tRNA-His  90.91 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00502124 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3505  tRNA-His  90.38 
 
 		 78 bp  56  0.000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60220  tRNA-His  90.38 
 
 		 73 bp  56  0.000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3503  tRNA-His  90.38 
 
 		 78 bp  56  0.000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0023  tRNA-His  88.46 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.794961  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_R0016  tRNA-His  89.58 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0319079  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0040  tRNA-His  90.38 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.239728  normal  0.262855 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_41330  tRNA-His  90.38 
 
 		 73 bp  56  0.000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.908879  normal  0.386622 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_R0010  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_R0031  tRNA-His  87.27 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.679826  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0006  tRNA-His  89.13 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.0000105262  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0033  tRNA-His  94.12 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.184442  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0024  tRNA-His  88.89 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000441767  unclonable  9.7747e-19 
 
 
-
 
NC_002620  tRNA-His-1  tRNA-His  93.94 
 
 		 74 bp  50.1  0.00007  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_R0034  tRNA-His  88.89 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0010  tRNA-His  93.94 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0039  tRNA-His  85.96 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6018  tRNA-His  93.94 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0522895  normal  0.0385855 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0040  tRNA-His  91.11 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0115548  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_R0042  tRNA-Met  96.43 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.309663  normal  1 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_R0024  tRNA-His  93.75 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  2.62576e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_00070  tRNA-Ile  100 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  hitchhiker  0.00000758823  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_R0039  tRNA-Met  96.43 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_R0037  tRNA-His  93.75 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.740745  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_R0017  tRNA-Met  96.43 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0037  tRNA-Ile  100 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_R0033  tRNA-Met  96.43 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.0263488  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_R0029  tRNA-Met  96.43 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_R0053  tRNA-His  86.54 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.629076  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_R0057  tRNA-Ile  100 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_R0001  tRNA-Ile  100 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000567837 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_28350  tRNA-Ile  100 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  0.145936 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0040  tRNA-Ile  100 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.241965  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_R0043  tRNA-Met  96.43 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.16192 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_R0034  tRNA-Met  96.43 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.62589  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET_tRNA-Val-2  tRNA-Val  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  hitchhiker  0.0000334583  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_t09  tRNA-Ile  100 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.630661  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_t70  tRNA-Ile  100 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.619158  hitchhiker  0.00932375 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t03  tRNA-Ile  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t09  tRNA-Ile  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0116209  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t42  tRNA-Ile  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.158841  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t63  tRNA-Ile  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.07883  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA14  tRNA-Ile  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0900551  normal  0.0100999 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA73  tRNA-Ile  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.00020083  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA82  tRNA-Ile  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.000191187  normal  0.0192687 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_R0019  tRNA-Asp  100 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.0753679  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6152  tRNA-Ile  100 
 
 		 79 bp  46.1  0.001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0718757  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0812  tRNA-Ile  100 
 
 		 79 bp  46.1  0.001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.460941  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0011  tRNA-Ile  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.00277001  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R13  tRNA-Ile  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000158888  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R2  tRNA-Ile  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00567165  normal  1 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_R0036  tRNA-Val  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_R0002  tRNA-Ile  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.000539151  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_R0004  tRNA-Ile  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.0000076362  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_t03  tRNA-Ile  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_t22  tRNA-Met  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_R0037  tRNA-Ile  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000489104  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_R0044  tRNA-Ile  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.0477159  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_R0052  tRNA-Ile  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000626175  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0096  tRNA-Ile  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.0060738  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5402  tRNA-Ile  100 
 
 		 79 bp  46.1  0.001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0831781  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4845  tRNA-Ile  100 
 
 		 79 bp  46.1  0.001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0555625  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0012  tRNA-Ile  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.00686442  normal  0.0133226 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1916  tRNA-Ile  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  unclonable  0.00000000828574  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0005  tRNA-Ile  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000179229  normal  0.648072 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0022  tRNA-Ile  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000998833  hitchhiker  0.000594977 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_R0008  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0047  tRNA-His  86.27 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0007  tRNA-Ile  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.000589313  hitchhiker  0.000462971 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0073  tRNA-Ile  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.0000465984  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0081  tRNA-Ile  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.00202745  normal  0.185006 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0010  tRNA-Ile  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.000315774  hitchhiker  0.000925503 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_R0031  tRNA-Ile  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.136071  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0044  tRNA-His  93.55 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.94267 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0063  tRNA-Ile  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.000331537  normal  0.777832 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_08580  tRNA-Ile  100 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000150356 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_55635  tRNA-Ile  100 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.269622 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_62080  tRNA-Ile  100 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.0500428 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_70900  tRNA-Ile  100 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.335626 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_R0057  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0200182  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0032  tRNA-Ile  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.0000276963  normal  0.450139 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_R0047  tRNA-Ile  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.026073  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_R0052  tRNA-Ile  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.0029428  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0022  tRNA-His  93.55 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.0431591 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0002  tRNA-Ile  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.961834  normal  0.0827717 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0014  tRNA-Ile  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>