198 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rru_AR0039 on replicon NC_007643
Organism: Rhodospirillum rubrum ATCC 11170



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007643  Rru_AR0039  tRNA-His  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0023  tRNA-His  84.72 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.794961  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_R0044  tRNA-His  91.67 
 
 		 73 bp  56  0.000001  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000143676 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_R0023  tRNA-His  90 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  hitchhiker  0.00261193  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_R0006  tRNA-Asp  100 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.604068 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_R0041  tRNA-His  86.79 
 
 		 74 bp  50.1  0.00008  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.0113138  normal  0.890079 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0049  tRNA-Asp  100 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0045  tRNA-Asp  100 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.804977  normal  0.403713 
 
 
-
 
NC_004310  BR_t29  tRNA-His  85.96 
 
 		 74 bp  50.1  0.00008  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.158046  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_R0028  tRNA-His  86.79 
 
 		 74 bp  50.1  0.00008  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.252923  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0035  tRNA-Asp  100 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.143388 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_R0011  tRNA-His  86.79 
 
 		 76 bp  50.1  0.00008  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.000000000136335  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0020  tRNA-Asp  100 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.539056  normal  0.0659603 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_R0044  tRNA-His  86.79 
 
 		 74 bp  50.1  0.00008  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  unclonable  0.00000000000000342103  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_R0021  tRNA-His  86.79 
 
 		 74 bp  50.1  0.00008  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  unclonable  0.00000000077385  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6018  tRNA-His  93.94 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0522895  normal  0.0385855 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0037  tRNA-Asp  100 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1548  tRNA-His  85.96 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_R0065  tRNA-His  85.96 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.22158  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_R0049  tRNA-His  86.54 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.000000343908  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0031  tRNA-Asp  96.43 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0036    96.43 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.132649  normal  0.79109 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_t38  tRNA-His  93.75 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  hitchhiker  0.00000000100556  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0056  tRNA-Asp  96.43 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0034  tRNA-Asp  96.43 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0659672  normal  0.192968 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0031  tRNA-Asp  96.43 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.0703177 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0046  tRNA-Asp  96.43 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.165738 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0037  tRNA-Asp  96.43 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0700091  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0027  tRNA-Asp  96.43 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.221595  normal  0.0673851 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0021  tRNA-Asp  96.43 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_R0045  tRNA-His  93.75 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000161818  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_R0046  tRNA-His  89.58 
 
 		 73 bp  48.1  0.0003  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.216845  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0027  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0028  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.00544508  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0060  tRNA-Asp  96.43 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.285107  normal  0.0443211 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0015  tRNA-Asp  96.43 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA43  tRNA-Asp  96.43 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.353058 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0039  tRNA-Asp  96.43 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00299876 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_R0015  tRNA-His  92.5 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.613431 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_R0001  tRNA-Ile  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000567837 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0037  tRNA-Ile  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0006  tRNA-Ile  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0042  tRNA-Ile  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0014    100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.686239  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0006  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_t0056  tRNA-Asp  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0055  tRNA-Ile  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_t0054  tRNA-Asp  100 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  hitchhiker  0.000015644  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0032  tRNA-Ile  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0062  tRNA-Ile  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.648574  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_R0014  tRNA-Gly  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  hitchhiker  0.00000000286454  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0054  tRNA-Ile  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.0666927 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_R0038  tRNA-His  91.43 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0019  tRNA-Ile  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.848767  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0064  tRNA-Ile  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.17499  normal  0.116646 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0011  tRNA-Ile  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.0219307 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0069  tRNA-Ile  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0067  tRNA-Val  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.000631396  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0068  tRNA-Val  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.000545577  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0014  tRNA-Ile  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0052  tRNA-Ile  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.461525 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_R0038  tRNA-His  93.55 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0040  tRNA-Ile  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.241965  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_R0015  tRNA-Val  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  unclonable  0.0000000205698  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0048  tRNA-Ile  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.622626  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_28350  tRNA-Ile  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  0.145936 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_R0012  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.178155  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0259  tRNA-Ile  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1085  tRNA-Ile  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_00070  tRNA-Ile  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  hitchhiker  0.00000758823  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0039  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.575536  normal  0.4318 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0010  tRNA-His  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0025  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA17  tRNA-Ile  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA9  tRNA-Ile  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1400  tRNA-Asp  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.754313 
 
 
-
 
NC_002620  tRNA-Ile-1  tRNA-Ile  100 
 
 		 74 bp  44.1  0.005  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_t70  tRNA-Ile  100 
 
 		 74 bp  44.1  0.005  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.619158  hitchhiker  0.00932375 
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Val-2  tRNA-Val  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t15  tRNA-Ile  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.160114  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t42  tRNA-Ile  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.158841  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t63  tRNA-Ile  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.07883  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA14  tRNA-Ile  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0900551  normal  0.0100999 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0022    100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.293323 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0011  tRNA-Ile  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.00277001  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R13  tRNA-Ile  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000158888  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R2  tRNA-Ile  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00567165  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R42  tRNA-Ile  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000533032  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R59  tRNA-Ile  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000380652  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R80  tRNA-Ile  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000887019  hitchhiker  0.00768268 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R93  tRNA-Ile  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000022565  normal  0.756494 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0019  tRNA-His  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.572409  normal  0.702119 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0058  tRNA-His  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.647177  normal  0.919787 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0025  tRNA-His  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0002  tRNA-Ile  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.000811561  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0012  tRNA-Ile  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.00000226616  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0056  tRNA-Ile  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.00138336  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0078  tRNA-Ile  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.000000836991  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_R0028  tRNA-Val  100 
 
 		 74 bp  44.1  0.005  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.252739  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA33  tRNA-His  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>