293 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Plav_R0010 on replicon NC_009719
Organism: Parvibaculum lavamentivorans DS-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009719  Plav_R0010  tRNA-His  100 
 
 
77 bp  153  7e-36  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0055  tRNA-His  97.14 
 
 
77 bp  123  6e-27  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0057  tRNA-His  97.14 
 
 
77 bp  123  6e-27  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.20058  hitchhiker  0.00682829 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0011  tRNA-His  97.14 
 
 
77 bp  123  6e-27  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.248673 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0065  tRNA-His  97.14 
 
 
77 bp  123  6e-27  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0022  tRNA-His  97.14 
 
 
77 bp  123  6e-27  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.0431591 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0055  tRNA-His  96.97 
 
 
77 bp  115  2.0000000000000002e-24  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.459471  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0057  tRNA-His  96.97 
 
 
77 bp  115  2.0000000000000002e-24  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.363985  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0059  tRNA-His  96.97 
 
 
77 bp  115  2.0000000000000002e-24  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.116833  normal  0.113282 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6018  tRNA-His  93.94 
 
 
77 bp  99.6  9e-20  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0522895  normal  0.0385855 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0047  tRNA-His  93.94 
 
 
77 bp  99.6  9e-20  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.030582 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0044  tRNA-His  98 
 
 
77 bp  91.7  2e-17  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.94267 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0004  tRNA-His  93.22 
 
 
77 bp  85.7  0.000000000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.817868  normal  0.0325973 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_4336  tRNA-His  93.22 
 
 
77 bp  85.7  0.000000000000001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_R0038  tRNA-His  92.06 
 
 
77 bp  85.7  0.000000000000001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_R0040  tRNA-His  93.22 
 
 
77 bp  85.7  0.000000000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.651238 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_R0037  tRNA-His  97.67 
 
 
74 bp  77.8  0.0000000000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.740745  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_R0038  tRNA-His  92.45 
 
 
77 bp  73.8  0.000000000005  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_R0024  tRNA-His  97.22 
 
 
74 bp  63.9  0.000000005  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  2.62576e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_R0034  tRNA-His  91.11 
 
 
77 bp  58  0.0000003  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_R0052  tRNA-His  88.46 
 
 
77 bp  56  0.000001  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.0296253  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0033  tRNA-His  92.5 
 
 
77 bp  56  0.000001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.184442  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_R0053  tRNA-His  94.29 
 
 
77 bp  54  0.000005  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.629076  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_R0016  tRNA-His  92.11 
 
 
77 bp  52  0.00002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0319079  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_R0038  tRNA-His  90.48 
 
 
77 bp  52  0.00002  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.00000137357  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0006  tRNA-His  92.11 
 
 
77 bp  52  0.00002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.0000105262  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR_t29  tRNA-His  93.94 
 
 
74 bp  50.1  0.00008  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.158046  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1548  tRNA-His  93.94 
 
 
77 bp  50.1  0.00008  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_R0065  tRNA-His  93.94 
 
 
77 bp  50.1  0.00008  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.22158  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_R0017  tRNA-His  90.24 
 
 
77 bp  50.1  0.00008  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.000374304  hitchhiker  0.000000156779 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_R0044  tRNA-His  93.75 
 
 
74 bp  48.1  0.0003  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  unclonable  0.00000000000000342103  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_R0019  tRNA-Arg  88.64 
 
 
77 bp  48.1  0.0003  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000464578  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_R0018  tRNA-Val  96.43 
 
 
74 bp  48.1  0.0003  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_R0041  tRNA-His  93.75 
 
 
77 bp  48.1  0.0003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_00070  tRNA-Ile  100 
 
 
77 bp  48.1  0.0003  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  hitchhiker  0.00000758823  normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_R0028  tRNA-His  93.75 
 
 
74 bp  48.1  0.0003  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.252923  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0037  tRNA-Ile  100 
 
 
77 bp  48.1  0.0003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_R0001  tRNA-Ile  100 
 
 
77 bp  48.1  0.0003  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000567837 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_R0007  tRNA-Val  96.43 
 
 
74 bp  48.1  0.0003  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.309042  normal  0.118966 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_R0011  tRNA-His  93.75 
 
 
76 bp  48.1  0.0003  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.000000000136335  normal 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_t38  tRNA-His  93.75 
 
 
77 bp  48.1  0.0003  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  hitchhiker  0.00000000100556  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0023  tRNA-His  100 
 
 
77 bp  48.1  0.0003  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.794961  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0082  tRNA-His  90 
 
 
77 bp  48.1  0.0003  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000000305827  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0040  tRNA-Ile  100 
 
 
77 bp  48.1  0.0003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.241965  normal 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_R0019  tRNA-Arg  88.64 
 
 
77 bp  48.1  0.0003  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.00000230793  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_t0056  tRNA-Asp  100 
 
 
77 bp  48.1  0.0003  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_t0054  tRNA-Asp  100 
 
 
74 bp  48.1  0.0003  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  hitchhiker  0.000015644  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0067  tRNA-Val  100 
 
 
77 bp  48.1  0.0003  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.000631396  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0068  tRNA-Val  100 
 
