228 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Hhal_R0018 on replicon NC_008789
Organism: Halorhodospira halophila SL1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008789  Hhal_R0018  tRNA-His  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.898186  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0024  tRNA-His  93.42 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000441767  unclonable  9.7747e-19 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0019  tRNA-His  92.96 
 
 		 76 bp  101  2e-20  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.322851  normal  0.248393 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0683  tRNA-His  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.684611  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0038  tRNA-His  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.650606  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0788  tRNA-His  90.79 
 
 		 78 bp  95.6  1e-18  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.611877  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0069  tRNA-His  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00000556793  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0043  tRNA-His  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.130453 
 
 
-
 
NC_006368  lppt23  tRNA-His  90.28 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplt23  tRNA-His  90.28 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0063  tRNA-His  98.08 
 
 		 75 bp  87.7  3e-16  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.000214057  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0064  tRNA-His  98.08 
 
 		 75 bp  87.7  3e-16  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.000223288  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0008  tRNA-His  93.33 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.958243  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0041  tRNA-His  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.137953 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0048  tRNA-His  90 
 
 		 76 bp  83.8  0.000000000000005  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.0000560154  hitchhiker  0.0000786314 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0087  tRNA-His  90 
 
 		 76 bp  83.8  0.000000000000005  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000283468  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0015  tRNA-His  90 
 
 		 76 bp  83.8  0.000000000000005  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000558308  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0144  tRNA-His  90 
 
 		 76 bp  83.8  0.000000000000005  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00158556  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_R0027  tRNA-His  89.86 
 
 		 73 bp  81.8  0.00000000000002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000556999  normal  0.160274 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_08830  tRNA-His  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0406412  normal  0.0611739 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3505  tRNA-His  88.16 
 
 		 78 bp  79.8  0.00000000000008  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0040  tRNA-His  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.239728  normal  0.262855 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_R0034  tRNA-His  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3503  tRNA-His  88.16 
 
 		 78 bp  79.8  0.00000000000008  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-His-1  tRNA-His  88.73 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60220  tRNA-His  89.55 
 
 		 73 bp  77.8  0.0000000000003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_41330  tRNA-His  89.55 
 
 		 73 bp  77.8  0.0000000000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.908879  normal  0.386622 
 
 
-
 
NC_004347  SO_t026  tRNA-His  88.57 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t099  tRNA-His  88.57 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0118  tRNA-His  88.57 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.295265  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0040  tRNA-His  88.57 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.000000000000863654  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2560  tRNA-His  91.38 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000000615036  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2558  tRNA-His  91.38 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000105992  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0028  tRNA-His  88.57 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000000239191  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0143  tRNA-His  88.57 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0386713  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0132  tRNA-His  88.57 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0020  tRNA-His  88.57 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000738141  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0085  tRNA-His  88.57 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00000000240103  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0186  tRNA-His  88.57 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_tHis01  tRNA-His  91.38 
 
 		 79 bp  75.8  0.000000000001  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  unclonable  0.0000000000397081  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0021  tRNA-His  88.57 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000629735  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0115  tRNA-His  88.57 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000000444508  normal  0.0132879 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0115  tRNA-His  88.57 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.000000103194  normal  0.0493795 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0136  tRNA-His  88.57 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.000000985784  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0019  tRNA-His  88.57 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.301906  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0085  tRNA-His  88.57 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000000420943  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0021  tRNA-His  88.57 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00392038  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0112  tRNA-His  88.57 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000000282154  normal  0.565936 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0050  tRNA-His  88.57 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.00000000822334  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0048  tRNA-His  88.57 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.0000000353919  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0125  tRNA-His  88.57 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0000000634368  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0029  tRNA-His  88.57 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.0000000000338332  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0124  tRNA-His  88.57 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0169657  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t002  tRNA-His  88.41 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t095  tRNA-His  88.41 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.0000000000636762  normal  0.0906455 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0064  tRNA-His  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.540821  normal  0.0431987 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t44  tRNA-His  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0633005  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA32  tRNA-His  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.922886  normal  0.953507 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0054  tRNA-His  90 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R52  tRNA-His  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.953657 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R54  tRNA-His  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.927738 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_R0014  tRNA-His  90 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.808445  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0088  tRNA-His  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.000000578887  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0058  tRNA-His  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.606593  hitchhiker  0.000424792 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0056  tRNA-His  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.441531  hitchhiker  0.000421816 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0066  tRNA-His  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.308433  normal  0.0175019 
 
 
-
 
NC_002947  PP_t51  tRNA-His  88.06 
 
 		 73 bp  69.9  0.00000000008  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.297022  normal  0.0342999 
 
 
-
 
NC_002947  PP_t53  tRNA-His  88.06 
 
 		 73 bp  69.9  0.00000000008  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.266756  normal  0.0215353 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0022  tRNA-His  87.32 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.243573 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0526  tRNA-His  89.66 
 
 		 78 bp  67.9  0.0000000003  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000639476  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0096  tRNA-His  89.66 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Enterobacter sp. 638  Bacteria  decreased coverage  0.0000270279  normal  0.142126 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0088  tRNA-His  89.66 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4200  tRNA-His  89.66 
 
 		 78 bp  67.9  0.0000000003  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  1.1543e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0002  tRNA-His  89.66 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.168661  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0101  tRNA-His  87.14 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000000839897  decreased coverage  0.000000220654 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0004  tRNA-His  89.66 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.0000344826  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0015  tRNA-His  87.14 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0142  tRNA-His  87.14 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000000788034  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0026  tRNA-His  87.14 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00252757  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0009  tRNA-His  89.66 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  decreased coverage  0.000412211  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0090  tRNA-His  89.66 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.000216717  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0043  tRNA-His  89.66 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0173086  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_R0039  tRNA-His  87.67 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.0312373 
 
 
-
 
NC_003295  RS02876  tRNA-His  88.33 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0313769  normal  0.542312 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0009  tRNA-His  88.33 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.000796355  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0022  tRNA-His  88.33 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.182348  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0016  tRNA-His  88.33 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.33811 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1995  tRNA-His  88.33 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.180123  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0010  tRNA-His  88.33 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.0197476  normal  0.604163 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0023  tRNA-His  88.33 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0776121 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1842  tRNA-His  88.33 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0661069  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0032  tRNA-His  88.33 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.00257148  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_R0018  tRNA-His  88.33 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.901161  normal  0.123364 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_R0036  tRNA-His  88.33 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.420238  normal  0.0855626 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1715  tRNA-His  88.33 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.161636  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_R0031  tRNA-His  88.33 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.610442 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_AR0048  tRNA-His  88.33 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.287066 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0372  tRNA-His  88.33 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0381541  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0039  tRNA-His  88.33 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.0000000465225  normal  0.429599 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1828  tRNA-His  88.33 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>