222 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Psyr_RNA32 on replicon NC_007005
Organism: Pseudomonas syringae pv. syringae B728a



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004578  PSPTO_t44  tRNA-His  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0633005  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA32  tRNA-His  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.922886  normal  0.953507 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0040  tRNA-His  94.74 
 
 		 76 bp  119  9.999999999999999e-26  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0115548  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R52  tRNA-His  93.42 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.953657 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R54  tRNA-His  93.42 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.927738 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0040  tRNA-His  93.42 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.239728  normal  0.262855 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3505  tRNA-His  93.42 
 
 		 78 bp  111  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3503  tRNA-His  93.42 
 
 		 78 bp  111  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60220  tRNA-His  93.15 
 
 		 73 bp  105  1e-21  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_41330  tRNA-His  93.15 
 
 		 73 bp  105  1e-21  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.908879  normal  0.386622 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0038  tRNA-His  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.650606  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0069  tRNA-His  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00000556793  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0088  tRNA-His  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.000000578887  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0056  tRNA-His  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.441531  hitchhiker  0.000421816 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0064  tRNA-His  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.540821  normal  0.0431987 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0058  tRNA-His  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.606593  hitchhiker  0.000424792 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0043  tRNA-His  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.130453 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0041  tRNA-His  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.137953 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0024  tRNA-His  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000441767  unclonable  9.7747e-19 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0066  tRNA-His  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.308433  normal  0.0175019 
 
 
-
 
NC_002947  PP_t51  tRNA-His  89.04 
 
 		 73 bp  81.8  0.00000000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.297022  normal  0.0342999 
 
 
-
 
NC_002947  PP_t53  tRNA-His  89.04 
 
 		 73 bp  81.8  0.00000000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.266756  normal  0.0215353 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0788  tRNA-His  88.16 
 
 		 78 bp  79.8  0.00000000000008  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.611877  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0683  tRNA-His  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.684611  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0016  tRNA-His  88.57 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.33811 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_R0024  tRNA-His  88.57 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_R0036  tRNA-His  88.57 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0370477  normal  0.249392 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0035  tRNA-His  88.57 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0762203  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0046  tRNA-His  88.57 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0045  tRNA-His  88.57 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_R0020  tRNA-His  88.57 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.303055  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_R0024  tRNA-His  88.57 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.961461  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_R0034  tRNA-His  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0018  tRNA-His  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.898186  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0044  tRNA-His  88.89 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  1.1121e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA_tRNA-His-3  tRNA-His  87.14 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0022  tRNA-His  87.14 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.182348  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1995  tRNA-His  87.14 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.180123  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2495  tRNA-His  87.14 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.374126  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0047  tRNA-His  87.14 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000286041  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0063  tRNA-His  88.57 
 
 		 75 bp  67.9  0.0000000003  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.000214057  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0064  tRNA-His  88.57 
 
 		 75 bp  67.9  0.0000000003  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.000223288  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0023  tRNA-His  87.14 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0776121 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0032  tRNA-His  87.14 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.00257148  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0789  tRNA-His  87.14 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.530119  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0039  tRNA-His  87.14 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.0000000465225  normal  0.429599 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0047  tRNA-His  87.14 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0047  tRNA-His  87.14 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0247506  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1842  tRNA-His  87.14 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0661069  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0045  tRNA-His  87.14 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0639484  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1828  tRNA-His  87.14 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_R0023  tRNA-His  87.14 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_R0055  tRNA-His  87.14 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.337308 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_R0018  tRNA-His  87.14 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.901161  normal  0.123364 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_R0036  tRNA-His  87.14 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.420238  normal  0.0855626 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1715  tRNA-His  87.14 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.161636  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_R0031  tRNA-His  87.14 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.610442 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_AR0048  tRNA-His  87.14 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.287066 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0372  tRNA-His  87.14 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0381541  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_R0011  tRNA-His  89.47 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000750862  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0015  tRNA-His  88.33 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0144  tRNA-His  88.33 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00158556  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0101  tRNA-His  88.33 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000000839897  decreased coverage  0.000000220654 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0055  tRNA-His  90.38 
 
 		 73 bp  63.9  0.000000005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.302416  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0142  tRNA-His  88.33 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000000788034  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0048  tRNA-His  88.33 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.0000560154  hitchhiker  0.0000786314 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0026  tRNA-His  88.33 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00252757  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_R0057  tRNA-His  85.9 
 
 		 78 bp  61.9  0.00000002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0019  tRNA-His  85.92 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.322851  normal  0.248393 
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00068  tRNA-His  87.93 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  decreased coverage  0.0000377895  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0106  tRNA-His  87.93 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  3.83328e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4162  tRNA-His  87.93 
 
 		 78 bp  60  0.00000008  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000163732  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2560  tRNA-His  87.93 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000000615036  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2558  tRNA-His  87.93 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000105992  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0123  tRNA-His  87.93 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  decreased coverage  0.0000064572  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5231  tRNA-His  87.93 
 
 		 78 bp  60  0.00000008  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.000000000873931  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4162  tRNA-His  87.93 
 
 		 78 bp  60  0.00000008  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.0000000244422  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4711  tRNA-His  87.93 
 
 		 78 bp  60  0.00000008  Escherichia coli HS  Bacteria  decreased coverage  6.57467e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5088  tRNA-His  87.93 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000459439  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4261  tRNA-His  87.93 
 
 		 78 bp  60  0.00000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  unclonable  0.00000854975  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4212  tRNA-His  87.93 
 
 		 78 bp  60  0.00000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.000802937  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4143  tRNA-His  87.93 
 
 		 78 bp  60  0.00000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.000000628475  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4158  tRNA-His  87.93 
 
 		 78 bp  60  0.00000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0000000071707  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4320  tRNA-His  87.93 
 
 		 78 bp  60  0.00000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  unclonable  0.00000321516  normal  1 
 
 
-
 
NC_002950  PGt35  tRNA-His  85.53 
 
 		 75 bp  56  0.000001  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.771657 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0143  tRNA-His  86.67 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0386713  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0132  tRNA-His  86.67 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR_t29  tRNA-His  90.38 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.158046  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t026  tRNA-His  86.67 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t099  tRNA-His  86.67 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_R0065  tRNA-His  90.38 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.22158  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplt23  tRNA-His  84.72 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0054  tRNA-His  86.67 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0020  tRNA-His  86.67 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000738141  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0085  tRNA-His  86.67 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00000000240103  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0118  tRNA-His  86.67 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.295265  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0125  tRNA-His  86.67 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0000000634368  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0050  tRNA-His  86.67 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.00000000822334  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0029  tRNA-His  86.67 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.0000000000338332  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0124  tRNA-His  86.67 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0169657  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>