 
77 bp  48.1  0.0003  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.000545577  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_R0045  tRNA-His  93.75 
 
 
76 bp  48.1  0.0003  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000161818  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0004  tRNA-His  93.75 
 
 
77 bp  48.1  0.0003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0477942  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_R0041  tRNA-His  93.75 
 
 
74 bp  48.1  0.0003  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.0113138  normal  0.890079 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_28350  tRNA-Ile  100 
 
 
77 bp  48.1  0.0003  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal  0.145936 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1400  tRNA-Asp  100 
 
 
77 bp  48.1  0.0003  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.754313 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_R0038  tRNA-His  93.75 
 
 
74 bp  48.1  0.0003  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00502124 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_R0012  tRNA-Val  96.43 
 
 
77 bp  48.1  0.0003  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_R0021  tRNA-His  93.75 
 
 
74 bp  48.1  0.0003  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  unclonable  0.00000000077385  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0019  tRNA-Val  100 
 
 
77 bp  46.1  0.001  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.941577  normal 
 
 
-
 
NC_002950  PGt04  tRNA-Ile  100 
 
 
74 bp  46.1  0.001  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000322453 
 
 
-
 
NC_002950  PGt31  tRNA-Ile  100 
 
 
74 bp  46.1  0.001  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_002950  PGt37  tRNA-Ile  100 
 
 
74 bp  46.1  0.001  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.244963 
 
 
-
 
NC_002950  PGt46  tRNA-Ile  100 
 
 
74 bp  46.1  0.001  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0040  tRNA-Val  100 
 
 
77 bp  46.1  0.001  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal  0.949801 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_R0012  tRNA-Val  100 
 
 
74 bp  46.1  0.001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.0000513005  hitchhiker  0.00749206 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_R0050  tRNA-Val  100 
 
 
77 bp  46.1  0.001  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0063  tRNA-Val  100 
 
 
77 bp  46.1  0.001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_R0018  tRNA-Val  100 
 
 
77 bp  46.1  0.001  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_R0039  tRNA-Val  100 
 
 
77 bp  46.1  0.001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0173168  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_t06  tRNA-Val  100 
 
 
77 bp  46.1  0.001  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0039  tRNA-His  100 
 
 
77 bp  46.1  0.001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0056  tRNA-Asp  100 
 
 
77 bp  46.1  0.001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0025  tRNA-Val  100 
 
 
77 bp  46.1  0.001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000000321659  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0042  tRNA-Val  100 
 
 
77 bp  46.1  0.001  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.206576  normal  0.0624418 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_R0049  tRNA-His  93.55 
 
 
77 bp  46.1  0.001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.000000343908  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_R0006  tRNA-Asp  100 
 
 
74 bp  46.1  0.001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.604068 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0036  tRNA-Val  100 
 
 
77 bp  46.1  0.001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_R0037  tRNA-Val  100 
 
 
74 bp  46.1  0.001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_R0022  tRNA-Val  100 
 
 
77 bp  46.1  0.001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0746641  normal  0.301569 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0047  tRNA-Val  100 
 
 
77 bp  44.1  0.005  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000347676  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_t48  tRNA-Ile  100 
 
 
74 bp  44.1  0.005  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002978  tRNA-Asp-1  tRNA-Asp  100 
 
 
77 bp  44.1  0.005  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.241966  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t039  tRNA-Val  100 
 
 
77 bp  44.1  0.005  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t040  tRNA-Val  100 
 
 
77 bp  44.1  0.005  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA73  tRNA-Ile  100 
 
 
77 bp  44.1  0.005  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.00020083  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA82  tRNA-Ile  100 
 
 
77 bp  44.1  0.005  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.000191187  normal  0.0192687 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_R0019  tRNA-Asp  100 
 
 
74 bp  44.1  0.005  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.0753679  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0014    100 
 
 
77 bp  44.1  0.005  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.686239  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0022    100 
 
 
77 bp  44.1  0.005  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.293323 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0036    100 
 
 
77 bp  44.1  0.005  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.132649  normal  0.79109 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_t03  tRNA-Ile  100 
 
 
77 bp  44.1  0.005  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_R0031  tRNA-Val  100 
 
 
77 bp  44.1  0.005  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.00270422  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_R0037  tRNA-Ile  100 
 
 
77 bp  44.1  0.005  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000489104  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_R0044  tRNA-Ile  100 
 
 
77 bp  44.1  0.005  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.0477159  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_R0052  tRNA-Ile  100 
 
 
77 bp  44.1  0.005  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000626175  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0019  tRNA-His  100 
 
 
77 bp  44.1  0.005  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.572409  normal  0.702119 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0034  tRNA-Asp  100 
 
 
77 bp  44.1  0.005  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0659672  normal  0.192968 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0054  tRNA-Ile  100 
 
 
77 bp  44.1  0.005  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.0666927 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0019  tRNA-Ile  100 
 
 
77 bp  44.1  0.005  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.848767  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0031  tRNA-Asp  100 
 
 
77 bp  44.1  0.005  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.0703177 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0058  tRNA-His  100 
 
 
77 bp  44.1  0.005  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.647177  normal  0.919787 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>